从保护天下平民百姓的权益出发，明初严惩贪官污吏种种举措，无可非议，因为它是以维护黎民百姓的利益为出发点的。朱元璋出身贫苦，曾深刻体验到官吏贪暴对百姓的生计与王朝政治的危害，元末农民战争的亲身经历更使他不能坐视官吏的营私舞弊。他万分担心大明王朝的命运，千方百计避免重蹈历史的覆辙，因此他毫不犹豫地打击欺上瞒下的行为，同时为了杀一儆百，不惜施用重刑酷法。总的来说，朱元璋惩治贪官污吏，属于官僚统治阶级集团内部的调整与斗争，对于普通百姓的损害并不十分明显，甚至应该说，具有相当大的积极意义。贪官污吏的收敛无疑是百姓的福音，对贪官污吏财产的剥夺，在一定程度上可以缓解国家财政收支的困窘，减少了对无辜百姓的摊派。
但是，在朱元璋惩治贪污的行动中，矫枉过正的消极影响也是非常严重的。不能否认，朱元璋严刑厉法，大开杀戒，无论对贪官还是清官，震慑力是可想而知的。功高望重的公侯尚且避之犹恐不及，一般官吏更是整日惶恐不安，不知何时大祸临头。表面上看起来，各级官吏都努力廉洁自守，但这种局面是极不正常的，各位官吏每日只担心自己的身家性命，哪还有心思顾及其他？而且动辄得咎，并无申辩的权利，每日生活于恐怖之中，只想到苟延残喘，哪还有心思忠君爱民追求政绩呢？因此，后世士大夫在脱离当时具体环境之后，出于对贪官污吏的痛恨，对朱元璋大加褒美，不免带有强烈的理想色彩。一国之君应倡导各级官吏遵守国家法令，违法者必究，而不能让所有官吏无端受戮，生活于恐怖之中。即使这种恐怖统治可以在一段时间内使国内政治清明平静，但这种清明平静是虚假而可悲的，也是无法长期维持的。
更有甚者，朱元璋在惩治贪污的过程中，往往是亲自审理，对于犯罪事实的判别并不是依据法律条文及事实真相，往往臆度专断，同时随意施以惨刑，其结果屈打成招，广事株连，“锻炼”成狱。这种真伪不分、忠奸不辨的惩办只能使天下百姓对当朝政权感到失望，“法度严而民玩”，“法网密而民不从”，正是说明了这种情况。这又给了那些阿谀奉迎的官吏以随意诬陷、挟仇报复的可乘之机。
由于广事株连，官员动辄得咎，到朱元璋统治后期出现了“才能之士，数年来幸存者百无一二”的局面，也就是说，大批官员被戮，直接影响到国家机器的正常运转。对此，相传刘基等人也婉言上谏“严冬过后，必有阳春”，“诛戮太甚，恐伤和气”，朱元璋本人也明确意识到了这一点，故而在洪武二十八年（1395年）下令道：朕自起兵至今四十余年，亲理天下庶务，人情善恶真伪，无不涉历。对于奸顽刁诈之徒、情犯深重灼然无疑者，特令法外加刑，意在使人知所警惧，不敢轻易犯法。不过此为力挫奸顽的权宜之计，并非守成之君所用长法。以后嗣君统理天下，谨守《大明律》与《大诰》，不许使用黥、剌、刖、劓、阉割之刑。
“始作俑者，其无后乎？”朱元璋虽然一再告诫后世子孙不得再用惨刑，然而后世君王似乎在他的行为中悟到了更多的东西，这也就是法律条文不过是一种可以任意摆弄的玩偶，惨刑是一种加强淫威的有力手段。可以说，朱元璋的示范作用确实拉开了明朝法制史上滥施惨刑的序幕。如“剥皮实草”的惩治方式就在明朝历史上屡见不鲜，这不能不说是朱元璋首开恶例。明成祖朱棣便是在朱元璋诸子中最能得其父衣钵的一位，他发动“靖难之役”，夺取了其侄建文帝的皇位，弄得建文帝下落不明，一批誓死忠于建文帝的大臣不免成为朱棣屠戮的对象。如景清被捕后，傲然挺立，破口大骂朱棣，朱棣命卫士拔其齿，景清且拔且骂，含血直喷到朱棣的衣袍之上。朱棣大怒，命“剥其皮，以草填充，悬挂于长安门之上，碎割其骨肉”。另外一名大臣胡闰也因大骂朱棣，朱棣命手下将他勒死，以灰蠡水浸脱其皮，剥下后，以草填充，悬挂于武功坊。明末魏忠贤专政之时，是宦官擅权，特务政治最为黑暗的时期，魏忠贤为压制天下的不满，同样滥施惨刑。“民间偶语，或触忠贤，辄被擒戮，甚至剥皮断舌，所杀不可胜数”。看来，朱元璋不仅没有成功地解决官吏贪污问题，却为后代树立了滥施惨刑的榜样，更为那些图谋帝王之位的奸恶之徒提供了“宝贵”的经验。罢废丞相与内阁制度之确立在封建社会，君权至高无上，神圣不可侵犯。其实也不尽然，中国历史上君权与相权之争曾长期是庙堂争斗的焦点。权力欲极强的朱元璋断然采取措施，废除了丞相制度，却由此也打开了明朝政治腐败之门。
洪武十三年（1380年），明太祖朱元璋以“擅权枉法”的罪名，诛杀了丞相胡惟庸。随后，他又取消中书省，废除了丞相一职。并且在《祖训》中规定：自古三公论道，六卿分职，并不曾设立丞相。秦朝设置丞相，不旋踵而亡。隋、唐、宋各朝因袭此制，其间虽然不乏贤相，但也多有专权乱政的小人。现在我朝罢除丞相，设立五府六部，彼此相互制约和抗衡，而诸事皆由朝廷总揽。后代子孙做皇帝，都不许再行设立丞相。臣下胆敢奏请设立的，群臣实时劾奏，将犯人凌迟，全家处死。
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