僧格林沁虽然号称有勇有谋，但观其整个剿捻过程，明显是勇猛有余，谋略不足。
僧格林沁追击捻军的策略失败之后，曾国藩针对捻军流动作战、行踪不定的特点，采取重点设防、坚壁清野、划河圈围的对策。他先驻扎在徐州，作为指挥中心，并在临淮、周口、徐州、济宁（以后加上归德）等地驻防重兵，进行堵截，以后又分别移驻这些据点，重点围攻，另外派遣精锐马队对捻军进行跟踪追击，以达到最后聚而歼之的目的。
但所有这些，都没能奏效。捻军这时已分东、西两支，仍然往来穿插，驰骋南北东西，反而是清军常常被动挨打。
同治五年八月（1866年9月），赖文光部东捻与张宗禹部西捻在河南开封大会师，一举冲破曾国藩布置的沙河及贾鲁河防线，大败河南巡抚李鹤年的河防军。然后乘胜东向，突破运河防线，进入山东水套地区。九月，自山东回师，再破清军河防，重返河南，如入无人之境。这使曾国藩煞费心机辛苦经营的合围河防“剿捻”计划破产，不得不自认“剿捻无功”。
曾国藩剿捻大方针是正确的，但在具体实施的过程中，不够灵活。这是失败的主要原因。由于曾国藩劳而无功，于是清廷决定让李鸿章来接替他。
1866年10月，捻军在河南杞县、陈留附近决定分为东、西两支：由赖文光、任化邦率领的一支，继续在山东和中原一带坚持斗争，称为东捻军；由张宗禹率领的一支，“前进甘、陕，往连回众，以为掎角之势”，称为西捻军。就是在这种形势下，李鸿章走上了剿捻前线。
李鸿章不仅妥善地解决了粮饷供应问题，同时灵活地实施“划河圈地”“以静制动”的战略方针，不到两年的时间，李鸿章大败捻军。
李鸿章深知粮饷对于军队的重要性。他在奉命督师剿捻之初，就上疏声称：“臣从军十数年，稔知军情利钝之由，其枢纽不在贼之难办，而在粮饷军火之接济。”他赖以剿捻的粮饷军火，主要是依靠曾国藩在两江筹措的。当时后路有四大粮台，即设于祁州的“山内粮台”，设于安庆的“江外粮台”，设于南京的“金陵粮台”和“北征粮台”，全为两江总督一手统辖。在两江地区，江苏最为重要，“银米器械所自出，楚勇淮勇之根本”。李鸿章属僚郭柏荫署理江苏巡抚，丁日昌出任布政使专理饷务，这些将领都颇为得力。
李鸿章在剿捻中，还根据战争态势的变化，灵活地实施了曾国藩所制定的战略方针。曾国藩剿捻方略的基本原则是“以静制动”。以静制动是在镇压太平天国运动的时候就采用的一种策略，但捻军没有像太平天国那样相对稳定的根据地，流动的军事斗争，“以走制敌”，是捻军的最大特点。
李鸿章说，“捻逆狡猾善走，我军急进则疲乏，或为所乘，辎重或为所掠。又彼可到处掳粮，而我须裹粮前进。迨交锋一不敌，则转瞬数百里”。李鸿章同样以静制动，但相比曾国藩来说，李鸿章所划定的包围圈明显要小很多，这样就能集中兵力。
李鸿章挂帅剿捻之初，只是提出了“用谋设间，徐图制贼”的原则性设想。这一阶段李鸿章实行的主要是陆路合围，但并未能有效地扼制住捻军的流动。
从 1867年6月至1868年1月，李鸿章部署实施运河、胶莱河之防，主战场在鲁东地区。
从叛军角度看，东捻军进入运东，这是一大战略失策，给了李鸿章利用河防，围之于绝地以良机。针对这种情况，刘铭传、潘鼎新等淮军将领，一致提出“倒守运河”的策略，即由原来自东岸设防移至西岸设防，李鸿章经过慎重研究决定采纳，但是鉴于捻军深入胶莱一带，因此在部署倒守运河的同时，又在胶莱河两岸增设了内层防线，缩小兜剿圈，想把捻军聚歼于胶莱海隅，目的是：万一捻军突破胶莱防线，还有运河防线以资保障。在胶莱河防线上，他也指挥军士特别加固运防，亲自驻守台儿庄，并先后设立四支由淮军精锐组成的“游击之师”，共有战马八千匹，以骑敌骑，追击捻军。这样，就使东捻军陷入危殆的处境：它虽然突破了胶莱防线，但仍被困于黄河、运河、六塘河、大海之间的狭窄地带，“以走制敌”的特长无法施展，屡屡受挫。十一月任化邦在苏北赣榆战败被杀。十二月东捻军在寿光海滨一战折损三万余人，精锐丧失殆尽。1868年1月，赖文光虽然率余部突过六塘河，但孤危之中受伤被俘，在扬州被害。
1868年5月，李鸿章主持实施了“划河圈地”“且防且剿”战略，使清军在直东战场取得战略主动。捻军试图突破清军河防不果，而在包围圈内又无法摆脱清军围追堵截，只好被动地奔突，最后进入山东北部。李鸿章不失时机地“缩地围扎”，在马颊河与徒骇河布防，把捻军压迫在其间的高唐、商河、惠民一带的狭长地带，并配合地方当局“查圩”，致使捻军陷入绝境。八月张宗禹率部突围，南下到达山东茌平境内，不料徒骇河水陡涨，猝遇清军阻击，全军覆没，张宗禹不知去向。东捻军最终被李鸿章镇压下去。剿捻行动的成功表明了李鸿章战略指导的正确性。
清廷论剿捻功，李鸿章赫然居首，赏加太子太保衔，并荣升协办大学士。
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