然而，蒙元以前的旧有行政制度依靠的是学者型官僚，许多人需要这些官僚提供帮助或盖印批准，于是官僚们就靠榨取这些人的钱财为生，蒙古人雇佣职员来处理日常琐碎的行政事务，付给他们薪俸。蒙古人统一了境内的薪俸标准，而在这之前，因生活费用不同而产生了许多的地区差异。
成立自愿参与的公务会和雇佣带薪的公务员等制度没有在中国扎下根，它们在蒙元王朝实行的时间不长。明朝统治一建立就马上回复到了传统的官僚体制，放弃了上述有助于统治的公务会。这种共享行政管理权的经验再也没有在中国尝试过，直至二十世纪，共和政体的奠基人和共产主义的创始人才努力地重新引进地方政务会、讨论会、带薪公务员和公民参政等做法。
为进一步促进帝国境内商业的快速安全发展，忽必烈竭力推广纸币的使用。至马可·波罗来到时，这一制度正在全面起作用。他描述，纸币是用桑蚕丝、以我们熟知的纸的形式制成的，而这种东西对欧洲来说仍是个巨大的谜。纸币被裁成各种尺寸的长方形，在它的上面标明价值，并盖上朱红色的印花图章。与笨重的铸币相比，纸币主要的优点在于使用时更便于携带和运输。马可·波罗写道，纸币在整个帝国被广泛接受：“拒绝使用将被判处死刑”，但大多数人“非常乐意接受纸币形式的付款，因为他们能用它买到任何东西，包括珍珠、宝石、金子和银子”。波斯的蒙古政府也试图建立纸币制度，但却失败了，因为纸币观念不为当地商人所容，在一个时期里他们对此的不满情绪已使他们接近起而造反，而当时蒙古人还不能确定是否要使用武力镇压，当局不愿意继续冒失败蒙羞的危险，最终取消了纸币。
哪儿有纸币流通，哪儿就更有可能发生信贷和金融危机。在一项试图适应市场、包括扩大信贷范围的重要改革中，蒙古法律规定可以宣布破产，但为防止利用它来逃避债务，不允许商人或消费者超过两次宣布破产，在第三次宣布破产时，他们就可能面临死刑。
当蒙古人坚决抵制部分中国文化如儒家学说和缠足时，精简的货币制度显示出他们十分欣赏中国文化的其他方面。可以看出，忽必烈是愿意在中国历史中探根寻源、汲取那些有实用价值的思想和制度的。为发扬某些中国传统文化知识，忽必烈建造学校，恢复中国的翰林院，它由这个国家中最富智慧的学者组成。1269年，他创建蒙古字学，随后又于1271年在汗八里设立蒙古国子学。他增设新机构、任命学者去记录当代事件，编写和再版老课本，整理档案文件。
蒙古朝廷供养着了解各类语言的抄写员，不仅有懂蒙古语的，而且还有懂阿拉伯、波斯、畏兀儿、唐兀惕、女真、藏族、汉族语言的，还有的抄写员精通一些很少有人懂的语言；当然他们在使用各种语言时，还是遇到了许多令人困惑的难题。蒙古人发现，仅仅使用蒙古－畏兀儿字母表，难以记录他们所需的、来自于这个庞大帝国的所有行政信息。在每天的行政管理中，官吏们都不得不拼写各种各样的名词，如中国的城镇、俄罗斯的王公、波斯的山脉、印度的圣人、越南的将军、穆斯林的传教士和匈牙利的河流等等名称。因为蒙古帝国的臣民使用着大量不同的语言，所以忽必烈汗就努力进行革新实践，这在知识史和行政史上是个创举。他试图找到一张专门的字母表，它能用来书写世界上所有的语言。他把这个任务交给了藏传佛教的喇嘛八思巴，1269年八思巴向大汗呈上了一套派生于藏文字母表的字母符号，共四十一个。忽必烈汗将八思巴的字母作为整个帝国的标准书写符号，但并不强迫每个人都使用，他允许汉人和其他臣民继续使用他们自己的书写方法，当然他希望新的文字符号能凭本身的优点来最终取代以前的旧文字。汉族学者极为喜爱自己古老的语言文字，绝对不允许它们被剥夺，而去使用一种明显是属于野蛮人的新书法；一到蒙古统治衰落时，大多数的被统治人民也都最终放弃了蒙古的这一书写方式。
农民们照例还是拜倒在各级政府官员的脚下，后者支配着与农民日常生活最密切的方面。蒙古人颠覆了旧的基层行政划分，他们将农民组织起来，以五十家为一个单位，叫做“社”。这些基层单位对农民的生活负有广泛职责，具有足够权威。他们督劝农事，负责改良田地，管理水利和其他自然资源，提供粮食储备应对饥荒。总之，他们以基层政府的形式发挥作用，将成吉思汗时的十进制组织因素和中国农民传统结合了起来。
社也有责任为农民的孩子提供某些方面的教育；蒙古人把提高整体文化水平作为改善个人生活的途径。忽必烈汗设立公共学校，让所有儿童接受普通教育，包括农民的孩子。在这之前，只有富人才有时间和金钱去教育他们的孩子，所以他们才能一代又一代地维持对文盲的农民阶级的统治。蒙古人知道，农民的孩子在冬天有时间学习，教师不是教他们古典汉语，而是用通俗语言为他们讲授更实用的课程。档案记录显示，在忽必烈汗在位时期，蒙元王朝共建了两万零一百六十六所公共学校，尽管官方为提高记录而有可能夸大了这个数字，但蒙古人的成就仍然令人瞩目，因为此外没有一个国家为普及教育而付出如此巨大的努力。在西方，一个世纪以后，作家才用通俗语言写作，将近五百多年以后，政府才担负起为普通大众的孩子提供公共教育的责任。
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