杨秀清有自己的一套行政班子，大政方针都出自东王府，弄到后来天国中的人只知道东王，而不知有天王的。杨秀清大权在握，不但视洪秀全如无物，对韦昌辉、石达开、秦日纲（后来封的燕王）等老兄弟也是颐指气使，盛气凌人。韦昌辉等人为求自保，只好对杨秀清曲意奉承。据说杨秀清纵欲过度，“久乃不能入”，韦昌辉为杨秀清四方发榜求医，能治愈东王病的就授爵封官，以此来讨好杨秀清。
但危险依然存在。自从西王萧朝贵去见上帝后，太平天国里只有杨秀清可以合法通神，所以每当杨秀清要表演他的“保留节目”的时候，大家都非常紧张，跪伏屏息，被吓得汗不敢出，生怕东王借“天父”发怒为名，把自己的小命枉送。洪秀全的二哥洪仁达，就因小事被杨秀清借“天父”名义给捆了结结实实的打了一顿。北王韦昌辉、翼王石达开等人知道杨秀清忌讳他们，更是谨慎有加，心存畏惧。
甚至高贵庄严连天王洪秀全，其本人也屡次被杨秀清责罚。据《贼情汇篡》上说，太平军中别男女，普通士兵见不到女人，但洪秀全却妻妾成群，军中有人憋不住，夜间偷窥了洪天王和妃子们行男女之事，不巧被洪天王发觉，洪天王大怒，将此人绑了要杀头。杨秀清对此很不以为然，于是他咣当一声倒地，摇身一变，再次“天父”下凡训斥洪秀全：“尔与兄弟打江山，杀人大事，何不与四弟（即杨秀清）商议！此须重罚！”——重罚就是要打洪秀全屁股。洪天王有苦说不出，只能跪下认罚。幸好有其他人求情说愿意替天王受罚，杨秀清才见好就收。
打破江南江北大营后，杨秀清更是野心膨胀，想趁势迫使洪秀全禅位。关于杨秀清想篡位的故事，版本很多，大同小异，一般都是说杨秀清假称“天父下凡”，说四弟杨秀清如此大的功劳，怎么才九千岁啊？洪秀全惊恐之下，慌忙说应该是万岁。“天父”又说，那东王世子呢，洪秀全赶忙说，也是万岁，世代都是万岁！杨秀清很满意，说，我做万岁，你做万万岁！
下面姑且录清人罗惇曧的《太平天国战记》里记载的另一个版本，供参考。
杨秀清在图谋篡位前，已经做了舆论准备，在科举考试中出了个题目叫“四海之内有东王”，意图非常明显。后来杨秀清假装生病，要洪天王前去探视。洪天王第一次走出自己的天王府，见到杨秀清仰卧在卧室内，旁边有四个妖艳的美女伺候，床边既没有椅子，也没有凳子，只设了一个小榻给洪天王坐。
洪天王强压心头之火，假心假意的宽慰东王好生养病。杨秀清也不理会，故作呓语说：“人家都说天无二日，人无二主，秦时二日相斗，这是为什么啊？”洪秀全大惊，赶紧下令让手下从官对杨秀清九叩首，三呼东王万岁。
洪秀全的突然之举动，反倒让杨秀清一时没反应过来。本来呢，杨秀清想引诱洪秀全逊位，如果不答应的话就动手杀了他。但是洪秀全猝令手下对杨秀清高呼万岁，反而使得杨秀清无话可说，于是只好打起呼噜装睡了。
见杨秀清没有反应，洪秀全就假称上厕所，乘着机会跑回了天王府。洪秀全走了后，杨秀清突然睁开眼睛，问左右：“天王去哪了？”左右说上厕所了，杨秀清才停止假装的呼噜——这简直就是当年鸿门宴的翻版，按李宗吾先生的《厚黑学》理论来说，杨秀清毕竟还是心不够黑，反应也不够快，所以做不成大事，注定要被人所杀。
洪天王出了东王府，全身冷汗直流，回到天王府后，立刻下令紧闭宫门，让女兵们加强护卫，并连夜写下血书诏，召北王韦昌辉、翼王石达开等人速回天京护驾。
韦昌辉与秦日昌得令后，带领三千精兵昼夜兼程，在五日后的一个深夜赶到了天京城外。当他们到达水西门的时候，守城士兵不给开门，说：“没有东王的令箭，不能开城门。”韦昌辉听后大怒：“我就是奉了东王的密书，这才星夜赶来的，你们竟然胆敢阻拦，不想活了吗？”
守城士兵一听是北王，心里害怕，就把他们给放了进来。韦昌辉也不作片刻停留，立刻拍马杀奔东王府。在东王府的门口，遇到卫士的激烈抵抗，韦昌辉登高大呼：“奉诏讨贼，顺从的人散去不加罪！”深夜当中，大家都迷迷糊糊，谁也不知道发生了什么事情，于是便渐渐被驱散。
控制局面后，韦昌辉带兵直扑杨秀清的卧室。杨秀清当时本已睡了，一下被外面的打斗声吵醒，听到外面动静不对，吓得赶紧躲在水阁下面，但最后还是被找到并被捆了带走。东王所有的妻妾子女，全部被韦昌辉的亲兵杀死，特别是那些身怀有孕的王妃，更是一个不留。
说实话，韦昌辉早就看杨秀清不顺眼了，他心想，杨秀清你小子当年不过是个大字不识的烧炭工，身材矮小，一个眼睛还是半瞎，居然还胆敢人模狗样的，动不动冒充天父下凡，你也不看看你那模样！我堂堂七尺男儿，比你有钱有文化，竟然被你这样的人踩在脚下，当年要不是我带领金田村人支持你们，太平天国哪有今天？轮得到你来欺压我等？
想到这里，韦昌辉命手下捆了杨秀清，连夜前去天王府见洪秀全，但洪秀全听说韦昌辉杀了杨秀清全家，心想这又是一个手段更加毒辣的“杨秀清”，要是把他扶正到杨秀清地位的话，恐怕以后同样是专横难制，于是便想赦免杨秀清，以便自己从中操控。
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