铁保的命运决定了李毓昌案不会草率结案。嘉庆皇帝紧接着处置了江苏省的其他官员。嘉庆斥责江苏巡抚汪日章：“身为巡抚，所属有此等巨案却全无察觉，如同聋聩，尚不至如铁保之固执谬见，但已属年老无能，着令革职回籍。”
江宁布政使杨负责救灾办赈，不但查不出王伸汉冒领赈银，就连查赈官员被害也浑然不觉，罪责比巡抚要重得多，“本应革职，但姑念其平日尚属实心，着令降留河工效力”。杨受到了降级的处分，被发配到河工系统戴罪立功。
江宁按察使胡克家对现任官员暴毙的重案，没有详细复核查验就草草结案，实属渎职，“着令革职，留河工效力以观后效”。
此案最终查明王伸汉侵吞了赈银两万三千两，其中一万两银子被王伸汉用来上下打点。嘉庆要求查抄王伸汉的家产。他的家产不足贪污数额部分，均由铁保、汪日章、杨、胡克家四人“摊赔”。清朝官员对由自己造成的财政亏空，要自己拿钱补上缺口，这叫作“赔补”。对于没有办法确认财政缺口的，由相关官员分摊赔补，这叫作“摊赔”。
下一个被查办的官员是淮扬道道台叶观潮，叶观潮对山阳县虚报户口、侵吞赈银、杀人灭口之事一无所知，对辖区内的重大事件失察，难辞其咎。也许是因为清朝的道是一个比较虚的行政区划，嘉庆皇帝对叶观潮的处分并不太严厉，只是给予革职留任的处分。
淮安知府王毂之前就收受王伸汉的贿赂，李毓昌被害后，他又收受王伸汉贿银两千两，对王伸汉的一系列罪行不管不问，情节严重。刑部一开始是依照“盗仓库钱粮一千两以上”的律例，拟判王毂“斩监候”，也就是斩首、缓期执行。嘉庆接到判决后，非常不满。清朝死缓判决需要经过秋审环节。在秋审的时候再决定是归入“情实”立即执行，还是继续归入其他情况，然后不是释放就是继续羁押。总之，死缓判决大多数都死不了。嘉庆皇帝对王毂的判决批复道：“何必稽延时日，着改为‘绞立决’，即派刑部侍郎秦瀛监视行刑。”嘉庆觉得王毂的死刑就不要等到秋审了，他迟早会判死刑的，所以，何必拖延时间呢。嘉庆命令刑部直接派官员把王毂押去执行死刑。
李毓昌案起源于查赈。此次苏北水灾，江苏省一共委派了同知林永升、候补知县李毓昌、府知事余清扬、州同龚国及谢为林、教谕章家、县丞张为栋、训导言廷璜、典史吕时雨及从九品官员温南峰、黄由贤等十一人查赈。其中，林永生是负责人，名为总查。除了李毓昌外的十名调查官员，总查林永升，受贿一千两，按“盗仓库钱粮一千两”律例，被判以革职，杖一百，流放四千里。嘉庆皇帝也觉得太轻了，下令改为革职，杖一百，发往乌鲁木齐效力赎罪。典史吕时雨，受贿九百两，从九品温南峰，受贿七百五十两，都按“盗仓库钱粮六百六十两”律例，被判以革职，杖一百，流放三千五百里。训导言廷璜、县丞张为栋，各受贿三百两，府知事余清扬受贿二百两，按“盗仓库钱粮一百两以上至三百三十两”律例，被判以革职，杖一百，流放两千里。以上几人都附加抄没家产。
教谕章家，和李毓昌一样，洁身自好，没有接受贿赂，在查赈过程中认真办事。调查中没有发现章家的罪行。嘉庆皇帝得到报告后，总算是得到了一点安慰。嘉庆皇帝认为章家璘“吏风堪为可嘉”，提拔他为即用知县。
王伸汉的长随包祥，是陷害李毓昌的罪魁祸首之一，而且以下犯上，最终酿成巨案，按照“谋杀加功”律例，被判以刑挟一次，再行斩首。李毓昌的长随李祥、顾祥、马连升，谋害主子，属于穷凶极恶，按照“雇工人谋杀家长、照子孙谋杀祖父母者，皆凌迟处死”律例，将顾祥、马连升各重责四十板再行凌迟处死。而李祥又是谋害主子的元凶，必须从重惩处。嘉庆命令刑部派一名司官，把李祥押赴山东即墨，在李毓昌墓前刑挟一次，再凌迟处死，摘心致祭。
仵作李标，在王毂施压下，故意检验不实，被判以杖一百，流放三千里。李标当时已经超过七十岁了，还是不能拿钱恕罪。此外，案子查办过程中还发现林永升的家人薛元，收受了王伸汉的贿银一百两，被判处杖六十，徒刑一年。
王伸汉是此案的主犯。嘉庆皇帝说，王伸汉贪污两万多两救灾款，又谋杀李毓昌，已经法无可恕，“贪渎残忍，莫此为甚”，着立即斩首。贪污款项，除查没家产外，还勒令王家的亲属赔偿。这样嘉庆皇帝依然不解气，还要株连王伸汉的儿子。王伸汉有四个儿子，大儿子才十二岁，最小的儿子刚出生不久。嘉庆皇帝命令将王伸汉的几个儿子先关押起来，等成年后发配新疆。王伸汉的两个儿子，就死在流放地。而他的遗孀日后孤苦无依，还要缴纳罚金。应该说王家家破人亡，还日日遭受官府的追缴，是罪有应得。
嘉庆皇帝对有罪人员的处置，应该说是很严厉、很到位的。他没有把处罚局限在一个小范围内，而是充分追究“连带责任”，处理了一大批人。“连带责任”是清朝行政法的一大特征。比如，某个官员被查明贪污腐败，那么保举他、委任他的上司也要受到处罚。谁让你用人不当呢？还有一种情况是，官员的亲属也要负连带责任。比如，某个贪官贪污了巨款，但是查抄他府邸的时候，发现他的现有财产抵不上他贪污的数额，那么，这个贪官的亲属有责任赔偿剩下的财产。立法者假定亲属都沾了贪官的光，获了利。连带责任的立法本意，是让官员谨言慎行，约束亲属和身边的人。
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