首先响应的是与平氏结怨已深的僧院势力。治承四年十月，奈良兴福、般若等寺的僧兵七千人挖断道路，构筑工事城郭，威吓平安京。
清盛是何等样人，怎会受一班秃贼的威胁？于是立遣头中将平重衡率步骑四万分作两路直扑奈良坂和般若寺两处工事。在官军如雨的箭矢和猛烈的骑兵突击下，乌合之众的僧兵部被冲击得四散奔逃，战场之上一片哭爹叫娘之声。
到了十二月二十八日晚间时分，僧兵的外围工事被全部突破，官军包围了般若寺。重衡一声令下，官军从四面放起火来，般若寺一时间陷入了一片火海，寺中的僧兵和信徒或冲出寺门战死，或被烧死于寺中。
官军枭下部分战死僧兵首级，凯旋回京。兴福寺系实力大衰，清盛公眉开眼笑。但是动乱从此开始，谁也无法阻止了。
就在僧兵叛乱的同时，也就是九月十八日，近江、美浓、尾张诸国的源氏尽皆起兵。二万官军在左兵卫督平知盛、萨摩守平忠度的率领下，浩浩荡荡地开始了东征，从此平氏的政权再也没有平静的日子了。
不光是东国的源氏，九州的绪方、臼杵、户次、松浦等豪族，四国的河野等豪族全部蜂拥而起，拥护源氏。
关东地方是源氏的聚居地，早在治承四年（1180年）五月，高仓天皇之弟高仓宫（此人因为倚靠僧兵造反，在同月被平氏剿灭）以法皇之诏书命令关东及各地的源氏诸族举兵。源氏诸族与平氏仇深似海，一有此良机自不轻易放过。瞬时白旗飘扬，伊豆国的右兵卫源赖朝，信浓国的木曾义仲、大内椎义、风田亲义、平贺盛义、平贺义信；陆奥国的九郎判官源义经；常陆国的有信义宪、佐竹昌义父子；甲斐的逸见义清、逸见清光、武田信义、加贺远光、安田义定；出羽的源光长、源光能；伊贺的源光源；熊野的源义盛；摄津的多田行纲；河内的源义基、源义兼；大和的宇野亲治父子；近江的佐佐木、山本、相木、锦古里；美浓和尾张的山田重弘、坷边重直、泉重满、浦墅重满、安仓重赖、木太重长、开田重国、先岛重高等人纷纷起兵勤王攘平，兵至数十万之多。
【源氏拣梁】
在源氏的队伍中以流放伊豆的清和源氏赖朝威望最高，此人乃是平治之乱中伏诛的源义朝的清亲子。在流放伊豆期间，得到当地大豪族北条时政的青睐，将女儿北条政子嫁之为妻，隐忍了二十余年。在得到讨伐令后，赖朝首先竖起反旗，在岳父的支持下领骑西进。
然而，平氏的兵力终然雄厚，谁也不可能一口将他吞下肚去。赖朝几次进兵皆以全军尽没，单骑逃回。有一次还差点被俘，亏得藏于树洞中才得以逃过追兵。但他这种屡败屡战的顽强精神居然感动纯朴的源家武士，于是大家就将他奉为了首领，聚于他的旗下，后来竟有了二十万骑之多。
前面所提过的那支平维盛及知盛、忠度的二万东征军，在到达骏河国的清见关时，兵力已达七万。这支部队士气低下，兵将厌战。行动迟缓，到达与源氏决战的蒲原、富士川一带时，他们见到山野中和海上避战百姓的篝火，以为全是源氏兵马，奔走惊呼，落荒而逃。当赖朝的二十万大军到达时，平氏兵马已全都逃了个干净，关东诸国自此遂定，赖朝有了充足的时间整理他这支杂牌部队。
另一位源氏的名人叫做源义经，他是赖朝同父异母的弟弟。他在平治之乱后发往鞍马寺出家，时年七岁。平氏万万没有料到，他们对义经的这种处置，为源氏一族培养了一位无与伦比的军事天才，奇袭战术的大师。在鞍马寺，义经不仅得到了家传的《孙子兵法》珍本，还遇到了鞍马流兵法及剑术家鬼一法眼，于是从之修习武艺。
他在15岁得知悲惨的家世后，云游四方，研修兵法武艺，寻机复仇。义经身材娇小，皮肤白晰，相貌如同漂亮的女孩一样美丽（由此在上田伦子的漫画《竣》中，爽性就将他画成了女扮男装的丽人，还差点被其兄赖朝和范赖强暴……）。在京都五条大桥上，义经扮成美女，击败了拦阻旅客、为收集千把名刀而战的恶僧武藏坊弁庆（这倒是同荻野真的《孔雀王·退魔圣传》中的情节一样）。弁庆为义经扮成女装后娇艳欲滴的秀色所迷惑（变态），于是决心一生跟从义经（这大概也是一种爱！？）。后来义经的小部队历经种种艰险，终于和赖朝在黄濑川会面，这次会面成了后世所津津乐道的盛事。
最后一位源氏的宿将叫木曾义仲。他的父亲是在源氏内斗中死去的，从小就被送给了信浓的木曾中原兼远（木曾为地名，中原为姓）家抚养。他自小就孔武过人，拉得硬弓，骑得劣马，勇猛过人。
在得知赖朝起兵后，他决心举义，在八幡菩萨面前挽上发髻，自己取名木曾义仲，号召信浓武士跟从。信浓的武士素来信服他的武力，于是一呼天下应，信浓举国造反。
不过，木曾本人倒还不是最出名的，他手下亦从亦友的木曾四天王——今井、桶口、盾、根井的威名更胜于他。另外，他还有一名人称日本第一美的待妾巴御前。巴御前不仅相貌美丽，而且长发委地，性格淑良谦和。各加难得的是弓术堪称当世无双，刀术迅猛，马术也极优秀，多建战功，被当世誉为以一当千的女中豪杰（真是最完美的伴侣！）。
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