首先是将“分户”由“反向激励”变成“强制执行”。
第一阶段实施的“分户”，主要是发挥税收的指挥棒作用，但“不分户则加赋税”的规定有很大的漏洞。比方说，如果一户有三名成年儿子，按分户的规定就要分成三户，相当于户头税凭空多出两份。但不分户的话只是罚一份而已。“两害相权取其轻”，既然法令没有强制规定，老百姓当然是怎么合算怎么做。因此，卫鞅提出的分户政策并不能起到理想的效果。
于是，卫鞅在第二阶段将分户强制化，严令禁止父子兄弟同处一户。这样一来，老百姓怎么算计都没用，想活命就得分家。
其次，彻底废除井田，摧毁阡陌。
从秦简公的“初租禾”开始，奴隶主占有的井田越来越少，特别是卫鞅变法以来，井田的面积更是呈指数级缩减。对所剩无几的井田进行彻底清算，实际上确立了土地私有化作为唯一经济形态的地位，堵死了旧贵族通过占有土地向地主阶层反攻倒算的道路。
第三，实行新的“赋税法”。
由于土地占有制度已经彻底被颠覆，旧的赋税方式不再适用。为了统一税收方式，适应土地私有化的经济形态，卫鞅相应地提出了按照土地面积征税的新“赋税法”。
统一赋税方式可以靠法令，但也会遇到“技术性难题”，这就是各地度量衡的差异。因此，为了全面推行“赋税法”，卫鞅提出了第四项措施——统一度量衡。
度量衡不统一，除了给征税造成困难以外，地方之间的经济贸易也受到极大制约，这个很容易理解。更重要的是，经济贸易受到限制，不利于国家经济一体化建设，一些地方就有搞“国中之国”的可能。例如民国的时候，阎锡山在山西建铁路，就要比其他地方窄一些，以“捍卫”自己的“经济主权”，维持军阀统治。因此，卫鞅统一度量衡，客观上也是在加强中央的经济集权和政治集权。
经过两个阶段的变法，秦国国力大增，迅速从一个积贫积弱的衰败之国，成长为生机勃勃的先进国家。从公元前356年到公元前338年秦孝公去世，强大起来的秦国频繁征伐与之接壤的三晋，其中大规模征伐魏国就有六次，多次取得重大胜利，令诸侯各国特别是韩、赵、魏“谈秦色变”，秦国也登上了争霸的历史舞台。
秦献公的变革遇到了很大的阻力，卫鞅变法当然不可能一帆风顺。
变法之初，旧贵族不能坐视自己的既得利益受到损害，但又不敢直接对抗卫鞅。一些阴险的投机分子就挑动太子率先违反法令，给卫鞅出难题。
太子犯法，卫鞅就为难了，处罚还是不处罚？处罚吧，毕竟是太子，不说投鼠忌器，总也得给自己留条后路吧？不处罚吧，跟天下的官吏和百姓怎么交代？没有诚信，看菜下饭，以后谁还守法？
除此之外，卫鞅还有更深层次的考虑：如果铁面无私，自己可能遭到太子的反攻倒算，性命难保。如果网开一面，自己可以无性命之忧，但变法也会被扼杀于摇篮中，一世英名将毁于一旦，更何况旧贵族极可能借此事件“痛打落水狗”。
思来想去，卫鞅决定舍生取义，认定“法之不行，自上犯之”。既然太子闯到枪口上了，那就先拿来给变法祭旗！当然，卫鞅还是给太子留了一点面子，以“君嗣不可施刑”为由，让负责教育太子的公子虔、公孙贾代为受刑。在第二阶段变法时，公子虔再次触犯法令，卫鞅以“累犯”的罪名将他的鼻子割去。
在整个变法过程中，这样的事件屡见不鲜，由于既得利益受到损害，宗室贵族对卫鞅的态度可以用“含血愤天”来形容。
对此，仗着有秦孝公支持的卫鞅并没有引起足够的重视。公元前340年，卫鞅因伐魏有功而得到商、於十五邑的封赏，号为商君。
此时的卫鞅已经完全陶醉于一片光环之中，但一个叫赵良的人预感到了卫鞅身处的严重危机。
《史记》记载了两人的一次长谈，在这次谈话中，赵良从一个旁观者的角度，对卫鞅引以为豪的变法事业、卫鞅的性格弱点可能导致的危机进行了深入剖析。实际上，这也是史学家司马迁以历史的眼光，借赵良之口，对卫鞅本人以及他的变法发表自己的观点。
赵良认为，卫鞅已经处在重重危机之中，理由是：——卫鞅因宠臣景监而发迹，官场“出身”有先天缺陷，没有什么“名”可言。
——卫鞅不改善民众的生活，而是在咸阳大兴土木、劳民伤财，这算什么“功”呢？
——卫鞅在变法中，从太子到百姓，都太过严厉，一味强调酷刑，而疏于教化引导，得不到群众发自内心的支持。
——卫鞅居功自傲、功高盖主、目中无人，全然不知自己一旦失去国君的支持，将死无葬身之地。
赵良建议卫鞅急流勇退，归还所获封地，劝谏秦孝公改行宽松政治，在秦国恢复礼制。但是，正处于人生巅峰的卫鞅听不进去。
公元前338年，秦孝公去世，太子继位，是为秦惠王。卫鞅失去了政治靠山，公子虔趁机跳出来弹劾卫鞅，曾经被处置过的这个太子开始秋后算账，对卫鞅发出逮捕令。
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