这时，在藏地佛教界以神奇的法力闻名的葛里麻拔噶希也应邀来到忽必烈在汉地的大营。忽必烈显然被葛里麻拔噶希的法术所倾服。出自萨斯迦派的藏文史料说，八思巴在他的忠实信奉者察必王妃提示下，用刀截四肢而不受伤来证明自己受“五部佛护佑”的功德。噶举派的文献则说，葛里麻拔噶希拒绝了忽必烈要他留侍左右的请求，不辞而别，后来又在漠北受宠于蒙哥。所以当他中统年间来到汉地时，被忽必烈拘捕并流放海边。无论如何，随着蒙哥汗去世、旭烈兀远走西域、阿里不哥兵败投降，忽必烈庇护下的萨斯迦派取得了在元代藏传佛教各派中定于一尊的地位。
中统元年（1260）十二月，八思巴被新即位的忽必烈封为国师，“授以玉印，统释教”。这时，忽必烈在全力应付与阿里不哥战争的同时，已开始为系统地建立元朝对藏地的行政统治做准备。中统三年初，他派遣专使持金字牌符入藏，向各寺院布施，实际意图是探视藏地的局势。八思巴为此专门写了一封信给藏地佛教各派的领袖，要他们慎重接待朝廷特使。在他的信里，八思巴再次强调，他以国师身份留住汉地，不是为了萨斯迦一派的利益，而是为了“整个佛法及所有众人之事”。
争位之战结束以后，忽必烈正式着手进一步治理藏地。至元初，在藏地最东北的边区（今甘青地区）设立“吐蕃宣慰司”。元军在这里“随地厄塞设屯”，用“恩威并著”的手段“镇抚”藏人各部。对今川北藏区，元廷也置司“招谕”、“镇抚”。与此同时，八思巴兄弟被派回吐蕃本部，去整治藏地政教事务。
1264年，他们从大都启程返回萨斯迦。八思巴的弟弟恰纳多儿只娶阔端的女儿为妻，于是以黄金家族“古儿干”（蒙语，译言女婿，亦可用于专指成吉思汗家族的“驸马”）的身份受封为白兰王。大概用以象征蒙古统治藏地的世俗权力。这一年又新建立“总制院”，掌管佛教和吐蕃之境，由国师统领。所以，八思巴此行是以统领总制院的国师和萨斯迦法王的地位，代表朝廷号令藏地佛教各派。临行前，忽必烈颁赐了一份诏书给八思巴，让他传谕各地。诏书“绣以白绒，网以真珠”，所以称为“珍珠诏书”。诏文宣称，忽必烈“已从明白无误之上师八思巴处接受灌顶，封彼为国师，任命彼为所有僧众之统领。……僧人们不可违了上师之法旨”。由此可见，两兄弟中，真正具有元廷在藏地代言人地位的乃是八思巴，而不是白兰王。
回到萨斯迦以后，八思巴按照护卫蒙古大汗和诸王的怯薛组织的形式，改造了萨斯迦法王的侍从机构。在这个称为“剌让（bla-brang）”的机构里，除了“内大相”的官号大概源于古代吐蕃王朝的“内大相”一词外，其余职官名称的构成，差不多全是模仿怯薛的各种执事官名称，其中包括：索本，负责法王饮食的官员；森本，管理卧室、卧具和服装的官员；却本，负责供奉仪式的官员；皆本，接待来人的官员；仲本，管理文书、档案的官员；佐本，管理财务的官员；真本，负责引见的官员；迦本，管理驮畜、运输的官员；达本，管理坐骑的官员；作本，管理牦牛、奶牛的官员；其本，管理狗的官员，等等。八思巴还利用自己掌握的经济和政治资源，在西藏各重要的地方修建萨斯迦派的寺院。萨斯迦派的势力在前、后藏乃至甘青、川北地区都获得很大的扩展。
1267年，恰纳朵儿只在萨斯迦病死。八思巴在处理完丧事后离开藏地重返大都。这一年，在忽必烈和阿里不哥之争中曾经站在阿里不哥一方，因而与元政府和萨斯迦派结下怨恨的必里公派起而反抗。元军再次深入吐蕃本部镇压叛众。史料没有提到八思巴在藏地的活动与此次必里公之乱是否发生过直接关系。
恰纳朵儿只之死和必里公之乱的平息，对13世纪吐蕃本部的政治史发生了很重要的影响。白兰王本来是元王朝建立在藏地的地方政权的象征（八思巴相当于中央政府的佛教领袖和主管吐蕃之境的负责官员）。白兰王死后，元廷遂设立“乌思藏三路军民万户府”作为统治吐蕃本部的地方权力机构，后来改名为“乌思藏宣慰司”。它的长官经八思巴推荐，由朝廷任命，授予水晶官印。首任长官是正在萨斯迦法王府中代理主持政教事务的释迦藏卜。在这前后，元廷又乘平定必里公之乱的余威，在吐蕃本部调查户口。这次括户分两组进行。一组从藏地西部开始调查，逐渐往东进入后藏之地，由阿衮和弥陵负责实施；另一组则从后藏向前藏推进，由司徒阿昔吉实施。新上任的乌思藏宣慰司长官释迦藏卜也积极参与了这一次括户。吐蕃本部著名的“十三万户”，大概就是在这次括户的基础上确定的。
至元五六年（1268～1269）之交，八思巴回到大都。蒙古王公和朝臣、市民到大都郊外远迎。八思巴在“香华幢盖、天乐仙音”的簇拥下，经过结扎着彩带的街道，进入宫中。一路上“万众瞻礼，若一佛出世”。
回京师后不久，八思巴就把他根据藏文字母创制的一种方形直书的字母体系呈献元廷。用这套字母，既可拼写蒙语、藏语，也可以拼写汉语。它于1270年被元朝指定为书写蒙古语的法定字母体系，叫做“蒙古新字”，现在学术界通称它为“八思巴字母”。元朝有很多官方汉语文书，也使用八思巴字母来拼写。在一个多语种环境中，用一种通用的字母体系来拼写各种文字，这个设想似颇有可取之处。但八思巴字母除拼写藏文较贴切易通外，用以拼写多音节的蒙语词汇，就必须把本来应当连书的字母一个音节、一个音节地切开，给认读带来很大的困难。汉文本不是拼音文字，改用八思巴字母来拼写汉语，认读方面的障碍也很大。例如元武宗时发行的铜币“大元通宝”，钱面上铸有八思巴字母拼写的汉文，作tayytienthungbaw。用ytien来拼写“元”，用thung来拼写“通”，这样的“谐声”一般人也很难掌握。所以虽经政府强行推广，这种字母还是无法真正被社会接受。元朝灭亡后，八思巴字母在任何一种书面语中都未被继续行用。
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