1月19日，盟军总部发布特别通告，宣布成立远东国际军事法庭，以对日本战犯进行审判。在该法庭于5月正式开庭前，麦克阿瑟即指令在马尼拉成立特别军事法庭，对山下奉文和本间雅晴等战犯进行审判。山下在麦克阿瑟进攻吕宋岛时曾下令军队撤出马尼拉，但他未能阻止留守日军的暴行，这一点特别令麦克阿瑟愤恨。当审讯还在进行时，麦克阿瑟致电法庭，认为没必要拖延时间，要求迅速结案。结果，法庭于2月间判处山下死刑。山下不服，提出上诉。9名法官中也有2人提出异议，认为这是利用法律来达到复仇的目的。麦克阿瑟在复审时表示找不到有什么可"从轻发落之处"，其判决是无可非议的。3月23日，"马来亚雄狮"山下奉文赴刑。本间被认为是制造"巴丹死亡行军"的罪魁祸首。日本人是在战后才得知这一事件真相的，天皇知道后马上剥夺了本间的军职和各种勋章。像山下一样，他被匆匆判处死刑。本间的辩护律师和墨菲法官对判决结果提出抗议，认为这是一次极不正常的审判。本间的夫人甚至亲自去向麦克阿瑟求情。但在复审书中，麦克阿瑟认为"被告以军事权力和军事必要性为名，集体消灭那些不能再为战争出力的人，其罪行之凶残与危险已到了无以复加的地步。……如果被告不应得到这种判刑结局的话，那么司法史上就没有什么人应得到这种结局的了。"5月3日，远东国际军事法庭在东京正式开庭，对28名主要战犯进行起诉。审判一直持续到1948年11月12日，期间有两人死亡，一人因病终止审判。最后包括东条英机在内的7名战犯被判死刑，16名被判无期徒刑，其余两人为有期徒刑。
与此同时，修宪工作也在加紧进行。这项工作始自上一年的10月，当时币原内阁组织了一个以国务大臣松本烝治为首的宪法问题调查委员会。经过三个月的酝酿，松本向内阁会议提交了一份宪法修改草案。但该草案基本承袭了原来的帝国宪法，仍维护天皇的统治大权，只不过把"天皇神圣不可侵犯"改为"天皇至尊不可侵犯"。在草案正式提交盟军总部前，《每日新闻》于2月1日抢先披露了草案内容。对这一极为保守的草案，麦克阿瑟当然是不能接受的。在惠特尼的鼓动下，他决定采取"冲击疗法"，于2月3日下令由惠特尼领导的民政局亲自拟定修改方案，并提出修改三原则：1．天皇处于国家元首地位，皇位世袭；天皇依据宪法所行使的职能要体现国民的基本意志。2．日本要废止运用国家权力发动战争，放弃以战争作为解决争端的手段；日本不拥有军队和交战权。3．废除日本的封建制度；贵族的权利只限于尚在的一代。
根据这一指示，惠特尼领导一班人马从2月4日起日夜奋战，进行了一周的突击作业，完成了新宪法草案，在经过麦克阿瑟批准后，于2月13日交给日本方面，希望日方以该草案为蓝本迅速起草一份日本的方案。最后出台的宪法草案被称为"麦克阿瑟草案"，实际上是美国制度与英国制度的结合物。它把天皇降到了只是"国家象征"的地位，确立了像美国政府那样的三权分立体制。国会两院将由民选产生，首相由众院选举，并直接对国会负责。对这样一部体现主权在民的彻底冲击日本国体的宪法草案，最初日本政府怎么也无法接受。2月21日，币原拜会麦克阿瑟，试图寻求松动，但麦克阿瑟对他说："象征天皇制和放弃战争，这是不容变更的两大原则。只因规定了这两个原则，才排除了苏联的反对而维持了天皇制。在当今国际形势下，美国方面提出的草案是绝对必要的修正方案，也只有这样，才能保住天皇的地位。"这话一点不假。实际上，币原心里也明白，当时国际社会对天皇一片讨伐之声，要把他作为战犯进行审判，甚至要求彻底废除天皇制。在这种情况下，麦克阿瑟能够不顾这些呼声坚持保留天皇，已经是够宽容的了，作为孤立的想重返国际社会的战败国还有什么可讨价还价的呢？重要的是天皇保住了，至于其地位如何已无关紧要。这样，日本方面终于决定接受"麦克阿瑟草案"，并马上投入了起草工作。3月7日，东京各大报在"主权在民"、"放弃战争"等大标题下登载了新宪法草案，同时还刊登了麦克阿瑟的声明："令人非常满意的是，今天我能向你们宣布，天皇和日本政府决定向日本人民提出一部我完全赞同的、崭新的、开明的宪法。"
新宪法草案公布后，立即在广大群众中引起强烈反响。人们在街头巷尾、在报纸上、在家庭中、在工作岗位上等一切场所进行讨论和辩论，并提出各种各样的修改意见。总的来说，绝大多数日本人是拥护这部草案的，他们对草案把天皇制的保留和主权在民的思想加以调和，有"一种安心之感"。据5月27日《每日新闻》的调查结果，支持草案有关天皇地位的规定者占85％，反对者占13％；对是否有必要放弃战争问题，70％认为有必要，28％认为无必要。从6月到10月，日本召开第90届临时议会对草案进行审议，在经过一些小的改动和文字推敲后获得通过。11月3日，新宪法正式颁布，并于第二年(1947年)的5月3日起施行。
新宪法的颁布保障了日本向现代资产阶级民主制度的平稳过渡，对战后日本的复兴起了重大作用。它除了在日本的国体、政体及放弃战争与武装力量等方面作出重要规定外，其改革精神几乎触及到日本社会的方方面面。其中包括建立地方议会、地方自治政府和地方警察机构，实行地方自治制度，从而改变了过去那种中央集权的领导体制；实行国家公务员制度，国民有权选举和罢免公务员，从而改变了过去那种带有浓厚军事封建色彩的官吏制度，等等。更可贵的是，它最大限度地吸收了各国宪法中有关保障国民权利的条款，并结合日本的实际加以充实和扩大，成为资本主义国家宪法中关于国民权利规定最详细的一部宪法。当然，这部宪法从某种意义上来说是麦克阿瑟强加于日本的，然而在当时的情况下，麦克阿瑟这样做无疑是正确的、进步的、无可非议的。他在回忆录中对他的这一杰作相当得意，说该宪法"是历史上最自由的宪法"，甚至认为"这部宪法也许是占领当局唯一最重要的成就，因为它给日本人民带来了他们前所未有的自由与权利"。美国前总统尼克松则称："在现代政治史上还没有一个人物能像麦克阿瑟那样被称作法典制订者。他几乎成了一个半神话式的人物——在政治上高瞻远瞩，能够按照理想的模式独力改造一个社会。"
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