当时，明神宗倦于临朝，整个国家缺乏一个强有力的权力中心，这一形势使得朝野上下的派别纷争愈演愈烈。所谓浙党，是指当朝的王锡爵、沈一贯和方从哲等人。他们先后执掌内阁，党同伐异，排斥政敌。于是，一些与“浙党”不和的士大夫逐渐聚集在顾宪成的周围，与当政的浙党相抗争。发展到后来，朝中的其他官僚也纷纷卷入门户党争的漩涡之中。他们或投靠浙党，或依附于东林党。譬如，当时的“秦党”（主要是些陕西籍的官僚），就与东林党人的政见颇相吻合；而籍隶山东、湖广和皖南宣城、徽州一带的不少官僚，则大多依附于浙党，史称“齐党”、“楚党”和“宣党”。其中，宣党首领汤宾尹是宣城人，昆党首领顾天峻是昆山人，其他各党皆各以乡里命名。东林党人与浙、齐、楚、宣诸党势不两立，相互倾轧，互不妥协，从而形成了万历中后期激烈的党争。及至天启年间，面对宦官魏忠贤专权局势的日趋形成，东林党人奋起弹劾，不仅激化了阉党与东林党人的矛盾，而且还使得万历以来的党争形势更趋复杂、混乱。魏忠贤纠集先前反对东林党人的势力，屡兴大狱，不遗余力地打击东林党人。著名的东林党人杨涟、左光斗等，皆因弹劾魏忠贤而被逮捕，并与黄尊素、周顺昌等人一起被残酷杀害。魏忠贤还嗾使党羽编写《三朝要典》及《东林点将录》等文件，力图将东林党人一网打尽。天启七年（1627年），思宗（崇祯皇帝）即位之初，就逮治魏忠贤，将大批阉党定为逆案而分别治罪，并重新召用了一些有声望的东林党人。然而，崇祯二年（1629年）以后，魏忠贤余党温体仁的入阁，使得阉党势力死灰复燃，他们与东林党之间的门户之争再度激化，对立的双方交章弹劾，政争不已，此种局面一直持续到了明朝灭亡。
从总体上看，东林党人坚持正统的儒家伦理思想，主张严格遵守真正的道德规范。特别是在早期，他们往往以标榜个人品质的正直廉洁而闻名天下。东林党的代表人物顾宪成就曾主张，作为一个正人君子，在朝为官必须一心一意为君父着想；在地方做官，就必须关心百姓的日用民生；而闲居水边林下，则应当志在世道。这些话成为当时的“士林标准”，为许多人所躬行实践。于是，东林党人往往不畏强权，为民请命，大胆弹劾朝中权贵，抨击肆虐无忌的宦官，甚至冒犯天颜，公然对皇帝的权威提出挑战。特别是在野的士大夫，常常通过“清议”的方式，直言不讳地批评朝政弊端。明神宗朱翊钧虽然倦于临朝，但却极为贪婪。从万历二十四年（1596年）起，他先后向全国派出了大批宦官充当矿监税使，对各地商民肆意搜刮。这些大大小小的宦官，或专管税务；或监督开矿；或强征店税，或兼采珍宝。他们召募当地的流氓无赖充当打手，打着朝廷的幌子，狐假虎威，嚣张跋扈，极大地加重了民间的苦难。对此，东林党人仗义执言，挺身而出加以抗争。例如，凤阳巡抚李三才，就曾上疏指责矿监税使的四出聚敛，甚至直言不讳地指斥明神宗：陛下宝爱珠玉，百姓也想温饱；陛下爱护子孙，百姓亦爱恋妻儿。何以陛下要拼命地聚敛财宝，却不让百姓满足升斗之需呢？为什么陛下要延福万年，却不让百姓享受朝夕之欢呢？
他坚决要求神宗罢除天下的矿税。东林党人还经常提倡体恤商贾铺行，反对官府的横征强买。在反对矿监税使的活动中，尽管有不少东林党人因此被削职罢官，逮捕问罪，甚至被迫自杀，但他们仍然是前赴后继，在所不辞。
除了反对加派矿税和对工商业的摧残之外，东林党人还致力于反对后妃干政和宦官专权。万历末年及泰昌、天启初年，接连发生了“梃击”、“红丸”和“移宫”三案。“梃击案”发生于万历四十三年（1615年）五月初四日酉刻——一名叫张差的男子手执枣木梃闯入皇太子居住的慈庆宫门，击伤守门内侍李鉴，一直打到前殿檐下，才被内侍韩本用等人擒获。据查，该男子与郑贵妃宫中太监有所牵连，故而一般认为那是企图谋害当时还是皇太子的朱常洛。万历四十八年（1620年），明神宗去世，皇太子朱常洛即位，是为“光宗”，改元“泰昌”。光宗沉湎于女色，不到一个月就一病不起。由于郑贵妃曾向光宗进献美女，并据说指使了中官崔文升进食泄药，故而被认为有谋害光宗的嫌疑。光宗病危后，鸿胪寺丞李可灼又进红色药丸二粒，光宗吃了之后，第二天便一命呜呼，当时称为“红丸案”。光宗死后，为了反对先朝妃嫔挟持幼帝，杨涟、左光斗等人迫使先前与光宗同居乾清宫的李选侍移居哕鸾宫，史称“移宫案”。东林党人以维护皇权的面目出现，坚决反对郑贵妃、李选侍干政，公开抨击危害皇太子、皇帝的行为，主张严厉追查三案的当事人及其幕后操纵者。天启以后，魏忠贤阉党专政，杨涟、左光斗等人上疏弹劾魏忠贤，表现出不畏强暴、刚直不阿的英雄气概，遭到魏忠贤的陷害和镇压。随着阉党势力的恶性膨胀，东林党人遭受到了自万历中叶以来最为沉重的打击，他们或被酷杀；或不得不自杀；或惨遭禁锢；或放逐罢免。
鉴于晚明时期吏治的严重腐败，东林党人还在京察、大计中力图澄清吏治。不过，由于党争利益的需要，东林党人的政治主张往往与他们攻击异己的动机纠缠在一起。
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