他们又把这本书读了一遍，假报告被他们想出来了，必须在辛普利邱这 个人上做文章，他们要告诉教皇，辛普利邱影射的就是教皇，教皇就是辛普 利邱，辛普利邱这个人很愚蠢，不会独立思考，他是因为托勒密的学说很古 老就接受了它，他就是这样回答了哥白尼的话。
于是，他们来到教皇那里，对教皇说：“辛普利邱是代表教会的，而您 是教会的领袖，因此，您就是辛普利邱，伽利略在这本书里把您描写成一个 蠢人。如果人们读了这本书，他们就会讥笑您。您决不能允许伽利略出售这 本书，该把这本书列在 《禁书目录》上。
乌尔班听信了这个假报告，大为恼火。
这年8月，罗马宗教法庭突然下令停止售书。
一天，一个陌生人来到佛罗伦萨附近的伽利略家，对伽利略说：“我是 宗教会议派来的，他们要把你的新书列入《禁书目录》，你必须把所有的书 交给我。”
伽利略对他表示抱歉，因为他把书都卖完了。
大公费迪南德二世 （1610—1670）对这位客人很不满意，强烈抗议如此 对待这位已获准出书的作者，但已无济于事。他只好给在罗马主管他的房产， 并料理他的事务的尼科利尼写了一封信询问这事。
尼科利尼在回信中说：“教皇对伽利略非常恼火，但他找不出什么理由， 他以前一直是伽利略的朋友，因此伽利略的敌人就是他的敌人，现在，他似 乎害怕他们了。”
10月初，伽利略家里又来了一个陌生人，告诉伽利略，必须在本月底以 前到罗马去，宗教会议想见他。
伽利略这时已年迈体衰，天气寒冷，鼠疫流行，沿途设置了层层检疫关 卡，难以成行。他只好给罗马的朋友们写了封信。他们去见教皇并告诉教皇， 如果现在就要伽利略来，他会在半路上死去。但得到的答复是：“他可以慢 慢地来，但必须来。”
佛罗伦萨教会的首领们带来了三个医生来看望伽利略。这些医生签署了 一份报告，称伽利略病情严重，无法出门。他们把报告送到罗马，得到的回 答是：“如果他不马上来，我们将用武力押解他来罗马，并且他要付捕役们 的盘费。”
接着，从威尼斯寄来一封信，信中说：我们听说罗马教廷要把你投入监 狱，不要去罗马。如果他们把你投入监狱，你就会死在狱中。你为什么不回 到我们这里来呢？我们不怕宗教会议，你在这里，他们不能把你怎么样。我 们会照顾你，可以出版你的书。
伽利略向威尼斯人表示，他要去罗马，因为他不仅在威尼斯，而且要在 意大利各地发售他的著作，因此他必须回答罗马的问题。伽利略说：“我在 那里仍然有些朋友。”
费迪南德大公非常伤心，他向伽利略表示，如果伽利略非去罗马不可， 由他来负担一切费用，而且派人送他去，还让他的医生陪着去，到罗马后， 伽利略可以住在他的私人寓所中，由尼科利尼来照顾他。
1633年2月，伽利略到达了罗马，投宿于很友好的新任托斯坦纳大使的 驻所。
3月12日，审判开始了，他们问伽利略：“是你写了一本论述托勒密和 哥白尼的书吗？”
伽利略回答说：“是的，教廷曾允许我出版这本书。”
法庭则反驳说：“他们不知道实际情形，他们不知道你在1616年所许下 的诺言，那年我们就在这里召见了你，你答应不讲授哥白尼学说，也不著述 有关这方面的东西。”
伽利略据理力争：“这不对，我只答应不讲授哥白尼学说，我也一直没 有讲授过。我写书论述了他的学说，我说哥白尼的学说与托勒密的学说不一 样，但我从来没有说过哥白尼的学说是正确的。”
他们拿出一张纸条让伽利略看，条上的日期是1616年，条上写着伽利略 答应不写书论述哥白尼。
这张纸条不是当年伽利略签字的原件，而是一份未经签署的会议记录， 但年迈病重的伽利略，无力证明这张纸条不符合最可靠证据原则，按这个原 则，伽利略已经胜诉。在他们的管辖之下，他无法对付这些狡猾的敌人。虽 然审判中没有提出任何有关科学的问题；罪名只是“具有重大异端嫌疑”。 只要违背了宫廷命令就足以加上这个罪名，而不管是否有过异端言行。
释放伽利略有损于罗马宗教法庭的名誉和权威，因此，他们先是告诉伽 利略，教皇很生气，因为他违背了自己的诺言，要进监狱，然后又私下安排 要伽利略承认做了一些错事，并且不要为自己辩护。如果接受了这样的条件， 他可以获得宽大处理。伽利略书面承认，在读了自己的《对话》之后，发现 其中某些地方过于偏激；然后他辩解说，任何人都会夸大自己的论点，他否 认有任何不良意图。
宽大处理的结果是终身监禁，伽利略完全崩溃了。
审判结束了，但伽利略无须坐牢。托斯坦纳大使设法使伽利略的终身监 禁改为由锡耶纳的大主教皮可罗米尼监护，伽利略应大主教的邀请去拜访了 他。大主教鼓励伽利略开始写计划已久的关于运动的论文，他的仁爱和理智 拯救了伽利略的生命和神智，使伽利略重新将精力用于科学。
伽利略在锡耶纳收到了他的大女儿弗吉尼亚的一封来信，弗吉尼亚1616 年进入阿圣翠的圣芳济会女修道院，取名为修女玛丽亚·塞莱斯特。他女儿 在信中表达了对他深深的思念之情，使他的心飞到了自己心爱的女儿身旁。
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