总制院设立的同时，国师八思巴返回西藏，协助蒙古贵族建立西藏地区的行政体制。同时，忽必烈又委派总制院使答失蛮前往，沿途清查户口、物产、道路等情况，为建立驿站和更好地治理西藏作必要的准备②。
蒙古在统一西藏的过程中，最早建立的是乌思藏十三万户。“它是蒙古统治者针对当时乌思藏分裂、割据的客观形势，因地制宜地采用的一项颇为策略的政治措施。其中的伯木古鲁、必里公两万户是蒙哥于1254年左右招封的。其余诸万户则是在至元五年（1268）及其以前逐渐建立的。万户长都是左右一方的豪族，他们是蒙古统治者按照其原有的势力和功劳宣授的蒙古官职。由大蒙古国大汗颁赐证券和虎符。对万户的封赏削夺权，掌握在蒙古国大汗手中。
各万户直接代表其所属的百姓接受蒙古国的统治，从而排除了各地方势力成为独立于蒙古国之外的行政实体的可能，使之在承认蒙古国统治的前提下，实行分而治之。蒙古统治者作为这些万户间不可缺少的平衡力量，有效地控制了西藏地区。当萨迦派取得了高出于其余各派的优势后，萨迦本钦（又作本禅，意为大官）作为乌思藏三路军民万户，是当时乌思藏地区的最高行政长官。其办事机构为乌恩藏纳里速古鲁孙三路军民万户府。
“至于各级官职。有十夫长、五十夫长、百户、千户、万户、路达鲁花赤。若管辖三个路，则称为路军民万户，赐给水晶印。在吐蕃，此官职曾封给本钦释迦桑布。”③十户、百户、千户、万户这种十进制的地方行政组织是蒙古社会的组织形式，五十夫长即五十户的行政长官，五十户组织藏语称“达果”，又称“马头”。这种组织不见于蒙古和西藏社会，当来自汉地的村社。为稳定社会秩序，发展生产，元朝在汉地普遍建立了村社，作为社会的基层组织单位。随着对西藏统治的确立，内地的这种社会组织也被推行到了西藏，并成为当地征收驿站支应的基本单位。
至元十七年（1280），元朝在前后藏地区设置了乌思藏宣慰司，二十九年（1292）又将乌思藏宣慰司与纳里速都元帅辖区合起来，设置乌思藏纳里速古鲁孙三路宣慰使司都元帅府，它的辖区包括除今昌都专区以外的西藏自治区全境和现在国境外的列城等地。“宣慰司，掌军民之务，分道以总郡县，行省有政令则布予下，郡县有请则达于省。有边陲军旅之事，则兼都元帅府，其次则止为元帅府。”乌思藏纳里速古鲁孙三路宣慰使司都元帅府与通常在远离行省中心地区设置的宣慰司有所不同的是它并不隶属于行省，而是中央宣政院在西藏的派出机构，负责宣政院与乌思藏纳里速之间下传上达的任务和军民事务，“由于乌思藏各万户、千户与内地州县有很大的不同，又有萨迦本钦总管（十三）万户的事务，所以乌思藏宣慰司直接管理各万户的事务不多，它主要的职责是传宣政令。管理驿站和元朝在西藏的驻军”④。
除在西藏设置宣慰司外，元朝在藏区还设有吐蕃等处宣慰使司都元帅府（管理朵思麻地区）和吐蕃等路宣慰使司都元帅府（管理朵甘思地区）。
蒙古国和元朝曾经在西藏进行户口调查和征收赋税；为“通达边情，布宣号令”⑤，在内地通往西藏的沿途设置驿站；为控制西藏的局势，维持西藏政局的稳定，在当地驻有军队。
括户工作早在宪宗时已经进行，那时的括户目的是为分封提供依据。元世祖及其后诸帝，也多次在西藏调查户口，从而留下了当时西藏人口数目的确切记录。至元元年（1264），答失蛮赴萨迦，沿途曾清查户口、物产和道路险易。五年（1268），“即阳土龙年年初，由朝廷派来的金字使臣阿衮与迷林二人，对俗民、土地以及冠以大蒙古之名的根本户数进行了清查，此年之后的二十年，即火猪年（至元二十四年，1287），由大衙署派来的和肃与乌努汗二人，与本钦宣努旺秋一起，按照大清查的规定，统计了户口”⑥。当时统计户籍的办法是：有六根柱子面积的房子，有能下十二蒙古克种子的土地，有夫妇、子女、仆人共计六人，牲畜有乘畜、耕畜、乳畜等三种，山羊、绵羊等，共计二十四头只，这样一户人家称为一个蒙古户，五十个蒙古户称为一个达果（马头）。两个达果称为一个百户，十个百户称为一个千户，十个千户称为一个万户。按照规定建立的万户，都划分出六个千户为教民。这次清查户口是在整个乌思藏纳里速地区进行的，清查的结果是整个西藏地区共有36453个蒙古户（帐），其中纳里速和藏地方共计15690户，乌恩地方共有20763户。这是西藏有史以来最早、最确切、最详细的人口统计数字。
古代山水画鉴赏至元元年答失蛮进藏的一个重要任务就是选择适宜建立大小驿站之地。仿照汉地驿站之例，建立驿站。自此以后，自汉藏交界处至萨迦，总共设立了二十七个大驿站。它们是由朵思麻站户（支应的）七个大站，在朵甘思设立了九个大站，在乌思藏设立了十一个大站。
由乌思地方（前藏）入支应的大站有索（西藏索县）、夏克（怒江上游源头处）、孜巴、夏颇、贡、官萨、甲哇（此五站地址不详，当分布在藏北草原一线）等七个。
由藏地方（后藏）之入支应的大驿站有达（今西藏日喀则专区南木林县东的达拉）、春堆（今日喀则北，当即《永乐大典》所记的宋都思）、达尔垅（今日喀则西南，当即《永乐大典》所记的答笼站）、仲达（当即《永乐大典》所记的撒思迦站，仲达意为仲曲河谷，当由流经萨迦寺前的仲曲河得名）。初设在萨迦西北不远处的仲达地方，后移至萨迦等四个⑦。吐番地区的驿站同其他各地一样，在重要驿站设有脱脱禾孙（蒙古语，意为“查验者”），负责盘查往来使臣及持驿卷文书由驿站供应饮食乘马者，防止诈伪。藏区驿站的设置，无疑方便了使者的往来和号令的下达。
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