此一时期日本佛教的特点是：佛教思想已经深入日本社会， 并与当 地文化相结合，形成了具有日本特色的佛教流派。
源空创立净土宗。平安王朝末期虽有净土信仰流行，但尚未出现净 土宗派。日本净土宗的创始人是源空（1133 年——1212 年），号法然， 俗姓漆间。他 13 岁在比睿山出家，研习天台教观，后游历诸寺，遍览诸 宗，特别喜爱源信的《往生要集》，从此专修净土念佛法门。他认为当 时已经到了佛教所说的“末法”世界，光靠个人修行的“自力”已不能 脱离苦海，必须借助阿弥陀佛的愿力之助，方可在死后往生西方净土世 界。幕府时代的日本武人掌权，社会政治动荡不定，人心不安，“末法” 宣传正好适应了人们的心理，农民、武士信奉者极多。源空身后，净土 宗形成了许多流派。
亲鸾创立净土真宗。净土真宗是从净土宗中分化出的一个流派，不 过在后世影响更为巨大。亲鸾（1173 年——1262 年），俗姓藤原，京都 人。他自幼出家，投入青莲院慈圆法师门下，研究三论、法相之学。后 改宗源空，修习净土念佛宗。他 31 岁时曾娶一妻，承元初年因政治事件 的牵连被流放越后。在流放地他自称“愚秃亲鸾”。五年后结束了流放 生涯，回到关东地区继续传播净土信仰。此时他的元配夫人已故，他又 娶三善为教之女为妻，这便是惠信尼。她不仅为亲鸾生了六个子女，而
且从亲鸾修行佛法。净土真宗的教义，主要是通过“二双四重”的判释， 进行了真、假净土的区分。他认为现有的净土宗的“教、行、信、证” 可分成三类，一类掺杂了“诸行”，一类掺杂了“自心运力”，这两类 都属于“假净土”，只有第三类不掺杂诸行和自心运力，才是真净土。 他所宣扬的就是这种排斥任何佛法修行和自力的“真净土”，所以称为 净土真宗。由于强调完全依赖弥陀“他力”，因而他们只突出诚信，不 注重外在的形式，是否念佛，是否遵守戒律都无所谓，亲鸾本人就娶妻 生子。这些特点使真宗便于在民间流传，亲鸾身后真宗分成了许多流派， 直至晚近仍传承不绝。
一遍创立时宗。这也是净土宗的一个支系，由一遍（1239 年——1289 年）所创。他自称从神那里接受了偈颂：“六字名号一遍法，十界依正 一遍体，万行离念一念证，人中上上妙好华。”从此他改名一遍，焚烧 自己书写的书籍，宣扬：“一代之圣教今日灭尽，唯留南无阿弥陀佛。” 他四出游方，并携带一本“劝进账”，请人签名，据说总共有 251，724 人在上面签名。时宗的名称依据《阿弥陀佛经》的“临命终时”经文而 得名，他认为人生无常，时时处处与临终时一样，都应以念佛为本。他 更彻底地否定了一切自力修行，强调必须绝对依靠弥陀愿力的救助。
日莲创立日莲宗。日莲（1222 年——1282 年），出身于渔民家庭， 16 岁出家，先后学过天台、密教和净土宗，皆不满意。他认为日本的天 台宗与密宗调和，失去了传教大师的本意，必须清除密教的影响，恢复 纯正天台的面貌。根据《涅槃经》“依法不依人”的见解，他选定《法 华经》作为自己的根本归依，所以他的宗派也称为“日莲法华宗”。他 提出所谓“三大秘法”作为根本教义。“本门的本尊”指日莲宗的信仰 对象，即《法华经》中所说的“成佛已来甚久远，寿命无量阿僧祗劫， 常住不灭”的法身佛。“本门的题目”指依皈本尊的修养方法，即口诵 “南无妙法莲华经”七字。“本门的戒坛”，日莲宗认为大、小乘各种 戒律过于烦琐，只要口诵“南无妙法莲华经”七字，就是“本门无作的 圆顿戒坛”。日莲宗也是一个简单得不能再简单的教门，所以在社会上 广为流传，直至现代。创价学会就是日莲宗的一个支派，在此会基础上 成立的公明党，是当今日本政坛相当活跃的一支政治力量。
从平安后期开始，中国的禅宗思想便已在日本各地传播。特别是由 于宋金之间、宋元之间残酷的战争，大批中国禅僧避难于日本，更是推 动了日本禅宗的发达。幕府时代，日本禅宗计有 24 个流派，其中以荣西 所传临济宗和道元所传曹洞宗最为著名。荣西（1141 年——1215 年）， 俗姓贺阳，14 岁出家，先在比睿山修习天台和密教。后二次随商船入宋， 学习临济黄龙派禅法。回国后介绍禅宗“即心即佛”的思想，很受贵族、 将军们的欢迎。在荣西以前，禅宗尚未形成流派，荣西是第一个建立禅 宗流派的人。他的弟子中有不少人也赴宋求法，当时中国禅门正是临济 杨岐派的佛果克勤，大慧宗杲风行之时，所以他们也多是受其影响，回 国传“看话禅”。在日本禅门 24 派中，临济占了绝大多数。然而，道元 禅师虽出身于荣西禅师门下，但却是传曹洞禅法。道元（1200 年——1253 年）本是皇室后裔，13 岁出家，先学天台后学禅。入宋于天童如净禅师 处学得曹洞“默照禅”，回国后即传播此法。临济宗与幕府和上层武士 关系密切，而曹洞宗则注重向地方上发展，往往得到地方领主的支持。
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