由于吴佩孪剿匪有利、有功，曹锟对吴也从起初的不重视到后来的另眼相待了。
1911年10月10日辛亥革命爆发，武昌首义成功后各省相继起义，到11月底有14个省宣告独立。1912年元旦，中华民国成立，中国最后一个封建专制王朝覆灭了。
山西独立后，新军第二标标统阎锡山做了晋军都督。当时清政府派第六镇统制吴禄贞前去镇压。吴禄贞本是革命党人，遂暗中与阎锡山取得联系，准备合兵进攻北京。耳目灵通的袁世凯得知情况后，立即派人在正太车站杀害了吴禄贞，然后派曹锟的第三镇前往山西镇压。
第三镇第一协担负镇压山西革命军的任务。第一协协统是卢永祥，吴佩孚为炮三标的管带。吴佩孚上了第一列火车，其顶头上司刘标统也在这列车上，火车深夜开动。按原定计划，火车应在某站停车。不知过了多久，火车在某站呼啸而过，吴佩孚心头一惊，火车再往前走，就该到娘子关前的平地了。吴佩孚叫醒身边的张福来，带一些士兵前去找刘标统。
刘标统本来同情革命军，与山西有秘密联系。这次曹锟入晋，他早已通知了山西革命军前敌总指挥姚以价。姚在娘子关上设下伏兵，单等曹锟入围。本想夜间行车不会被人发现，偏偏让吴佩军看出了破绽。
吴佩孪推开刘标统的车厢一看，刘标统和一些人都自穿崭新的革命军军服。对北洋军和袁世凯忠心耿耿的吴佩孚立即逮捕了他们，并马上命令火车退回井隆。这下吴佩孚可立了大功。曹锟和卢永祥都十分感激他，曹馄当即说：“子玉，这炮三标归你带了！”于是吴佩孚踏着革命党人的鲜血，爬上了标统（团长）的位子。后来革命党人与袁世凯妥协，孙中山辞去大总统职务，但要求袁世凯去南京就职。于是袁世凯又一手导演了“北京兵变”，并在北京宣誓就任总统一职。
北京兵变中，曹锟立了大功，不但被允许在北京、河南招兵补员，而且被任命为长江上游总司令，兼第三师师长。吴佩孚担任师部副官长，后又被保荐为第三师第六旅少将旅长，统领6000人马，成为北洋系中数得上的一员大将和猛将。
1917年6月，辫子军大帅张勋率领辫子军马、步、炮兵10个营，约5000人，开进北京上演了一幕复辟丑剧。
大总统黎元洪坚决反对复辟，于当天写了一道起用段棋瑞为国务总理的命令，责成他起兵讨逆。段棋瑞接到命令后，于天津南的马厂成立讨逆军司令部。段棋瑞本人就任讨逆军总司令，以段芝贵为东路讨逆军总司令、曹锟为西路讨逆军总司令，并发表讨逆檄文，发兵攻打北京。
吴佩孚的第六旅作为先头部队立即出发，不久进驻卢沟桥和宛平县城，随即攻下丰台。
很快，上演了12天的复辟丑剧草草收场。“大总统”黎元洪亦因此被迫辞职。直系军阀首领冯国璋代理“大总统”，皖系军阀首领段棋瑞则以国务总理名义总揽政府大权。
1918年3月，孙中山在广州组织护法军政府，通电反对北洋军阀的北京政府并号召北伐。段棋瑞则要以武力统一的手段，巩固其反动统治。
1918年3月中旬，担任第三师代理师长的吴佩孚率兵大举南下。每次开战他都冲杀在最前面，靠着他内心想当湖南督军的野心，其所部连克岳州、长沙、衡阳。这样一来，本来属于晚辈且名不见经传的吴佩孚声名大振，同行们都称他为北京政府的“南天柱石”。
可是结局却出乎人们的意料，段棋瑞将督军的位置给了皖系亲信张敬尧，只授给吴佩孚援粤军副司令和孚威将军的虚名。吴佩孚大失所望愤怒至极，一气之下公开发表“罢战求和”通电，与段棋瑞反目相向。在私下场合里，吴佩孚说：“这叫投桃报李，来而不往非礼也。”
或许孔祥熙看到了吴佩孚主张的可取之处。认为这是自己和吴佩孚建立友好关系的大好时机。当时孔祥熙主观地认为吴佩孚“爱国忧民，敢做敢为”，就立即亲拟了一封电报公开发表，吹捧吴佩孚为“有识之士”。
拍发电报孔祥熙的目的十分明显，一方面通过这份电报公开表明自己对时局的态度，另一方面他也想同吴佩孚这位“有识之士”建立关系。
吴佩孚在堆积如山的响应推崇电函中，发现了孔祥熙的电文，竟大喜过望。吴佩孚平生尊孔，对孔祥熙其人也有所耳闻，知道这位阎锡山的高参并非凡人。当下他便提笔复函孔祥熙，邀孔祥熙“出山为助”，代为运筹帷幄。孔祥熙则仍以对待张作霖的态度对待吴佩孚。他回信说：“自己正在兴学救国，手上的铭贤校务丢不得，只能对大帅的盛情好意深表感谢！”
吴佩李大概看出孔祥熙不愿轻易离开山西，也就没有再加勉强，只又复了一封信给孔祥熙，信中说了一大堆客气话，对孔祥熙兴学救国的理想与抱负表示“钦佩”，并誓与孔祥熙结为“神交”。看到这些字句，当时的孔祥熙真是心里甜滋滋、脸上乐融融。
就是这样的鱼雁往来互相吹捧，居然使两人建立了后来曾被某些人赞誉的所谓“神交”。
不过，后来二人的命运却大不相同。孔祥熙青云直上，成为国民党政坛的显赫人物，“四大家族”之一，许多小军阀都拜倒在他的门下。而吴佩孚虽称霸一时并继冯国璋、曹锟之后，成为直系军阀的头子且统兵几十万之众，但终于在国共合作进行的北伐战争中败北，吴佩孚先是避居四川后又隐居北平，直至1939年一命呜呼。
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