直到得知拿破仑军队由慕尼黑出动的消息，俄军还在散布将向慕尼黑进发的传言。当所有的人都以为库图佐夫服从了朝廷的意愿，要率兵去迎战法军时，10月25日，俄军的命令终于下达了：放弃布劳瑙向东撤退。
拿破仑军队紧紧尾随追击撤退的俄军。法军主力集中于多瑙河右岸，目的是把俄军逼向河边后围歼。俄军受到了严重威胁。
奥皇弗兰茨一方面坚持必须在恩斯河一线组织坚强防御，同时却又命令在施泰尔附近掩护俄军左翼的梅菲尔德将军率领奥军火速撤回维也纳，这样就把俄军侧翼暴露给敌人了。库图佐夫还掌握了拿破仑给弗兰茨的信件，证明奥地利与法国正在进行单独媾和的秘密谈判。
俄军陷入孤立无援的境地。同盟国答应提供的补给，库图佐夫一样都没得到。在恶劣的气候条件下，饥寒交迫的俄国士兵行进在被毁坏的道路上。库图佐夫的部下多赫图罗夫在给妻子的信中写道：
“我们夜行晓宿，……足下无靴，腹中无食，凄苦难言。同这些坏蛋结盟真是不幸。但有什么办法啊！”
在库图佐夫竭力摆脱法军追击的危险情况下，奥皇弗兰茨还在不着边际地大谈保卫维也纳的作战计划，俄皇亚历山大也要求库图佐夫“同奥地利将军们同心同德”。由于库图佐夫拒绝执行保卫维也纳计划，他同沙皇之间的矛盾进一步扩大了。
库图佐夫之所以不执行保卫维也纳的作战计划，是因为在当时条件下，这是俄军力不能及的事，他认为保存俄军实力是自己的首要任务。同两位君主的计划相反，他提出了撤至多瑙河北岸和放弃维也纳的计划。奥地利被迫同意了这个计划。
10月31日，法俄两军发生了激烈交战。巴格拉季昂将军率领的俄军后卫，打退了法军前卫指挥官缪拉元帅率领的大队骑兵的多次冲击。
使奥地利人、意大利人和普鲁士人望风而逃的法国士兵，终于在战场上与俄国士兵相遇。法国人惊异地发现，战斗打响后，俄国士兵非但不逃跑，反而端着刺刀转入反冲锋，直至下令撤退。
3. 克雷姆斯大捷
巴格拉季昂指挥的俄军后卫和缪拉指挥的法军前卫几乎同时赶到恩斯河渡口。巴甫洛格勒骑兵投入阻击法军的战斗，一直坚持到俄军后卫在密集的炮火下渡过恩斯河并烧毁桥梁为止。过河后，战斗更加激烈，库图佐夫派米洛拉多维奇率后卫预备队来增援。米洛拉多维奇用苏沃洛夫的光荣战斗传统来激励士兵，率领他们投入进攻。
在俄法两军的掷弹兵和骑兵的混战中，俄军的处境越来越困难，眼看就要战败了。这时，有人请示库图佐夫怎么办，库图佐夫回答说：
“你们是俄国人，俄国人该怎么办就怎么办。”
由于发挥了俄军英勇顽强的战斗精神，法军终于被击退了，这是关于他们不可战胜的神话第一次被打破了。
由于库图佐夫以巴格拉季昂为后卫，采用机动灵活的战术击退了敌人，使俄军得以安全北撤。这时他急欲渡过多瑙河，过河以后再把桥炸毁，俄军就有了安全保障，可以在那里休整，等待与布克斯格夫登集团军会合。
但是，拿破仑已经准备好给予俄军新的打击。他很清楚，俄军一旦渡过多瑙河，就到了安全地带，把俄军包围后消灭掉的计划就会落空，而且会使在南岸的法军一个军陷入危险境地。于是拿破仑决定派莫捷率他的混成军隐蔽过河，夺取桥梁，然后在克雷姆斯附近截击俄军。
很快，库图佐夫得到侦察员的报告：法军已经出现在多瑙河北岸。他知道，敌人已经给他设下圈套：莫捷的部队不会放他到北岸去，而拿破仑的主力部队正步步逼近南岸。出路只有一条，就是尽最大努力渡过河去，抢在莫捷之前到达克雷姆斯附近。库图佐夫当机立断，命令部队加快行军速度，一定要赶在莫捷的前头。
奥皇弗兰茨要求库图佐夫留在南岸，保卫桥头工事和多瑙河大桥。他在给库图佐夫的信中写道：“我完全相信，您将竭力维护贵国军队的荣誉。”但是，库图佐夫放弃了多瑙河南岸，并为没能执行命令向弗兰茨表示了歉意。同时有些刻薄地说，他之所以不能保卫桥头工事，是因为没有找到它。很显然，尽管皇帝下了命令，但奥国士兵没有完成修建桥头工事的任务。
俄军后卫刚到北岸，法国骑兵已追到桥头。就在这时，被俄军破坏的大桥轰隆一声塌落河中。
拿破仑慌了，他不仅放走了库图佐夫，而且还把莫捷这支孤军留在了北岸。
莫捷率部队过河到北岸后，就沿着河边狭窄的道路向克雷姆斯前进。这时，库图佐夫叫人四处放风，说他正在向摩拉维亚撤退。同时，又命令米洛拉多维奇的前卫佯装撤退，不要去阻拦莫捷。敌人被骗中计，莫捷向克雷姆斯疾进，沿小路越来越深入。
库图佐夫把自己的军队分为四个支队：米洛拉多维奇迎击行进中的法国先头师；多赫图罗夫和什特里克实施纵深迂回机动，攻击敌人的侧翼和后方；巴格拉季昂从北面掩护集团军行动，并守卫通向克雷姆斯的道路。
库图佐夫如愿以偿，法军在战斗中死伤惨重，有2000多官兵被俘。
由于夜幕的掩护和法军士兵英勇抵抗，再加上多赫图罗夫因行军迷路贻误了战机，莫捷终于带着残部狼狈逃命，在溃逃时有许多人落水丧生。
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