1920年，代理文科学长陶孟和准许了9名女生入校旁听，引起社会上的议论和教育部的批评，甚至总统徐世昌都出面警告北大当局，认为国立学校应该保持“崇高的道德水准”。但是当时并无法律明文禁止男女合校，已经回到北大的蔡元培就凭这一点，没有请求政府的许可，便正式批准了那9名女生注册为北大正式学生。自此，北大开始正式招收女学生。
蔡元培先生在北大讲授的惟一课程是《美学》。一位同学的回忆录中记载下当时课堂的情境：“他教的是美学，声浪不很高，可是很清晰，讲到外国美术的时候，还带图画给我们看，所以我们觉得很有趣味，把第一院的第二教室完全挤满了。第一院只有第二教室大，可坐一二百人，……挤的连讲台上都站满了人，于是没有办法，搬到第二院的大讲堂。”
蔡元培先生明确指出：国文分两种：一种实用文，在没有开化的时候，因生活的必要发生的；一种美术文，没有生活上的必要，可是文明时候不能不有的。
蔡元培在回复林琴南的一封信中谈到了自己的两种办学主张，第一条便是：对于学说，仿世界各大学通例，循思想自由原则，取兼容并包主义，无论有何种学派，苟其言之成理，持之有故，尚不达自然淘汰之命运者，虽彼此相反，而悉听其自由发展。
蔡元培任民国教育总长时，范源濂任次长，他们办教育的方法相对立。范说：“小学没有办好，怎么能有好中学？中学没有办好？怎么能有好的大学？所以我们的第一步，当先把小学整顿。”蔡元培说：“没有好大学，中学师资哪里来？没有好中学，小学师资哪里来？所以我们第一步，当先把大学整顿。”
蔡元培谈及自己的教育理念：大学教育的目的与观念是明确的，就是要使索然寡味的学习趣味化，激起人们的求知欲望，我们决不把北大仅仅看成是这样一个场所——对学生进行有效的训练，训练他们日后成为工作称职的人。……这所大学还负有培育及维护一种高标准的个人品德的责任，而这种品德对于做一个好学生以及今后做一个好国民来说，都是不可缺少的。
【兼收】
蔡元培的兼容并包是北大最重要的思想资源，他说：“大学之大，因其无所不包，各种言论思想均可自由，但亦不必出于互相诟骂。如各有主张，尽可各自鼓吹自己主张之长处，不必攻击或排斥他种主张。”
由于重视延聘选拔有真才实学的各方面人才，容纳各种学术和思想流派，使北大的教员队伍发生了很大变化。一时北大人才济济，学校面貌为之一新。据1918年初的统计，全校共有教授90人，从其中76人的年龄看，35岁以下者共43人，占57％，50岁以上者仅6人，占8％。最年轻的文科教授徐宝璜仅25岁，其他如胡适、刘半农等也都是二十七、八岁的青年。蔡元培出任校长时也只有50岁，教授平均年龄仅30多岁。而这时北大本科学生的平均年龄为24岁。
1917年，蔡元培采用“思想自由，兼容并包”的办学方针，实行“教授治校”的制度，提倡学术民主，支持新文化运动。蔡元培任北大校长时，北大国文科只有经史子集，外国文只有英文，教员只有旧的几个人。蔡元培于旧人旧科目之外，加了戏曲和小说，章太炎的弟子黄季刚，洪宪的刘申叔，尊王的辜鸿铭之外，加添了陈独秀、胡适之、刘半农一班人，英文之外也添了法文、德文和俄文了。于是，北大有了主张新文化运动的领袖人物胡适、陈独秀、鲁迅等人；有复辟派、主张恢复帝制，拥护袁世凯做皇帝的急先锋辜鸿铭、刘师培等……；有最早把共产主义介绍给中国的李大钊、也有最早介绍无政府主义的李曾石、还有最早介绍爱因斯坦相对论的夏元瑮……；此外他还启用了钱玄同、俞同奎、沈尹默等一批老北大的老人，更启用了只有二十三、四岁的梁漱溟等一批年轻人……，还请来了刚从欧洲回来的女教授陈衡哲先生、聘用了数学系老教授冯祖荀，外籍教授、地质系的葛利普等，还有画家徐悲鸿。
蔡元培初到北大，进行改革，学校里的旧学者极其不满。北大最初开讲元曲，有人便造谣说在教室里唱起戏文来了，又因提倡白话文的缘故，又有人说用《金瓶梅》当教科书了。有些守旧学者更是直接在课堂中开骂。周作人就曾写到当时情形：“别的人还隐藏一点，黄季刚最大胆，往往昌言不讳。他骂一般新的教员附和蔡孑民，说他们‘曲学阿世’，所以后来滑稽的人便给蔡孑民起了一个绰号叫做‘世’，如去校长室一趟，自称去‘阿世’去。知道这个名称，而且常常使用的，有马幼渔、钱玄同、刘半农诸人，鲁迅也是其中之一，往往见诸书简中，（注：五四之后，蔡元培辞职，不久又回京主校。鲁迅对此甚为关切，在给友人的信中写道：“听说‘世’有可来消息，真的吗？”）成为一个典故。
当时的报纸上反响亦大，上海研究系的《时事新报》开始攻击，北京安福系的《公言报》更加猛攻，由林琴南出头，写公开信给蔡元培，说学校里提倡非孝，要求斥逐陈胡诸人。蔡答信说，《新青年》并未非孝，即使有此主张，也是私人的意见，只要在大学里不来宣传，也无法干涉。林氏老羞成怒，大有借当时实力派徐树铮的势力来加压迫之势，在这时期五四风潮勃发，政府忙于应付大事，学校的新旧冲突总算幸而免了。”
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