废除丞相，不仅是有明一代的大事，也是中国政治制度史上一个划时代的重大事件。它表明——中围封建社会中君权与相权之间长期的矛盾斗争，至此告一个段落；秦汉以来的宰相制度从此废止，皇帝的权力更大了，君主专制的中央集权制度。从此发展到了一个崭新的阶段。此后，明代以内阁制度取代历朝的丞相制度，事实上反映了我国封建社会后期皇权的高度强化。
从历史上看，自秦始皇统一中国、创建君主专制中央集权的政治制度以后，地方集权于中央，中央集权于皇帝。身居“一人之下，万人之上”的丞相（宰相），历来是辅弼皇帝处理全国政务的最高行政长官。然而，在漫长的历史时期，由于权力分配上的不均。皇权与相权之间始终互为消长，不断发生冲突。这种矛盾、斗争的结果，一方面表现为宰相的“专权”甚至于“篡位改朝”。譬如，霍光、曹操、司马氏父子和桓温等人，就是以相权压倒帝权的典型人物。另一方面，历代有所作为的君主，无不采取措施限制相权的膨胀。伊尹放太甲，成王疑周公，便是极早的例证。自此以后，君、相之间的斗争就始终没有停止过。到明代，作为一代雄猜之主的朱元璋，深感丞相的权力对他的帝业终究是个威胁，于是干脆废除了丞相一职，实际上是以皇帝兼行宰相的职权，成为中国历史上权力最大的君主之一。
在丞相制度废除之前，六部从属于中书省，此后则直接听命于皇帝，并向皇帝负责。明太祖将此前丞相的职权作了重新的划分、定制、决策诸大权，收归他本人亲自掌管；实际政务则通过提高六部尚书的职权，交由六部分担。明太祖将中枢机构概括为：“六卿分职，朝廷（皇帝）总揽。”然而，这种划分也随即产生了一个新的矛盾——废除丞相虽然使得朱元璋一人大权独揽，满足了他个人强烈的权力欲，但此后六部处理的政务，事无巨细，最后全都汇总到他的手里。有人做过一个统计，废相之后，以洪武十七年（1384年）九月十四日到二十一日为例，8日之间，内外诸司奏札共1660份，合计3291桩事。换言之，朱元璋每天平均要看200个报告，处理400多件事情。如此繁多的政务，使得朱元璋即便是精力过人，事必躬亲，也仍然会因应接不暇而心力交瘁。尤其是定制、拟旨、批示等都要笔之于书，写成文件，此类的文书工作，更非一人所能操持应付。故而朱元璋也不得不承认：“朕尝思之，人主以一身缔御天下不可无辅臣。”
为了解决这一新的难题，洪武十三年（1380年）九月和十五年（1382年）十一月，独裁勤政的朱元璋先后设置了“四辅官”和“殿阁大学士”，让他们襄助侍从，以备顾问，并协助自己批阅奏章，处理政务。一般认为，殿阁大学士的设立，标志着明代内阁制度的萌发。内阁制度的萌发绝不是偶然的，它是朱元璋大权独揽而又无法不任用辅臣的结果。
明成祖朱棣即位后，为了进一步强化君主专制统治的职能，又挑选了一批翰林入值文渊阁参掌机务。因文渊阁在午门之内的内廷，遂有“内阁”之称。当时，朱棣也是自操威权，而让儒臣侍奉左右出谋划策，以备顾问。
然而，朱棣虽然信用阁臣，但因后者的品秩不高，故而在处理朝政时仍然多有掣肘。有鉴于此，随后的仁、宣时期，就不断提升阁臣的官阶，从而使得内阁权限发展到了一个新的阶段。原先只有五品衔的内阁学士，此时却跻身于公侯尚书之列，内阁势力也因此超过了六部的权力。对此，《明史·七卿年表序》说：明太祖十三年罢丞相，政归六部，（六）部权重也。洪、宣以后，阁体既尊，而权亦渐重，于是（内）阁、（六）部相持。
