1648年8—12月，军队反对国会 7月，当得知国会重新同查理国王谈判时，军队遂占领伦敦，并拘捕国王，以便审讯他。当闻知国会公然反对军队时，普莱德上校于12月6—7日率军捕去100余名下院成员。这些人同意组建一个高级法庭以审讯国王。
1649年1月30日，处决查理 由军队控制的法庭经过一系列审讯，判处查理死刑。王朝被废，同时建立了由军队控制的共和国。
爱尔兰战役〔1649—1650年）
1641—1649年，在爱尔兰南部保王党与圆颅党屡屡发生冲突的背景下，爱尔兰也卷入了持续不断的冲突。冲突主要发生于英国新教派保王党与持异议者之间。新教派王党在奥蒙德的领导下占据都柏林。结果爱尔兰人的反叛也因此而划分为两派，一派称之为天主教联盟，由里努奇尼领导，另一派由英国与爱尔兰贵族组成。这种对立也造成了军队的分裂。一方为奥尼尔统帅的北爱尔兰（阿尔斯特）军队，另一方为理查德统帅的累斯特军队。1647年，在本勃尔布之战中，奥尼尔打败了由乔治·门罗爵士统帅的圆颅党军队；与此同时，奥蒙德也在都柏林向迈克尔·琼斯率领的议会军队投降。
1649年8月，王党—天主教联盟 该联盟由奥蒙德统领，其目的是为王室谋利，但该联盟并没有稳定地控制爱尔兰，只不过是一个空架子而已，既便如此，仍遭到由迈克尔·琼斯领导的圆颅党的反对。
1649年9月，克伦威尔远征爱尔兰 国会命令克伦威尔在爱尔兰重建共和政体。克伦威尔在扑灭起义之后，回到苏格兰。
1649年9日，拉施明斯之战 由琼斯率领的圆颅党军队打败了由奥蒙德统帅的王党军队。因此，当克伦威尔率兵赶到时，天主教—王党军队躲至要塞中。
1649—1650年5月，克伦威尔征服特尔鲁 经过一系列系统的城市攻坚战，克伦威尔于9—10月和1650年5月分别攻克了天主教—王党联盟的要塞德罗赫达、韦克斯福德和克伦梅尔。每当他攻下一要塞，就大肆屠杀守塞人员。其残暴行径在英国历史上绝无仅有。
1650年5月，克伦威尔返回英格兰 此前，他将军队指挥权交于亨利·艾尔顿、勒德洛和弗利特伍德，以便继续作战。两年后的1652年5月，爱尔兰王党的最后要塞加尔威向国会投降。
发生于苏格兰的起义（1650—1651年）
1650—1651年，国王及其同盟 查理一世被斩决后，苏格兰人声称拥戴其子查理二世为大英帝国国王。但在接受查理二世为国王之前，苏格兰人要求其必须接受庄严同盟和誓约。与此同时，蒙特罗斯率一支王党雇佣军从法国来到苏格兰。1650年4月27日，由于被怀疑仅仅是王党派而不是同盟者，蒙特罗斯在卡尔毕斯戴尔被苏格兰人打败，而且被俘处决。1651年1月1日，查理同长老会派谈判并达成一致，查理同意接受庄严同盟和誓约。作为交换，他被请至苏格兰，继承王位。
1650年7—9月，克伦威尔入侵苏格兰 由于费尔法克斯拒绝统领苏格兰远征军，克伦威尔被任命担任远征军总指挥，远征军由16000人组成，其中近6000名骑兵。克伦威尔率该部越过边界向爱丁堡进军。苏格兰军队由18000名步兵和8000名骑兵组成，由大卫·莱斯利指挥。他们小心谨慎地向前开进。他的焦土战略使得圆颅党不得不依靠海上运输来保证其军需供应。由于疾病和风餐露宿，克伦威尔军队减至11000人，使其处于进退维谷的境地。克伦威尔不得后撤至马塞尔堡，不久又撤至邓巴尔。但苏格兰军队已环绕占领了邓巴尔丘陵地带。由于误认为克伦威尔会从海上逃跑，苏格兰军队于9月2—3日，从丘陵冲入平地进攻克伦威尔，邓巴尔之战随之拉开序幕。
1650年9月3日，邓巴尔之战 9月3日拂晓，克伦威尔集中其骑兵的左翼，在约翰·兰伯特率领下，突然向苏格兰军队的右翼发起突然进攻，并打败了他们（9月3日午夜，由于误以为克伦威尔不会立即发起进攻，莱斯利已命其六分之五的滑膛枪士兵熄灭了引发枪机的火绳）。这次作战的胜利是巨大的：苏格兰人有3000人被杀，而圆颅党死亡不足30人，苏格兰军队另有9000人被俘。莱斯利在一片混乱中撤退，从而使克伦威尔得以控制苏格兰南部，并打开了通向爱丁堡的道路。
1650—1651年，间歇时期 此间，由于克伦威尔生病，苏格兰人之间的行动也不协调，使得有一年暂时平静的时间。
1651年6—9月，斯特林—伍斯特战役 克伦威尔痊愈后，曾几次同苏格兰议和以解决问题，但均失败。随后，克伦威尔前往珀思，对保王党军队到斯特林的供应线构成威胁，但同时也放弃了经深思熟虑而选择的可顺利通往伦敦的道路。查理二世由于梦想可重获王位，而采取了大胆而冒失的行动，从而陷入了克伦威尔的圈套。7月31日，查理随莱斯利的军队沿西海岸向南进军。克伦威尔命兰伯特率其骑兵跟近保王党军队，命另一支部队从纽卡斯尔向瓦尔英顿开进。同时，命米德兰兹之军队向北进发。8月2日，克伦威尔在攻克珀思后，率领其主力部队以每天约32公里的速度沿东海岸南下，一路上收编许多志愿人员入伍。四支英国军队会师于伍斯特。之后，克伦威尔之工程师架桥后，全军越过了泰亚姆和塞沃恩。
1651年9月3日，伍斯特之战 由于双方力量悬殊太大，苏格兰人不可能取胜，但16000名苏格兰人仍然同3万名英格兰人进行了艰苦卓绝的战斗，其中，英格兰军中的2万人是新模范军。此战中，查理二世也名义上参加了作战，战后，他仅带极少数幸存者逃至苏格兰。不久，他被迫逃亡法国。此后，分散于各地的保皇党要塞一直坚持战斗，直至1652年5月，邓埃塔尔要塞有条件投降为止。国内战争至此结束。
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