林纾等人公开向蔡元培的改革责难。因为陈独秀的言论最为激烈，所受的攻击也最惨酷。守旧派在思想观念上攻不倒陈独秀，便在陈的狎妓、“打场”（即与人同争一妓而生纠纷）一事上大做文章。周作人在《知堂回想录》中曾说到，那时“北京御用报纸经常攻击仲甫，以彼不谨细行，常作狭斜之游，故报上记载时加渲染，说某日因争风抓伤某妓下部，欲以激起舆论，因北大那时有进德会不嫖不赌不娶妾之禁约也。”对指向陈独秀的此种攻击，蔡元培本也是尽力回护的。在回复林纾的公开信中，蔡元培说：“对于教员，以学诣为主，以无背于第一种之主张（按指学术自由、兼容并包）为界限，其在校外之言动，悉听自由，本校从不过问，亦不能代负责任。例如复辟主义，民国所排斥也，本校教员中有拖长辫而持复辟论者，以其所授为英国文学，与政治无涉，则听之。筹安会之发起人，清议所指罪人者也，本校教员中有其人，以其所授为古代文学，与政治无涉，则听之。嫖赌娶妾等事，本校进德会所戒也，教员中间有喜作侧艳之诗词，以纳妾挟妓为韵事，以赌为消遣者，苟其功课不荒，并不诱使学生而与之堕落，则姑听之。夫人才至为难得，若求全责备，则学校殆难成立。且公私之间，自有天然界限。”这里，“拖长辫而持复辟论者”指辜鸿铭，“筹安会发起人”指刘师培，二者都是北大校园内守旧派的代表性人物，蔡元培举出此二人来抵挡林纾等人对陈独秀私德的攻击，是很巧妙的。
1917年，辜鸿铭踊跃参与“张勋复辟”，被封为“外务部侍郎”，12天后复辟失败，辜鸿铭只好又回到北京大学教他的英文，不过等待他的却是激进的师生们送给他的一顶“复辟论者”的帽子。为了避免政治上的攻伐，校长蔡元培不得不公开发表言论为他辩护：“本校教员中，有拖长辫持复辟论者，以其所授为英国文学，与政治无涉，则听之。”
刘师培在辛亥前就投靠端方，叛变革命，甘愿充当奸细，出卖同志。蔡元培惜其才，极力为之辩护：“刘申叔，弟与交契颇久，其人确是老实，确是书呆！”后刘师培又襄助洪宪帝制，为时人不齿，但蔡元培仍延请他在北大教书。
蔡元培看到《新青年》，非常喜欢，第二天一早就去拜访陈独秀。陈贪睡，蔡元培就在门口一直等他醒来，当即聘他为文科学长。黄侃、马裕藻很不高兴，抱怨道：“陈独秀不过能写点笔记文，怎么能作文科学长。”蔡元培说：“仲甫精通训诂音韵之学，如何做不得学长？”
上海的庄森先生发表了一篇文章，题目叫《蔡元培为陈独秀编造假履历》。内容说，蔡元培（孓民）校长为了使当时的教育部批准陈独秀出任北京大学文科学长，造假说陈独秀曾毕业于日本大学，曾在安徽高等学校担任校长。实际上，陈独秀虽然多次到日本，但并未进大学，也没有当过安徽高等学校校长。
蔡元培看到梁漱溟一篇文章而决定聘其做北京大学印度哲学讲席，梁漱溟辞以对印度哲学实无所知。蔡说：“你说你教不了印度哲学，那么，你知有谁能教印度哲学呢？”又说，“我们亦没有寻到真能教印度哲学的人。横竖彼此都差不多，还是你来吧！你不是爱好哲学吗？我此番到北大，定要把许多爱好哲学的朋友都聚拢来，共同研究，互相切磋；你怎可不来呢？你不要当是老师来教人，你当是来合作研究，来学习好了。”
蔡元培曾用“万物并育而不相害，道并行而不相悖”的观点，来解释他的“思想自由、兼收并蓄”的主张。“我素信学术上的派别，是相对的，不是绝对的；所以每一种学科的教员，即使主张不同，若都是‘言之成理、持之有故’的，就让他们并存，令学生有自由选择的余地。”所以在当时的北大，人们常常可以见到钱玄同大讲“人过了40就要枪毙”，黄侃则在隔壁大骂他“要取消汉字”的谬论，而钱玄同也不在乎，照讲不误。
蔡元培先生一到北大，就请全国侧目的提倡新文化运动的陈独秀作文科学长。这种安排，震撼了当时的学术界和教育界，得到学生的欢呼拥护。李大钊、李四光、胡适，都是蔡先生请来的。章士钊创立逻辑的学名，北大就请他用《逻辑》开课；胡适和梁漱溟对孔子的看法不同，蔡先生就请他们同时各开一课，唱对台戏。1917年以后的几年里，北大30岁左右的青年教授相当多，其中不少人和蔡先生并不相识，而是从科学论文中发现请来的。
1919年，北大决定取消文、理学长，改设教务长统管文、理、法三科。北大当时以文、理科的教授力量较强，双方对此职务都志在必得，文科的胡适甚至毛遂自荐，结果遭到理科的强烈反对。最后经过商量，决定由各科先推出一名候选人，然后三选一。理科推选的是俞同奎，文科推选的是陈大齐，法科推选的是马寅初。结果，蔡元培为了避免文理之争，投了马寅初一票，马寅初因此当选。
蔡先生延请天下俊彦到北大讲学。1919年5月起，哲学家杜威在此讲学两年。之后，罗素、班乐卫、杜里舒、泰戈尔等相继来校。前苏联盲诗人爱罗先坷被日本政府驱逐出境，于1922年春到北京。蔡先生便请他到北大教世界语，月薪200元。
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