在战争中，开普勒夫妇特别宠爱的6岁的弗里德里希于1611年2月夭 折，接着，他又遭到了一次意外打击，他的夫人于1611年7月去世。开普勒 的生活由于家庭的变故和战争的影响而变得越来越阴暗。
1611年，开普勒到了林茨地方学校，他一面编制《道尔夫星行表》，一 面教青年贵族们数学、哲学和历史，并绘制奥地利的地图。编制《鲁道尔夫 星行表》的工作进展很慢，因为皇帝答应给他的薪俸一拖再拖，已经拖欠了 很久，使得开普勒除维持生活外，连一个助手也雇不起。
同时，由于开普勒的宗教立场，他成了新教神学家的“眼中钉”。早在 图宾根神学院学习时期，开普勒就拒绝同意路德派把加尔文派判处有罪，他 表示了他对新教信条的严酷和不宽容精神的反对意见。开普勒天天和他的家 人一起祈祷分裂为三派的教会统一。他认为自己掌握了基督福音的真谛，他 认识到，“上帝是和平和睦的发起人”。他公开主张决不能谴责坚信旧说的 人。“这并不是由于他的吹毛求疵，而是出于兄弟之爱”。只有“互相不仁 这块臭肉”才是基督教界身上的“脓肿”。
开普勒的这种宗教立场，不仅被天主教会所敌视，而且也为他所在的路 德派新教教会所不容。开普勒在所有有关信仰的问题上是十分坦率正直的。 他到了林茨后不久，就把他反对新教信条的立场告诉了丹尼尔·希茨勒牧师， 希茨勒因此要求开普勒必须毫无保留地承认新教信条，但开普勒拒绝了这一 要求。于是，希茨勒牧师就禁止他参加圣餐仪式。开普勒为此向斯图加特宗 教法庭上诉，但斯图加特宗教法庭的先生们十分明确地同意希茨勒牧师的作 法。他们在答复中强调，对于想用不可靠的叮疑意见或不合理的思辩给正确 学说抹黑，使自己和其他人思想混乱的人，完全有理由把它逐出圣餐仪式， 直至他改邪归正。后来，尽管开普勒一再敦促宗教法庭的精神顾问们收回他 们的裁决，但宗教法庭不肯做出任何改变。被逐出圣餐仪式对开普勒来说， 就等于被完全逐出一个宗教团体，在宗教迫害最严重的年代里，他却始终忠 于这个团体。他一辈子都不肯在信仰问题上采取虚伪态度。
开普勒争取让林茨的神学家和斯图加斯宗教法庭取消把他逐出圣餐仪式 的决定进行了旷日持久的艰苦斗争，但一切都无济于事。1619年7月31日， 当时任林茨地方学校校长的哈芬莱弗尔以同事的名义通知他这位昔日的朋友 最终认可那项决定：“无论是我，还是我的同事们都不能同意您的荒谬无稽、 亵渎神明的妄想，……他们想给您以兄弟般的忠告，您或者谴责这种荒谬的， 完全错误的思辩，毕恭毕敬地接受上帝的真理，或者不要和我们的教堂和我 们的教派来往。”从此以后，开普勒就永远地背上了异教徒的恶名。
十一、给天空立法和 《宇宙谐和论》
1619年，正当不幸的战争爆发的时候，开普勒在林茨完成了他最重要， 也是最有争论的著作《宇宙谐和论》。
发现了地球以及其它行星的运行轨迹之后，开普勒并不满足已取得的成 就，他感到自己远远没有揭开行星运动的全部奥秘。他相信还存在着一个把 全部行星系统连成一个整体的完整定律。古人给了他启示，行星运行的快慢 同它们的位置有关，较远的行星有较长的运行周期。开普勒的第二定律也表 明，即使在同一轨道上，行星速度也因距太阳远近而变化，沿着这条思路， 开普勒确信，行星运动周期与它们轨道大小之间应该是“和谐”的。然而要 找出这个自然规律来却是非常不易的。
开普勒和哥白尼一样，并不知道行星与太阳之间的实际距离，只知道它 们距太阳的相对远近。他把地球作为比较标准，以日地平均距离（天文单位） 为距离单位，以地球绕太阳运动周期 （一年）为时间单位。把各个行星的公 转周期及它们与太阳的平均距离排列成一个表。像做游戏一样，开普勒对表 中各项数字翻来复去作各式各样的运算，在很少有人了解和支持的情况下， 他顽强地苦战了9年，经过无数次失败，他终于找到奇妙的规律。这就是： 行星公转周期的平方与它同太阳距离的立方成正比。这就是行星运行的第三 定律 （也叫周期定律）。这是开普勒在他的《宇宙谐和论》里公布的。
这是一个十分重要的自然定律。不仅行星遵循着它，而且行星的卫星以 及太阳周围的其它天体概无例外，都遵循这个自然定律。从而可以确定，太 阳和它周围的所有天体不是偶然的、没有秩序的“乌合之众”，“而是一个 有严密组织的天体系统——太阳系”。
为纪念开普勒在天文学上的卓著功绩，科学界将开普勒发现的行星运动 三大定律命名为“开普勒定律”。它一经确立，本轮系彻底垮台，行星的复 杂运动，立刻失去全部神秘性。它成了天空世界的“法律”，后世学者尊称 开普勒为“天空立法者”。
开普勒的三大定律在天文学上有十分重大的意义：首先，开普勒定律在 科学思想上表现出无比勇敢的创造精神。远在哥白尼创立日心体系之前，许 多学者对于天动地静的观念曾提出过不同见解，但对天体遵循完美的均匀圆 周运动这一观念，从未有人敢怀疑。是开普勒首先否定了这一观念。哥白尼 知道几个圆合并起来可以产生椭圆，却从来没有用椭圆来描述过天体的运行 轨道。其次，开普勒定律彻底摧毁了托勒密的本轮系，把哥白尼体系从本轮 的桎梏下解放出来，为它带来充分的完整和严谨。哥白尼虽然获得简单得多 的日心体系，但它仍需用30多个圆周来解释天体的表观运动。开普勒却只用 7个椭圆就全部解决了行星之运动轨道及状态。从此，不需再借助任何本轮 和偏心圆就能简单而精确地推算行星的运动。第三，开普勒定律使人们对行 星运动的认识得到明晰概念。它证明行星世界是一个匀称的“和谐”系统。 这个系统的中心天体是太阳，受来自太阳的某种统一力量所支配。太阳位于 每个行星轨道的焦点之一。行星公转周期决定于各个行星与太阳的距离，与 行星本身的质量无关。而在哥白尼体系中，太阳虽然居于宇宙的“中心”， 却并不是行星运行轨道的焦点。
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