可知争论的焦点有二：新翰林的教习由何人来任；翰林院掌院学士是否入大学堂。这无疑既涉改制的理念，又牵扯用人问题。
首先，就教习言之，王文韶主张新翰林的教习必以翰林、进士出身人员担任，即是一定程度上保留了翰林前辈出任庶常馆大、小教习的旧制，显示出变政以渐，不欲更张过甚的态度。戊戌孙家鼐管学时期，“大学堂派出提调十人，翰林院居其六，又得教习者八人”，用人即以翰林为主，所以叶昌炽谓“虽不尽公道，尚可为词馆吐气”。[63]故大学堂一开始便与储才之地的翰林院颇多人事往来。[64]
而在年轻激进的张缉光看来，一则八股不如策论，不可以八股出身之旧翰林、进士，教策论出身之新翰林、进士；二则在学堂应学我本无之科学（分科专门之学），然国内人才皆系八股出身，无通科学之人，所以教习最好延聘洋人，其次亦需调游学生担任，万不可以科名限之。故张力劝瞿鸿禨坚持定见，否决老翰林入大学堂教新翰林的意见。
其次，掌院入大学堂问题，尤为重大。张缉光将八股、科名与学堂对立起来，昌言新旧势不两立的同时，更敏感在意的是，“八股掌院”入学堂“牵掣”、“阻难”、“干预”管学大臣张百熙的“新学之权”。为此，他发出“危言”：掌院一入大学堂，不仅新翰林、进士肄业无效，即仕学馆亦将为所牵动。无奈之下，要么干脆不办，要么分道扬镳，大学堂与翰林院各办各的仕学馆，而放弃科举、学堂调和之道。
与此对应，王文韶坚持掌院入大学堂，如前所述，既具有“反制”学堂的意味，也是延续了前此由掌院学士督饬翰苑人员用功实学的整改思路。更重要的是，张百熙依靠首辅荣禄支持，出掌管学大权，[65]然在此前后颇受到所用非人的诟病与谤言。[66]考虑到此时汉掌院学士正是前管学大臣孙家鼐，因此王文韶执意派掌院入学堂，似有变相保其同年孙家鼐再度入主大学堂的人事考量。[67]此外，该信显示，瞿鸿禨筹及此议时，早已与张百熙沟通过，达成了一定共识，而大学堂其他办学人士虽认同此举为学堂张目，将使科举式微而难以久存，但尚以此为不够痛快，意欲立废科举。
瞿鸿禨一向缜密，张缉光因以外间已知瞿主持此事，得失不免集于一身，力劝瞿坚持前议，否则宁愿放弃改革，所谓“变法而不得法，不如不变之为愈”。瞿接信后，当有造膝密陈之举，力持掌院不可入学堂，获得了慈禧首肯。张缉光获悉此情后，便于十月廿八日向汪康年通风报信，称“或可免掌院一节”。[68]
从十一月初二日的上谕来看，丝毫不及掌院学士，而明令张百熙悉心核议，随时认真经理。看似瞿鸿禨掌院不可入学堂的主张获得了胜利。不过，仅仅两个多月后，荣庆就于癸卯（1903）正月出任另一管学大臣。不久，荣禄去世，张百熙失去后盾。十一月，改管学大臣为学务大臣，添派掌院学士孙家鼐为学务大臣，与张、荣鼎足为三而以孙为首。荣庆也在进士馆开馆之前署理满掌院学士，[69]则实际上掌院还是入了大学堂。
至于教习问题，采取了类似搁置争议的办法。政务处上变通新进士章程折的同时，还附有一片：“简派大教习由”。[70]大教习即教习庶吉士，乾隆以后例由翰林出身之满、汉大员中各简一人。[71]请简大教习，即是延续教习庶常馆之遗意。不过，上谕对该片未予理睬，而且对争论不休的教习由何人担任的问题，也避而不谈。但是，派资深翰林出任进士馆教习的传言却时有所闻。[72]从日后实情看：进士馆监督、学务提调最初派翰林前辈，而实际授课者则主要为日本教习及留学生教习。[73]看来各方在此处亦达成了妥协。
必须指出的是，虽然瞿鸿禨与王文韶在此事上意见参差，但并不意味着瞿、王有多么对立。在“人人欲避顽固之名”[74]的时代，王文韶坚持保全科举的政见，“不恤大被顽固之谤”，[75]实“固有深见”，也不愧大臣之风。[76]此外，翰林院、大学堂均为开进士馆的利益攸关方，故有必要考察孙家鼐与张百熙的态度。如前所述，孙家鼐于辛丑四月主张庶吉士入馆之初，即宜课以实学，当癸卯年制定《进士馆章程》时，又建议前一两科进士有愿入进士馆者，亦准一体就学，[77]似知孙对开进士馆基本持欢迎态度。不过，张百熙的情况稍显复杂。一方面，从他奏请翰林用功政艺之学及开办仕学馆来看，开进士馆与他的政见相近；更重要的是，张百熙与瞿鸿禨此时关系密切，二人经营学务“苦心热血”，[78]前引张缉光的密信，也说明瞿鸿禨推动此举时，早已与张百熙沟通过，而百熙并不反对。然而另一方面，进士入学的特旨颁布后，事实上给张百熙带来了不少麻烦：筹备开馆固然不易，更为严重的是，此举牵扯科举与学堂、翰林院与大学堂的纠葛，直接关系新进士的出路，这就使得本已颇受非议的大学堂，又多了一些或明或暗的反对声音。[79]因而颇有张百熙“以其事为难，大约将来恐办不到”的传闻，[80]屡有张不以此举为然的声音。[81]不能排除一种可能性，即经常正面报道张百熙的《中外日报》在放烟幕弹，试图为张“澄清”，以减少科举新贵对张本人的非议。[82]但是，也很有可能，这些报道恰好表达了张百熙开始筹办进士馆后，面对种种为难之处的真实想法。要知道，此时亲自办学的张百熙在废科举一事上，态度逐渐激进起来，开进士馆这种调和之法，对他来说，已不够惬心。不过，考虑到进士入学实系瞿鸿禨、荣庆在暗中推动，荣庆不久又被派为管学大臣，则张百熙即使不以此举为然，此议也很难逆转。有意思的是，甲辰（1904）四月进士馆开馆前，张百熙已于二月奉命担任甲辰恩科会试副总裁，赴汴衡文。因此，开馆前后，大学堂事务是由孙家鼐、荣庆负责的。孙、张、荣三位学务大臣的复杂关系，也可从此类事件上获得进一步的理解。
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