端倪暗藏在《晋书》之中，《晋书·孙盛传》里记叙了这么一件事：数年前东晋权臣桓温北伐，在枋头这个地方遭遇前燕大将慕容垂，惨败而归，事后桓温一直引以为恨。孙盛在写作《晋阳秋》时秉笔直书，并没有替权臣隐讳。书成之后桓温大怒，当面威胁孙盛的儿子说：“枋头之役诚然失利，也不至于如你父亲说的得那么严重。倘若这本史书通行于世，小心你们全族的性命！”
孙盛的儿子很害怕，回家请求父亲删改。孙盛当时年近古稀，却老而弥坚，他当庭训斥儿子，表示一字不改；孙盛的两个儿子与众多孙儿一起跪下痛哭，恳求老父替全族上百口人的性命着想，孙盛大怒却又无可奈何，只好默许。
孙盛的儿子于是修改《晋阳秋》掩饰枋头惨败，但是孙盛为人狷介，不甘心屈服于桓温淫威，他将一部未修订的《晋阳秋》寄给北方的前燕皇帝慕容儁（注：《晋书》中此处有明显错误，慕容儁病死于公元366年，而枋头之役发生于公元369年，孙盛寄书之时，前燕皇帝应当是慕容儁的儿子慕容写），让桓温鞭长莫及。数年之后，晋元帝的孙子晋孝武帝特意派人去辽东求得北方版本的《晋阳秋》，与江南版本一对照，内容有多处不同。
由此可知，《晋阳秋》其实分南、北两个版本。南方版本已经被孙盛的儿子篡改过，那么，北方版本是否就是原本呢？不一定，它恐怕也已被人挟带了私货，残本中那一句“牛继马后”的谶言，很有可能就是前燕政权的杰作。
由于史料的缺乏，以上结论只能是猜测，不过这个猜测并非空穴来风，因为前燕政权在当时有足够的动机去抹黑东晋政府。
前燕是东晋时五胡十六国之一，它的前身是鲜卑慕容部。西晋时期，慕容部的酋长慕容廆一度臣服于晋朝，被任命为“鲜卑都督”；西晋末年天下大乱，慕容部趁机扩张势力，并吞了高句丽与鲜卑宇文部地盘。当时北方最强大的政权是羯族人石勒创建的后赵，后赵对前燕一直虎视眈眈。出于远交近攻的战略需要，慕容廆对东晋称臣，接受东晋任命的都督官职与“辽东郡公”的爵位。
公元337年，慕容廆的儿子慕容皝建立燕国，史称前燕。前燕在建国之初依然表面臣服于东晋，但随着后来后赵的日益衰落，前燕的日益强盛，继续臣服于东晋不再符合前燕的利益。公元349年，后赵发生内乱，前燕趁机发动进攻，向南蚕食；公元352年前燕消灭冉魏，成为北方第一强国。此时前燕的南部边境已与东晋接壤，双方沿着淮河一线已经有领土纠纷。
前燕既然已经羽翼丰满，自然不可能再向东晋称臣。公元352年十一月，燕王慕容儁在蓟城称帝，他对东晋派来的使者说：“还白汝天子，我承人乏，为中国所推，已为帝矣。”慕容儁自称“为中国所推”，言下之意就是说你东晋只是偏鄙小邦，我大燕才是中原正朔。
说前燕是正朔当然只是慕容儁自己给自己贴金，在当时世人心目中，偏安江南的东晋小朝廷才是正朔所在。东晋政权与自己同文同种，由西晋宣帝司马懿的后裔建立，是唯一继承西晋衣钵的合法政权。这个观念是根深蒂固的，哪怕异族统治者使劲汉化自己，努力的推崇华夏文字制度，依然无法取代东晋的正朔地位。当年东晋北伐，军队开入关中，关中百姓夹道相迎，有许多八九十岁的耆老哭泣着说：“想不到有生之命还有幸见到王师。”此举可见民心所向。
不仅普通百姓如此，北方的士人也普遍是这种心理，人所周知的一个例子是前秦名相王猛。王猛曾经有机会出仕东晋，不过他最终选择了前秦，事实证明他的选择是正确的，无能透顶的东晋朝廷不可能给他提供施展才华的舞台。但是在内心深处，王猛未必无憾，他临终叮嘱前秦皇帝苻坚：“晋虽僻陋吴、越，乃正朔相承。亲仁善邻，国之宝也。臣没之后，愿不以晋为图。”这句话固然是治国的真知灼见，但也暴露内心的那一丝遗憾：他王猛满腹韬略，竟投身于胡戎蛮夷之庭。
孙盛写作《晋阳秋》的那几年，是前燕与东晋交战最频繁的时期。军事上，前燕并不落于下风，它接连从东晋手中夺得河北、淮北等地；但在文化认同上，前燕则先天不足，处于绝对弱势。
就在这个时候，救星来了，在江南获得广泛赞誉的《晋阳秋》出现在北方。《晋阳秋》为何到北方来？因为它触犯了时讳。
由于处于敌对状态，很少有北方人能够到江南去，但是好奇心人人有之，《晋阳秋》详细平实记述了东晋现状，一到北方必受瞩目。想象一下，如果这部书披露“东晋的开国皇帝是个私生子”，说有一个“牛继马后”的谶言早就预示了这事的发生。那么这个爆炸性的秘闻就可以在一定程度上割裂西晋、东晋之间的继承关系，打击东晋政府的“正朔”形象。
所以说前燕政权有足够的动机去篡改《晋阳秋》，将晋元帝污蔑为一个私生子。
前燕政权不久就灭亡于前秦，但“晋元帝是私生子”这个传言却生命力顽强，在北方流传甚广，经久不衰。十六国之后，中国历史进入了南北朝对峙，此时的正朔之争比先前更加激烈，南北双方都标榜自己才是正统，彼此口出恶言，南朝写史称北朝为“索虏”，北朝写史称南朝为“岛夷”。
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