蒙哥时期，标榜“遵祖宗之法，不蹈袭他国所为”，国家统治体制没有大的变化。但忽必烈在漠北王府和受命管理漠南军国庶事期间，广泛接触汉地儒臣，以汉法治理汉地的构想已逐渐形成。故世祖时期，在汉族儒臣的协助下，将立纲陈纪，完善统治机构，确立统治制度，作为政权建设的大事，从而确立了有元一代之治规。
忽必烈即位后，首先依中原王朝的成宪，制定年号，定1260年为中统元年。在《建元诏书》中指出：“建元表岁，示人君万世之传；纪时书王，见天下一家之义。”改变了以往蒙古大汗不建年号，仅以十二生肖纪年的状况。至元八年（1271），又取《易经》“乾元”之义，定国号为“大元”。诏称“绍百王而纪统”，表明忽必烈将大蒙古国看成是对中国历代封建王朝的继承，是尧舜禹汤和秦汉隋唐的继续。建号改元是国家的根本大事，忽必烈在依汉法治理天下的路线上迈出了关键的一步。
即位之初，以开平为京师。而统治重心却在逐渐向燕京转移。早在忽必烈为藩王时，木华黎之孙霸突鲁就曾提出：“幽燕之地，龙蟠虎踞，形势雄伟，南控江淮，北连朔漠，且天子必居中以受四方朝觐。大王果欲经营天下，驻跸之所，非燕不可。”④古代山水画鉴赏在建号改元的同时，忽必烈也开始利用汉族儒臣为其制定一套从中央到地方的完整的统治制度。忽必烈时期统治制度的建立与完善是经过长期酝酿准备的。早在为藩王时，在藩邸诸臣的影响下，忽必烈以儒术治国思想就已经形成。在其即位和建元诏书中提出的“祖述变通”，即“稽烈圣之治规，讲前代之定制”就是他设官定制的原则和纲领。所谓“祖述”、“稽烈圣之治规”，就是继承成吉思汗以来的祖制。“变通”、“讲前代之定制”就是改行中原王朝的汉制仪文。这也是儒臣们对政权建设在忽必烈面前反复陈述的政治见解。郝经在其《立政议》中指出：“以国朝之成法，援唐宋之典故，参辽金之遗制，设官分职，立政安民，成一王法。”⑤许衡在其奏疏中提出：“北方之有中夏者，必行汉法乃可长久。故后魏、辽、金历年最多，他不能者皆乱亡相继，史册具载，昭然可考。使国家而居朔漠，则无事论此也。今日之治，非此奚宜？夫陆行宜车，水行宜舟，反之则不能行，幽燕食寒，蜀汉食热，反之则必有变。国家之当行汉法无疑也。”⑥具体地讲，就是要求忽必烈依北魏、辽、金的模式，借鉴前代的经验，建立一套既符合蒙古的社会背景、经济状况和习俗法规，又吸收中原王朝二千年来积累的统治经验和封建统治制度，制定适合于汉地政治、经济、文化背景的统治制度。这是忽必烈时期改定官制的原则和指导思想。
中统元年，忽必烈即位开平后，“立中书省，以王文统为平章政事，张文谦为左丞”⑦。中书省下吏、户、礼合为一部，称左三部；兵、刑、工合为一部，称右三部。这显然是参考金制和根据当时实际需要确定的。不久，燕京行中书省并入中书。此后定制，以皇太子行中书令，下设右、左丞相各一员，平章政事四员，右、左丞各一员，参知政事二员。蒙古人尚右，故以右丞相、右丞居上。自中书令至参知政事皆称“宰执”。六部则各设尚书三员，侍郎二员。
管军的机构枢密院是在平定李璮之乱后设置的。鉴于“诸侯尽专兵民之权的弊害，忽必烈采取断然措施，罢世侯，置牧守，军民分职”，中统三年（1262），诏：“诸路官民管理民事。管军官掌兵戎，各有所司，不相统摄。”⑧四年（1263）五月，“初立枢密院，以皇子燕王为中书令，兼判枢密院事。”掌天下兵甲机密之务。除四怯薛由皇帝或其亲信节制外，“凡宫禁宿卫，边庭军翼，征讨戍守，简阅差遣，举功转官，节制调度，无不由之”⑨。初置枢密使一员（由太子兼任），副使二员，佥书枢密院事一员。至元七年（1270），在副使之上置同知枢密院事一员，佥书之下置院判一员。二十八年（1291），又置知院一员，增院判一员，并以中书平章商量院事。四怯薛各出代表一员，参与院议。
至元五年（1268），立御史台，“掌纠察百官善恶、政治得失。设御史大夫、中丞、侍御史、治书侍御史各二员。御史台直属机构有殿前司、察院，还有内八道肃政廉访司。“凡大朝会，百官班序”由殿前司掌握，“其失仪失列，则纠罚之”；“在京百官到任假告事故，出三日不报者，则纠举之；大臣入内奏事，则随以入，凡不可与闻之人，则纠避之”⑩。肃政廉访司初名提刑按察司，承自金朝的按察司，作为地方监察机构，元初被纳入御史台系统。其巡察地区分为跨地区甚至跨行省的诸道，分别隶属于中央御史台或行御史台。行台是中央御史台的派出机构，元代曾在陕西、云南、江浙等地设置。
元廷对宗室诸王赏赐无度，对外征伐频数，国家用度浩繁，而以理财助国为施政中心，至元七年至九年、二十四年至二十八年、至大二年至三年（1270～1273、1287～1291、1309～1310）三次设立尚书省综理财用，六部、行省皆隶尚书。在尚书省存在期间，中书形同虚设。
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