于是，内阁便从最初的文学侍从机构，逐渐演化成凌驾于府部院寺之上的中枢机关。特别是宣德年间，内阁开始“票拟”。所谓票拟，是指阁臣将处理政事的初步意见拟具成文、奏呈皇帝的工作，这实际上就是掌握了代替皇帝起草批文意见的职权，等于直接参与了国家政事的处理。于是，内阁的权位得以迅速地提高。后人将明代内阁之职比做古之丞相，主要原因就是阁臣主持票拟的缘故。在宣宗朝，由于皇帝的信任，阁臣“三杨”（杨士奇、杨荣、杨溥）所草拟的意见，绝大多数都能很快变成在全国必须遵照的谕旨，当时内阁的票拟制度，有效地加强了中央集权，提高了明王朝国家机器的效能。
随着内阁权势的提高和阁臣品位的尊崇，阁体内部也发生了变化。内阁大学士多时达六七人，最少也有二三人。仁、宣年间，内阁权力集中在“三杨”手中，其他阁臣的权力不能与之相提并论，明中叶后形成的“首辅”制度。实际上在此时已初见端倪。后来，在主持票拟及处理其他政务时，往往根据阁臣入阁的先后、资历的深浅以及皇帝的旨意等，在阁臣中挑选一人担任内阁首领——首辅，首辅之下为“次辅”或“次揆”，其余的大学士作为他的助手，号称“群辅”，权力远较首辅要小得多。
此时的首辅品位尊崇，与皇帝是近水楼台，权大势重，恍若汉唐时代的宰辅，所以内阁首辅号称“无宰相之名，有宰相之实”。不过，虽然后来在入值阁臣中也曾出现过权力很大、与历代丞相颇为相似的内阁首辅，但明代的内阁制度与先前的丞相制度，毕竟仍有着本质的区别：首先，丞相具有裁决机宜的执行权，遇事可以上奏执行，甚至可以先斩后奏；而内阁辅臣却没有汉唐宰相的实权，事无巨细都要禀承皇帝的旨意，请旨定夺，一切都断自宸衷，遵照他的意见拟具出办法，等被批准之后，才能据以拟旨颁行。换言之，内阁对于朝政国事，并无独立裁决的法权，而是奉诏办事，其职掌实际上并没有超出翰林的职责以外，也从未改变其“侍从左右，以备顾问”的身份。从本质上看，明代的阁臣，事实上还是文学侍从之臣，做着翰林分内应做的事情。丞相拥有法定的权力，而阁臣包括首辅在内，只备皇帝“顾问”，其权力的大小，完全取决于皇帝对他们眷顾的程度。故而明代阁权之轻重大小一直处于飘忽不定之中。其次，在历代中央集权制度下，“统理政务，统率百僚”的丞相是法定的最高行政长官，有自己的相府以及诸多僚属。在明初，丞相府称为中书省，省中有左丞、右丞和参知政事等属官，六部为其直接的下属机构。而内阁则不同，它不是法定的最高行政机构。首辅亦非法定的最高行政长官，六部更不是它法定的直接下属，阁臣的品秩有的甚至比各部尚书还要低。再次，先前的宰相身处一人之下、万人之上，总得位极人臣者方能跻身相位；但阁臣却不一定，起初各类学士的品秩才区区五品，甚至更低。嗣后阁臣体制虽然渐趋尊崇，入阁者往往先是任命为礼部侍郎或尚书，再以兼任××大学士而入预机务，但入阁者品秩不拘这一特点却与明代相始终。此外，丞相历来有着定员定制，而阁臣则无定数。丞相通常是左相、右相各一人，最多时也不过再加上一两个；而阁臣则不然，在明代中后期，其人数少则四五个，多时七八人，最多时竟达十数名。内阁始终不是中央一级正式的行政机构，与六部并没有任何的隶属关系，内阁大学士兼尚书只是虚衔，不许实际掌管六部的事务，内阁并无对部臣发号施令之权，更无直接任免官吏的权限。
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