相比之下，卫鞅没有与旧贵族“剪不断、理还乱”的复杂关系，作为李悝的学生，卫鞅又深得这位变法牛人的真传，怀揣《法经》就是最好的证明。因此，卫鞅决意按照李悝变法的套路，对秦国进行一次大规模的改造。
卫鞅变法的第一项措施，是彻底废除“世卿世禄”制度。
秦献公允许地主、自耕农从军，不过是给新生利益集团提升政治地位开了一个口，让他们得以通过军功得到封赏。与此同时，旧贵族依然继续世袭爵位，造成了新、旧两大集团晋升的“双重标准”。
卫鞅一出手，就彻底堵死了旧贵族承袭祖业的道路，统一了提升政治地位的途径。另外，卫鞅还量化了按军功晋升的标准，明确地规定了各种等级享受的政治待遇，完成了秦献公想完成但最终没有完成的任务。
第二项措施，是将“户籍相伍”制度具体化、严酷化。
秦献公“户籍相伍”制度的重点是强调互助，在“连坐”方面不够具体，卫鞅则在这个方面作了更加具体而严酷的规定，比如：“不告奸者腰斩，告奸者与斩敌首同赏，匿奸者与降敌同罚”。这样一来，“连坐”更具有可实施性，也更具有威慑力。
第三项措施，是严禁“私斗”。
卫鞅所谓的“私斗”，不是一般人在街上打架斗殴，而是指封邑之间的“打砸抢”。在说到秦献公变革时，我们提到过一个最终导致“大武斗”的闹剧。卫鞅这部法令，就是专门惩治这些群体性事件的。
我们知道，发生“大武斗”的根源在于奴隶主不甘心退出历史舞台，所以禁止“私斗”的法令，有效地遏制了旧贵族因被剥夺世袭权而挑动的反扑。
第四项措施，是对农耕“奖惩并重”。
前面说过，秦献公为了促进农业生产的发展，提出了一系列奖励农耕的政策。但卫鞅认为，光有奖励不够，还得有处罚，实行“双向激励”，而且惩罚的效果往往比奖励好。
这项“奖惩并重”的政策规定：各地以农户为单位，对种植、纺织的产出进行排名，靠前者可以免除徭役，靠末者举家没入官府为奴。以前是产出高的受到奖励，大家可以“靠天吃饭”凭运气，现在实行“末位淘汰”，谁要是想做奴隶，可以尽情地偷奸耍滑。
卫鞅推行的这四项措施，主要还是对秦献公变革的完善和发展，当然也有在李悝思想基础上的创新，但基本上还是沿袭了法家的套路。
除了这些政策以外，卫鞅还有一项最有新意的政策，也是整个变法中最操蛋的政策——分户。所谓“分户”，就是鼓励同族分家。
当时的秦国跟其他诸侯国一样，家族的观念比较浓厚，几世同堂很普遍，一户里有好几百口的人也不是什么稀奇的事，这也是传统文化熏陶出来的一种生活习惯。
大家在一个屋檐下过得相安无事，卫鞅抽哪门子的风，偏要硬生生给拆开呢？其中的奥妙就在于秦国的征税方式——按户头征税。也就是说，不管这一户里有多少人，都按照一个单位来征收税赋、征派徭役。本来传统文化就比较重视家族观念，再加上有这样的税赋制度，老百姓当然乐于凑在一堆生活。
为了增加赋税，卫鞅就琢磨出了一个馊主意：“凡是一户有两个成年儿子却不分家的，赋税加倍。”
有记者采访卫鞅：既然想增收，怎么不将户头税直接改成人头税？
卫鞅回答：你以为我不想？我巴不得死人都给刨出来一起算人头税，但实施人头税有“技术性难题”，目前还无解。
卫鞅说的没错，如今想以家庭为单位征收个税，都有难以逾越的“技术性难题”，更别说战国那个时候了。所以分户是增加税收的不得已之策，一个个其乐融融的大家族也就这样被硬生生地拆开，传统文化赖以承继的土壤遭到极大破坏。
总的来看，卫鞅的改革使得地处西部边陲的“虎狼之国”、“蛮夷之国”气象万新。变法10年来，秦国“道不拾遗，山无盗贼，民勇于公战，怯于私斗，乡邑大治”，初现了一个强国的雏形。
公元前350年，卫鞅开始推行第二阶段变法，既是对第一阶段变法的深化，也是对整套变法的完美收官。
在政治方面，推行郡县制，并再次迁都。
经过前一阶段的变法，秦国的经济形态发生了根本性的变化，大量土地的所有权从奴隶主手里转移到了地主、自耕农手里。曾经堪比“国中之国”的旧贵族“封邑”，在很大程度上已经形同虚设，这为加强中央集权提供了契机。
鉴于这种情况，卫鞅在秦国全面推行了郡县制，对秦国管辖的地域，特别是以前由奴隶主控制的地区进行了重新划分，并规定郡、县两级官吏由中央政府任命。通过郡县制的推行，进一步理顺了行政关系，强化了中央对地方的控制力。郡县制也成为后来各封建王朝行政区划体制的模板。
继秦献公在公元前383年迁都栎阳之后，秦孝公又于公元前349年迁都到了地理位置更加优越的咸阳。
在经济方面，卫鞅主要通过四项措施来深化变革。
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