可能因为朱、唐二人都为学界名人，名人交讼，且又连上数道奏章，引起人们的格外关注，由是各种猜测纷纷出笼。一般以为，朱、唐矛盾，主要是由两人学术见解的分歧而引起的。在理学方面，唐仲友的许多观点与朱熹相左，有的还针锋相对。唐仲友与宰相王淮是同乡，还有姻亲关系。王淮曾擢迁郑丙为吏部尚书、陈贾为监察御史，使两人协力攻击朱熹的道学，开庆元伪学党禁之先声。唐仲友与郑丙等的关系也都不错，也曾跟着王淮反对道学，自然与朱熹产生嫌隙。
还有人以为先是吕祖谦曾与唐仲友同书会时有龃龉，而朱熹总是袒护吕祖谦，而故意抑制唐仲友，因此两人埋下了不和的种子。其实，当时士人之间的学术见解有分歧是正常现象，如陈亮与朱熹友善，然论学则冰炭不相容，两人曾进行过多次“王霸义利之辩”。朱熹与陆九渊、吕祖谦之间，也都曾用书信往来或讨论会的形式，进行过激烈的学术争论，但互相间相处还是一如既往。所以，朱、唐间发展到两人在政治上互相攻击，乃至你死我活的尖锐程度，想必还应有其他相关的一些原因。
周密《齐东野语·朱唐交奏本末》认为，是唐仲友平时恃才傲物，轻侮朱熹，而陈亮颇为朱熹所推重，与唐仲友却时有矛盾。有一次，陈亮游历台州，看中一名官妓，就嘱托唐仲友为其赎脱官籍，以便自己能与之相好，唐答应了。唐仲友在一次集会上遇到这个妓女，就说：“你果真想跟从陈官人吗？”妓女被问得不知如何回答，唐却接着说：“那你就要做好忍饥受冻的准备才行。”此妓听了若有所悟，显得非常怨愤。自此，陈亮再去此妓女家时，再也看不到从前她那曲意奉承的样子了。陈亮知道被唐仲友所玩弄、出卖，便去见朱熹。恰巧朱熹任两浙东路监司，问起：“近日小唐又在说什么坏话了？”陈亮乘机挑唆道：“唐仲友说你连字都不识，如何当监司？”朱熹听了，心中不快，一时新恨旧账一起涌上，借口部内有冤狱，要求再次巡查。朱熹到达台州时，唐仲友偏偏又出迎怠慢，朱熹就更相信陈亮的话了。于是马上收缴了唐的官印，交付给随从官员，开始搜集唐在台州为官时的种种越轨和不法行为，写成奏状向朝廷告发。
其中主要是说陈亮在其中挑唆。陈亮，字同甫（或同父），婺州永康（今属浙江）人，饱读史书兵法，下笔数千言立就，政论气势纵横，词作才气豪迈，还喜谈边塞攻略之事，学者称龙川先生。几次诣阙上书，极论时事，反对和议，力主抗金。遭人嫉恨或被人诬告，几度入狱。然而出狱后，志气益励。绍熙四年（1193），中进士第一，授签书建康府判字公事，未行而卒。为人脾性豪放，他会做出上述偏狭小家之举吗？同时，朱熹也会为唐仲友“连字都不识，如何当监司？”一句类似玩笑话。就恨得咬牙切齿吗？近代学者王国维在《人间词话》中断言：“宋人小说多不足信……所记朱、唐公案，恐亦未足信也。”
然而有学者指出，陈亮挑唆一说还是有蛛丝马迹可寻。陈亮在淳熙十年写给朱熹的一封信中透露：“去年之举，‘震’九四之象也……至于人之加诸于我者，常出于虑之所不及，虽圣人犹不能不致察。奸狡小人虽资其手足之力，犹惧其有所附托，况更亲而用之乎！物论皆以为其平时乡曲之冤一皆报尽，秘书（指朱熹）岂为此辈所使哉！为其阴相附托而不知耳。亮平生不曾会说人是非，唐与正乃见疑相谮，是真足当田光之死矣！”话中一方面反驳“物论”所说朱熹把唐仲友平时造就的“乡曲之冤”全部报尽，指出朱熹是不会受唐的“乡曲”指使的。一方面也极力为自己辩护，表白“至于人之加诸于我者”，“亮平生不曾会说人是非”。由此判断，唐仲友确曾怀疑是陈亮从中挑唆。那么，到底陈亮是否在其中有所挑唆？又对唐仲友加以何等不实之词？而促使朱熹最终采取这极端手段，我们还是不得而知。
朱熹的思想价值朱熹完成的理学思想体系，对中华民族产生了长久的、深刻的影响。然而人们对于它的历史作用的评价，在不同的历史时期却大相径庭，其波动幅度之大，真可谓一个捧上九天，一个打入地狱。其中，各类学者采各自完全不同的说法，其观点也或有天壤之别，这在学术界实在是非常少见的。
朱熹受业于父亲朱松及胡宪、李侗诸师，得程颢、程颐之传，兼采周敦颐、张载诸人的学说。以儒家的政治伦理观为中心，糅合佛、道思想，把自然、社会、人生等方面问题融为一体，集北宋以来理学之大成，完成了一个对中国古代社会后期影响巨大的理学思想体系。主要著作有《四书章句集注》、《伊洛渊源录》、《资治通鉴纲目》、《名臣言行录》、《书集传》、《诗集传》、《楚辞集注》、《周易本义》等，后人为其编纂了《朱子语类》、《朱子遗书》、《朱文公文集》、《朱子全书》等。可称成就斐然。
绍兴十八年（1148），朱熹十九岁登进士第，后授同安县主簿。乾道时为枢密院编修，至淳熙中，年近五十才迁知南康军，改提举浙东茶盐公事。光宗时，历知漳州、秘阁修撰、知潭州等职。《林下偶谈》载：“晦翁帅潭，一日赵丞相密报：‘已立嘉王（宁宗）为今上，当首以经筵召公。’晦翁藏袖内，竟入狱取大囚十八人立斩之。才毕，而登极赦至。”或可见其为官作风。宁宗即位，朱熹六十五岁，除涣章阁待制兼侍讲，给皇帝进讲《大学》。但只做了四十六天侍讲，就被免职。时朱熹见权臣韩侂胄结党把持朝政，便直言上疏，指斥韩侂胄任意进退大臣，紊乱朝纲。韩大怒，遂把朱熹看作眼中钉。
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