为了征发赋役，加强对基层社会的严格控制，明初编制了黄册和鱼鳞图册，详细登载各地居民的丁口、产业状况、每乡每户土地的亩数及其方圆四至，从而在一定程度上减少了豪强富户隐匿土地和户口的情况。在此基础上，又推行里甲制度和关津制度，以防止百姓的流移或隐匿户口。
在文化方面，为了显示专制皇权至高无上的权威，钳制社会舆论，扼杀异己思想的萌发，朱元璋竭力加强政治上的专制主义，用高压手段大兴文字狱，打击那些不与自己合作的文人。文字狱株连蔓引，以至于后来身陷其中的不少文人、官员，其本意原是献媚、颂扬朱元璋的，却无意间触犯了忌讳，招来横祸。与此同时，朱元璋还绞尽脑汁地禁锢读书人的思想，对科举制度的形式和内容作了严格的限定。他制订八股文程序，专以《四书》、《五经》命题，其内容则以钦定朱熹的《四书集注》作为议论的根据。有鉴于此，当时的读书人除了钦定的《性理大全》之外，几乎废书不观，从而严重束缚了知识分子独立思考的能力，使得知识界的思想趋于僵化。在这种情势下，明初的学术界显露出暮气沉沉的状况，弥漫着保守的学风和沉寂的思想。
在军事方面，朱元璋推行卫所制度。在军事重镇设卫，次要地方设所。在全国各地设立军屯，军户屯粮约占全部税粮收入的一半，基本上解决了沿边军士的粮食问题。对此，朱元璋曾踌躇满志地说：“吾养兵百万，不费百姓一粒米。”当时，为了羽翼朝廷、巩固边防，朱元璋将其二十几个儿子和一个重孙分封在全国各地。其中，驻守北方、抵御蒙古的一部分藩王被授予了军权，而另外一些监督地方的藩王，则分驻于内地各省。他虽然对藩王作了不治民事、不授封土的限制，但又规定，藩王可以自置官属；可以移文朝廷索取奸臣，甚至还有出兵“清君侧”的特权。这就使得藩王的权势迅速膨胀，尾大不掉，中央集权与地方分权的矛盾日趋严重。朱元璋死后，由分封制种下的恶果很快便暴露无遗了。
为了解决中央与地方权力分配上的冲突，在齐泰、黄子澄和方孝孺等人的擘划下，洪武三十一年（1398年）五月，即位的建文帝朱允炆推行削藩政策，在短短一年左右的时间里，就先后成功地削、废了5个力量较小的藩王。然而，当削到拥兵10万的燕王朱棣时，“渔阳颦鼓动地来，九重城阙烟尘生”，后者借口削藩违反祖制，以入京索诛奸臣为名，发动了“靖难之役”。
朱棣系朱元璋第四子，长期坐镇北平，节制沿边军马。他曾屡率诸将出征，颇多斩获，功勋卓著。此时，他打着“靖难”的旗号挥师南下，经过4年的内战，终于攻克了南京，建文帝不知所终（或谓阖宫自焚；或云自火逃逸、下落不明；或传出亡为僧，流落云南，难以论定）。朱棣即位，建元永乐，史称明成祖。
即位后的明成祖，为了剪除藩王对中央皇权的潜在威胁，继续推行了削藩政策。他通过削、废、徙等途径，限制藩王势力的发展，将地方的军政大权再度集中到自己手中。与此同时，他还进一步调整了中央机构，正式设立内阁，从而奠定了有明一代政治体制的基本格局。他又重用司礼监宦官，给予宦官以出使、专征、监军、分镇和刺探官民隐事等特权。除了恢复洪武年间一度废止的诏狱外，还增设了东厂，以内监提督。锦衣卫与东厂及后来的西厂，合称“厂卫”。此后，厂卫就一直成为明代皇帝巩固皇权、进行特务恐怖统治的工具。
为了巩固自己的权力中心，防御自北而来的蒙古军事贵族的侵扰，朱棣于永乐十九年（1421年）正式迁都北京，改南京为陪都。在迁都前后的永乐八年（1410年）到二十二年（1424年）之间，他曾五次亲自率兵出塞，远征漠北鞑靼、瓦剌等部割据势力，巩固了对北方的统治。明朝政府还在今东北地区设置了建州卫和奴儿干都司。其中的奴儿干都司，是明朝管辖黑龙江、乌苏里江流域最高一级的地方行政、军事机构。对于此后东北地区的开发，有着重大的影响。
永乐时期，明朝的国力臻于极盛。其综合国力在亚洲乃至世界上，都堪称首屈一指。为了发展对外关系，明成祖推行和平的外交政策，利用雄厚的经济实力，多次组织和派遣使者出使东、西洋各国，以促进明朝政府与世界各国的友好往来。特别是从永乐二三年（1405年）起，他耗费巨资“造大船，竖高樯，选劲卒”，多次派遣三宝太监郑和率领船队出访西洋各国，前后经历了亚、非三十多个国家。郑和船队以先进的航海技术，开辟了亚非海上交通的新格局，使得周边及海外的六十多个国家，都与明朝创建了朝贡关系。显示了明朝在世界上的影响力。它接通了东西海上交通网络，为地理大发现起了先导性的作用。
永乐以后的洪熙、宣德二朝，仍然处于大明王朝的鼎盛时期。当时，社会动荡和政治变革基本结束，明王朝的统治逐渐步入了正轨，故而有人将之比做周代的成、康时期和汉代的“文景之治”。仁宗朱高炽、宣宗朱瞻基虽然缺乏雄才大略，但他们继承明初的成果，推行政治上的守成和经济上的休养生息，史称“守成令主”。在仁、宣时期，内阁权位迅速提高，形成为中枢的辅政机构，从而完成了从丞相到内阁制的转变。特别是仁宗在位期间，重用大臣“蹇夏”（蹇义和夏元吉）和“三杨”（杨士奇、杨荣和杨溥），君臣融洽，政治比较清明，社会和经济也较为稳定，故而后人有“仁宣之治”的说法。当然，在这治平的表象之下，社会危机也在潜滋暗长。
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