第二阶段为稳定操练时期。时间从1896年8月到1898年5月。这时期自强军驻扎吴淞，为全军最兴盛时期。吴淞地处上海海口，此处原驻有江南防营盛字军。为了驻扎自强军，刘坤一专门拨款修筑营房，并令原吴淞驻军移扎狮子林炮台，腾出营地操场，资自强军训练。自强军各营于5月间先后从江宁抵达吴淞，分营驻扎。其时房屋尚未建成，除步队一、五营之外，其余各营都只好临时支搭帐棚居住，到8月上旬，房屋建造方告完竣。
自强军安顿以后，开始了正规的军事操练。为了督操方便，将步队8营分为左右两翼，每翼4营，由洋营官斯忒老和柏登高森统带（后由南尔都福接替斯忒老）。士兵们开始了紧张的训练，每天几乎“无一刻之偷闲”。步队使用的武器是1888年新式小口径双筒毛瑟枪，炮队2营使用武器分别是克虏卜八生的后膛钢炮及英国麦克信七生的半后膛钢炮各6尊。马队操练器具主要是长矛，炮队马队士兵则都备有新式小口径双筒马枪。1897年5月1日，自强军在吴淞举行阅操，邀请了驻沪各国领事、水陆团练各将弁共170余人观看。阅毕，上海的西文报刊评论说：“此军人人体气强壮，枪械整洁”，步队“听其扳机作势之声则千人一律，及装药放响则初次不齐，二、三次较佳”；炮队钢炮“皆精利之器，光洁绝伦，……炮手之技洵称敏捷”；马队“操亦甚精，进退徐疾，皆如人意”。连当时江苏巡抚赵舒翘视察自强军时，对其“行军阵法”，也发出“江南诸军无如自强军”的感叹。国内舆论更对自强军“士躯之精壮，戎衣之整洁，枪械之新炼，手足之灵捷，步伐之敏肃，纪律之严谨”，赞叹不已。大阅操的成功，使自强军名声大振，令中外人士有耳目一新之感。
1897年2月，鉴于士兵操练已基本娴熟，自强军又在驻地办起练将学堂，练将学堂分派洋将4人充任教习，轮流教授枪法、步法、测绘、战学四门课程。每日集华副营官哨官赴堂听课，以4个月为期。4个月之后，又接办了练弁学堂，由自强军中选派排长入堂学习，练习行军、侦探、测绘等技艺。这些学堂的开办，使自强军营哨排长各级将弁得到了轮训。
是年9月，自强军移驻吴淞训练已有年余，按张之洞创军之原意：“俟成军半年以后，操练已有规模，即行推广加练，酌增人数一倍，统以增至万人为止。”但是限于财力，刘坤一无力再扩大自强军。于是便出现了调防分练之议。即将自强军调防江阴，调江阴合字营来吴淞自强军驻地，与原驻吴淞的盛字营一起由自强军派洋将弁教练，而自强军仅留洋将2员随往江阴教练。此议原意很明显，一可不增饷项，达到多练新军之目的。二可将自强军中的洋将权力削弱。三可避免自强军与防军因饷项厚薄而产生矛盾。但调防分练的主张，很快引起洋统领来春石泰的反对，他上书刘坤一说：“欧洲强国用兵最精，而训练率限以三年，未有一年成劲旅者”，他认为今自强军虽较诸防营为佳，但比较欧洲之兵，则如初涉藩篱，未窥堂奥，并且仅令2洋将随往江阴接练，限于能力，对操练必有不利。而且自强军名声已著，驻扎吴淞可扼守要隘，隐维大局，关系非轻。来春石泰的反对使刘坤一改变了调防分练的主张。同年9月27日刘坤一作出自强军仍驻吴淞接续训练的决定。只令自强军就近教习盛字军。不久，自强军派出洋将3员前往盛字军，教习洋操。
是年11月2日，来春石泰上了要求补练工程队的条陈。11月13日，刘坤一批示决定工程队由江宁陆军学堂开办，自强军不必筹建。这样自强军的营制上正式取消了工程队1营的编制。自强军的编制，在移驻吴淤前共为11营，额设士兵共2580人。自沈敦和总理营务处时起，因点验剔退，先后斥革逃逸，自强军共缺额240余名。虽屡经招募选补，但从未足额，加上洋将又虑新旧掺杂，操练难期合法，因此常积缺额百余名或数十名不等。1898年2月，因洋统带来春石泰的合同期将满解职，自强军兵额始一律补足。
自强军中的德国军官，都订有3年合同，自1895年应募到华之日起，到1898年的3月至9月将先后期满。为了作好交接工作，1898年3月刘坤一派长江水师提督黄少春，前皖南镇总兵署江南提督李占椿，两江营务处道员杨慕璿前往吴淞校阅自强军。阅毕，他们向刘坤一报告说：“调阅马步炮队各营军容壮盛，队伍整齐，阵法进退有方，枪炮施放灵捷，倘遇有事可期得力”。为此刘坤一上奏请奖来春石泰二等第三宝星，洋营官齐百凯等6员给三等第一宝星，其余16员洋哨官奖给银牌。鉴于来春石泰将于4月11日合同期满，委李占椿接统自强军，其它洋营官哨官均俟期满派员接带。
1897年后，列强在中国划分势力范围，瓜分危机日盛，英国又提出要以长江流域为其势力范围，因此长江流域的防守成为重心。负有守土之责的刘坤一，基于“以江宁江苏论，则江阴系两处门户，若论大局，则镇江乃上游七省咽喉，且为南北关键。”作出了重点扼守江阴、镇江的决定。由于前时来春石泰的反对，自强军未能移驻江阴，来春石泰期满辞退后，1898年5月，由新任自强军统带江南提督李占椿带军移驻江阴，以便与镇江上游诸军相互联络，自强军加入了江防行列。
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