孔颖达对撰述的第二种情况也予以说明，在用语上与前种有所差别，显示合撰的份量较前大一些。在《尚书正义序》中写道：“谨与朝散大夫行太学博士臣王德韶，前四门助教臣李子云等，谨共铨叙。”在《毛诗正义序》中又说：“谨与朝散大夫行太学博士臣王德、征事郎守四门博士臣齐威等，对共讨论，辩详得失。”
《五经正义》成书后，唐太宗极为高兴，这标志着朝廷对《五经》的历代注解作出了优劣可否、是非曲直的评判，从此对儒经有了权威性的、统一的解释，这实际上是自汉武帝罢黜百家、独尊儒术以来，儒学发展历程上的又一个重要里程碑。唐太宗亲自嘉奖孔颖达说：“卿等博览古今，义理准确。考查前代儒家学说，符合圣人的旨意，真是不朽之作。”并赐给孔颖达三百段布帛。
但是，统一儒学思想、将各种师传家法的分歧完全消除，毕竟不是可以轻易达到的事情。当时就有太学博士马嘉运“以颖达所撰《正义》颇多繁杂，每掎摭之，诸儒亦称为允当”。贞观十六年（公元642年），唐太宗下诏，令详定《五经正义》。
除了原修撰者参予《五经正义》的修订工作外，又分别增加若干学有成就者，最后均由赵弘智重新详细审定。
从原修撰人和后来参加的修订人的身份上看，或为助教，或为博士，集中了国子监和太学中的儒学专家，专业学术水平是全国一流的。但是，他们有一个明显不足就是官职不够高。唐初朝廷多由宰辅大臣领衔参与比较重要的修撰工作，而作为统一经学思想的《五经正义》，只由教育、文化机构的人员来负责编订，就颇有点不够份量。于是，朝廷要提高刊修班子的规格和级别，要再一次修订《五经正义》。
永徽二年（公元651年），也就是唐高宗李治即位的第二年，高宗三月下诏，称去世三年的国子祭酒孔颖达所撰《五经正义》有所遗漏和谬误，令太尉、赵国公长孙无忌，及中书门下，国子三馆博士，宏文馆学士予以“刊正”。这是最高规格的编写班子，长孙无忌为当朝首辅，另有门下省、中书省长官（即宰相），拥有在思想方针上作定夺的足够权威。这次修订工作只用了短短两年。永徽四年（公元653年）二月，由太尉长孙无忌，侍中高季辅、左仆射张行成、国子监官，将“刊正”完毕的《五经正义》上进唐高宗。唐高宗将《五经正义》颁行天下，并且每年的明经科依此考试。
《唐律疏议》内页
（3）主导思想
《五经正义》的主导思想有以下几点：
第一，“大一”之理。
《五经正义》主要对天地人伦的根本法则与儒经理论之间的一致性进行阐说。它认为，天地与人伦都必须遵循同一法则和规范，而这个法则和规范是先于天地和人而存在的，是一成不变的，儒经理论就是要揭示弘扬这个法则和规范，因而不可怀疑儒经理论的指导性、正确性及正宗地位。儒家思想的基本特色是重礼，《礼记正义》开头就对儒家之礼作了这样的阐说：“礼，是经天地，理人伦的。追究它的起源，早在天地未分之前就有了。所以《礼运》中讲到：在天地未分之前已经存在了。礼，也就是理，用它治理天下，则可以与天地共长久。”这里显然是吸收了道家关于“道”的说法，实际上老庄有“大一”的说法。《老子》曾讲过，“道”是天地万物的本源，“道生一，一生二，二生三，三生万物”。对于“大一”的概念，《庄子》提出的说法更直接，“至大无外，谓之大一。至小无内，谓之小一”。孔颖达等认为“大一”是儒家之礼的源头，先于天地形成而存在，是为了论证礼的永恒；天地之“理”即是“礼”，体现万物自然之“理”。《礼记正义》中记载，《左传》二十六年称晏子说：“礼是可以用来立国、使国家长久的；其与天地俱兴，自从有了物质，自然就有尊卑之分。仿佛羊羔跑而吮乳，鸿雁排成行列飞行，岂由教之者乎？是三才既判，尊卑自然区分。”这是在强调，礼，并不是后天的、人为所规定的，不是束缚在人身上的外在的东西，而是存在于天下万物的自然本性中。由此可以看出，礼别尊卑上下，是天经地义之理；循礼守礼，是人们应有的义务和本能。这样，儒家礼法就被孔颖达自然化、神圣化、永恒化了。
既然儒礼体现了天地人伦之理，那么，只要顺其自然，不使万物失去其天然特性，就把握住了天地变化、政教所生的枢纽。对《周易》价值的认识，孔颖达也是如此：“夫易者，象也；爻者，效也。圣人有以，仰观俯察，象天地而育群品；云行雨施，效四时以生万物。若用之以顺，则两仪序而百物和；若行之以逆，则六位倾而五行乱。故王者，动必则天地一道，不使一物失其性；行必协阴阳之宜，不使一物受其害。故能弥纶宇宙，酬酢神明，宗社所以无穷，风声所以不朽。”孔颖达又转郑玄之语，郑康成在《六艺论》中说：“易就是阴阳转化，天地的变化，政教之所以产生。”这个“易”，体现的依旧是“大一”之理。无论是《周易》，还是《礼记》，儒学孔门传授的就是顺天应人之道。孔颖达特别指出，论天地阴阳之理是为了致用于政教，不可流于空泛的学说，要将佛门之义与孔门之义的界限划清楚。“原夫易理难穷，虽复元之又元，至于垂范作则，便是有而教有，若论住内住外之空，就能就所之说，斯乃义涉于释氏，非为教于孔门也。”“今既奉敕删定，考察其事必以仲尼为宗，义理可发”。可见，虽然孔颖达从佛、道学说中找到了一些观点和论辩方法，以借鉴之，但又十分注意划清儒与佛、道的界限，无论是论人伦，还是谈天道，都需秉持“孔门”之教，“必以仲尼为宗”。孔颖达等阐发儒家思想也经常运用“道”、“德”，但也指出其区别于老子的“道德”，“道是通物，德是理物，理物由于开通，是德从道生，故道在德上。此经道谓才艺，德谓善行。故郑注《周礼》云，道多才艺，德能躬行。非是老子之道德也。”
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