21世纪以后，清代科举研究显示出蓬勃涌起的气象。在科举制改革、停废的过程、内幕与影响方面，学界有重大推进。2000年，美国普林斯顿大学教授本杰明·艾尔曼（Benjamin Elman）出版《中国帝制晚期的科举文化史》一书，从较长时段考察明清以来的科举文化史。作者在前人研究基础上，于最后一章论述了19世纪以降改、废科举的朝野努力和历史过程。同时，艾尔曼不仅注意到辛丑科举新章改革文体、内容和场次顺序，还试图通过分析会试闱墨的编排顺序和几份癸卯科会试的策题答卷，来讨论考官阅卷取中的趋向和改章的成效。惟未能深入考官阅卷、荐卷、取中的实际过程，所以他认为第三场的四书五经在考试中仍然最重要的论断还可再商。[37]
2000年和2006年，杨齐福先后发表论文，既考论了洋务时期改科举的史实，又考察了来华传教士与改科举的关系。[38]2003年，李细珠发掘未刊已刊函电，梳理了戊戌以来改、废科举的历史过程，尤其侧重于张之洞等督抚高层，揭示了不少内幕。[39]2004年和2009年，关晓红先后发表《科举停废与清末政情》、《议修京师贡院与科举制的终结》二文，对停废科举的过程、曲折与内幕进行了深度探讨，较既往研究有重大推进。[40]2005年，刘海峰的论文强调传教士的批评、八国联军焚毁京师贡院等外来冲击对科举停废的影响。[41]同年，关晓红以刘大鹏日记、朱峙三日记等材料为据，探讨了科举停废对近代乡村士子的影响，对罗志田的废科举后四民社会解体，旧式士子生存地位降低、逐渐边缘化的观点，提出了不同看法。2007年，关晓红发表《晚清议改科举新探》一文，梳理了道光至光绪戊戌时期，朝臣上奏的18份改科举方案及其结局，认为整个统治集团的观念滞后与礼部等衙门的阻挠，导致科举制失去了逐渐内在更新的最佳时机，后起者不得不选择除旧布新的彻底变革。[42]2009年、2011年，茅海建发掘已刊未刊档案，对戊戌变法时期康有为派的改科举主张及其背后运作，对张之洞、陈宝箴联衔上奏改科举的立意与过程，做了切实的梳理、核证与分析，指出张、陈方案有“诋康”的深意，且注意到了康派方案与礼部复奏章程的差异。[43]这使得戊戌改科举的历史面貌更为清晰。
在大量关注改革、废除科举的过程、内幕与影响的同时，学界也开始考察科举改章的具体内容，比如文体、策论题目、场次等问题，对科举改章后的科举考试本身，也有了新的研究进展。复旦大学章清、孙青等学者，关注晚清策问与新知的接引、知识复制、“新学”传播等问题，近年发表了一批值得关注的成果。[44]刘龙心曾利用科举录，朱卷、墨卷以及清末市面上流传的策论“参考书”，考察改八股为策论过程中科举与近代知识转型的关系问题，认为策论更类似于一种“资讯”，“不足以反映西学的实质内涵”，策论的提问方式也“限制了读书人认识西学的角度”，“阻挠了中学在致用的意义上与西学接引的可能性”。[45]潘光哲以湖南学政江标在衡文取士过程中编校的《沅湘通艺录》为例，论析了“西学新酒”如何被注入科举体制之“旧瓶”，展示了科举体制在19世纪最后几年的变化以及“导引士子读书世界变化的动力所在”。[46]罗志田敏锐地指出，在废八股之外，科举改制的场次调整更能体现时代思想资源的转移，“把中国史事、国朝政治论置于第一场，而四书五经义转到第三场，非常明晰地揭示出经史的易位”，对近代经学隐退、史学地位提升颇有影响。[47]2013年，曹南屏撰文认为，由于清廷坚持中体西用的意识形态，所以科举改制后的出题阅卷呈现了似新实旧的样貌，但改制还是刺激和促进了新学传播。[48]安东强考察了晚清科举的场次与选才问题，认为辛丑科举新章摒弃了张之洞戊戌科举新章中“分场去取”的设计，偏离了本意，“或许也是张之洞最终转向停罢科举的另一因素”。惟未给出进一步论证，且对清廷为何未采纳分场去取之法，亦语焉不详。[49]
有关癸卯、甲辰两科会试的研究，近年亦颇有推进。刘海峰发表于2004年的论文，注意到了甲辰科会试的背景，即朝廷新近批准了“三科递减”的渐废科举方案；简要分析了考题及个别答卷；提到了会试、殿试后新进士须入进士馆再学习的情况，并介绍了会元谭延闿、状元刘春霖、榜眼朱汝珍、探花商衍鎏后来的发展。刘海峰关于癸卯科乡试的论述，亦值得参考。[50]何玲刊于2009年的论文，也注意到考试内容的重要改革，集中分析讨论了二场策题及一些答卷，认为太多旧式文人出身的举子面对新的政治经济问题，不可能做出有价值的回答，改八股为策论不可能达到选拔人才的目的，科举制度的最终废除势所必然。[51]王瑶、李银良新近的文章则认为此次会试不仅沿袭了以往传统，而且在选题、选仕等方面也不亚于往日，是一次庄重严格的考核，同时检讨了借闱河南的原因。[52]2012年，李林发表的论文，述论了三场考题和会元的策题答卷、考官阅卷的情况，两科进士的人数、籍贯、年龄、朝考授职等，认为二场策题引导性太强，考官阅卷仍重头场，故评语和排名“多不能如实反映考生的水平和应得的评价”，改制效果不佳。[53]该文是迄今以癸、甲会试为题，用力最多的成果，颇有创获。惟将多个问题纳入一篇文中，故多未能展开深入讨论，想当然的舛错也就难免，证据不足的论断都还有待检讨。
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