孔子重人道，远鬼神，持无神论的观点，对上帝教崇拜独一真神上帝的信仰是抵触的，所以天王洪秀全极力反孔。当癸好三年建都天京之初，就掀起一场群众性的反孔大运动，捣毁孔庙，焚烧偶家书，出布告凡读孔、孟及诸子百家书都立斩〔二〕。旋因东王杨秀清假托天父圣旨：「孔、孟之书不必废，其中有合於天情道理亦多」，加以阻止。洪秀全不得不服从，改为待删改后始准阅读。於是在天朝法律上，定有一条「凡一切妖书如有敢念诵教习者，一概皆斩。尔等静候删改镌刻颁行之后，始准读习」〔一〕的律例。上帝教对待儒教虽与佛、 道两教有别，也同在被排斥之列。事具叙论反孔节中。
太平天国对天主教，因天主教供奉圣母等偶像，并设有供奉的神坛，故建都天京初时，也与佛教、道教同在扫除之列，当时天京就有拆毁天主教堂的事〔二〕。癸好三年十一月，法国公使布尔布隆到天京访问，就说明是因为法国皇帝对中国天主教表示关心而来。他在天京探知天主教女教徒安好，男教徒即几乎逃跑了，有几个被迫在军队服务，严格奉行上帝教条规〔三〕。其后因外交关系，太平天国在进军上海和宁波时，对天主教堂都加保护〔四〕。
太平天国对基督教，虽认为同教，但太平天国的上帝教与当时西方殖民主义者带到中国来的基督教有着本质的不同。早在金田起义之前，天王就对基督教提出批评，指出基督教「过於忍耐或谦卑，殊不適用於今时，盖将无以管镇邪恶之世也」〔一〕。这就很明白地说明基督教不可能为太平天国革命服务，与太平天国革命的需要抵触。因此，天王宣称「新有错记」，把新约改为「前约」，而称上帝教的经籍为「真约」，要全世界人皈依他的新信仰。吴士礼记天王当年曾在广州向之学习基督教道的教士罗孝全到天京事说：
罗与天王有很长的谈话，大都是关於宗教问题者。在谈话中，天王与罗一反两人昔时之地位，於此天王自居师位而谆谆讲道欲其昔年之师皈依其新的宗教见解——此非圣经所陈而为其个人之见而却自称为昔时由天父直接启示於彼者。当天王在辩论中之请求以及后来屡颁下之论旨，均要罗牧师为此等邪说之信徒，而往全世界劝教人皈服此新信仰〔二〕。
据罗孝全致美驻华公使蒲安臣书的自述确实如此，详见罗孝全传中。教士和谟茲在访问天京之后，他发表报告，论太平天国的宗教也道：
他们得有新的天启，——这是他们对於真理之新标准，而且他们自信反可以教训我们的。事实上，他们手上握了一道神圣的旨命。是要我们照其内容而屈就依从的。〔一〕
这一个侵略分子这一段话倒不错。太平天国要建立「天下一家，共享太平」的新世界，这就是他们得自天启的真理的新标准。这一个真理的新标准，当然可以教训那些满口仁慈而实际是为西方殖民主义者作先锋的教士的。太平天国只有要全世界皈依他们的新真理，而是不会允许外国教士到中国来宣传基督教的。
庚申十年十月，教士杨笃信到天京访问，他的目的是要向太平天国取得一道宗教自由的诏旨。太平天国以幼主名义赐给了杨笃信一道诏旨说：
天爷、天爹暨爹命，朕诏各王文武众臣及众弟兄知之！天爷、天爹之真教乃天教，耶稣教、天主教均是也。世界与爹、朕为一家。谨守天条之人皆可来访。今干叔、赞叔、秀叔等奏称，西洋教士杨笃信暨其友人，敬服天国，信奉天爷、天爹，来此欲鉴荣光，瞻仰上帝、耶稣，并请求传布真道。感谢天爷、天爹赏赐天国权力与奇能，使远近各国均得敬闻之。唯目前干戈扰攘，刀兵遍地，深恐教士为乱兵所伤害，引起严重后果。朕鉴彼等皆忠诚信实之人，原为耶稣忍受各种患难而在所不惜，对此朕深嘉之。仰各王传谕军民人等，对彼等当和爱相待，不得加以危害。须知天爷、天爹暨爹、朕同是一家，故当令彼等受到优遇也。钦此〔一〕。这一道诏旨，只是颁布对教士的保护令，命令军民不得加以危害，并不是宗教自由的诏旨。但杨笃信却认错了，他给伦敦布道会报告，说他已经达到目的，向太平天国取得了一道宗教自由诏旨〔二〕。
辛酉十一年正月，教士慕廉维便向干王洪仁玕商讨传教事，他报告在天京与洪仁玕的会谈说：
他说，天王深欲传教於全国。我问这是他们共同的欲望吗？即应曰，确是的，自始至今，此意无改，将必更为努力於其实行。不过，他续说，天王坚决主张，必要依照其自己的方法以达到此目的。「基么方法呢？」我问。「是中国自有的本色的方法」，他答。每年开科考试，以选拔官吏。考试的教科书以圣经为主要，而应试者对於圣经的知识之多少，将为选任官职高下之权衡。中式者将被封任各官职，而无论官职大小，将要到处传播教道。依我的观察，以为要确定应考者之宗教品格及为促进这精神的国度之目的与对象，必需更有其他善法以补助不足。他答道，这是天王所拟的计画而自以为是完善的。又问：「那末，外国的教士将来有何地位呢」？他答，其始，教士对士人及人民宣扬关於基督教之一般的知识，这是很有用的。不过，天王关於此点不欲藉赖外援。他以为中国人可以自做这事的，因为中国人是赋有傲性，不欲从外人之后接受福音的〔一〕。
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