第三阶段为参与江防时期。时间是从1898年5月到1901年9月开拔山东，并入袁世凯武卫右军止。这时期，自强军遣散了洋将，全归华将自统。军队营制上增加了江南提督亲兵一哨。全军在靠近江阴沿江炮台附近，择地驻扎，以备有警时与炮台互相策应。1898年9月，刘坤一道上谕：三十七营防军练洋操，每哨由自强军酌拨排长一名充任教习，一切操法都按自强军的章程。自强军调出排长的缺额，由统带另行募补，又将自强军新纂之《西法类编》一书分发江南防军各营旗，责成营哨官诵习。在白强军排长的教习下，江南防军改练德操颇著成效。
1899年12月，刘坤一出省视察江南各路防军，得意地称赞自强军及驻镇江的江胜军“操法极为整齐，所演行军队连环炮声势联络，均足以备缓急。”
1901年7月18日，清廷命令自强军调往山东交袁世凯酌量分布和训练。这一纸谕令，标志着一支独立的自强军即将被吞井。接此消息，首创自强军，时任湖广总督的张之洞急忙询问刘坤一，刘答以因该军向习洋操，就近归袁训练，以期一律精熟。刘的答复并非心里话，事实上他以江南防务薄弱为由，主张留下自强军。同时，袁世凯也在山东上了《辞督练自强军折》，请清廷收回成命，但这些请求都未被允准。于是刘坤一只得忍痛割爱，交出自强军的指挥权。除将亲兵一哨仍留下外，所有马步炮各营借原领军械等项，于1901年9月自江阴起程开赴山东。从此，自强军便在袁世凯的节制之下。
自强军是既不同于湘淮军也与练军有别的自成一系的新式陆军，因此有必要简叙其组建特点。
第一，募洋将为统带管带。在60年代初，清政府虽通过湘淮军招募洋人统带常胜军、常捷军。但这只是出于“围剿”太平军的需要的权宜之计，事后很快将两军解散。此后，在长达几十年的练兵时期内，大都利用洋将为教习，并无统兵之权。促使张之洞下决心募洋将为统带管带的，是他看到了绿营湘淮等旧军有着：人皆乌合，来去无恒；里居不确，良莠难分；各军都有缺额，在职勇丁亦系当杂差；将拥厚资，士不宿饱；于新式枪炮、操练诸事全不讲求：绘图、测量、行军、水陆工程诸事尤所不习；以及将领无练兵报国之心等弊端。要除去这些弊端，他认为只有募洋将为统带。张说：“练兵之道无权不行，若仍以华官为管带，发饷仍归营官，则缺额摊扣之弊如故，成见自是之习如故，事事掣洋人之时，教练必无实际，故用洋人为教习而不使之管带无益也。”当然，他也不是无限制的政权，而是小心翼翼地对洋将权限作了规定，如“带兵操练之权悉以委之洋将弁，而约束惩责之权则专归华官”。张氏认为，“洋将上则统属于该省督抚、将帅，次则所立合同约定，会商该省营务司道，下则弁勇皆系华人，一军之中洋弁不过数十人，断不至有尾大不掉之虞。”当时张之洞聘洋将为统带、管带的做法应该承认有进步作用，这同60年代初用常胜军、常捷军专门来对付太平军不能混为一谈。张之洞的这一目的虽是为了维持清王朝统治，改变中国军队落后的状况，但在当时的形势下，他看到“今外洋各国，无一国不汲汲于兵事，日夜讲求淬厉，以相角相伺，我若狃于和局，从此罢兵节饷，而不复为振作之计，是中国永无战胜之日矣。”因此他创练新军很大程度上是为了御外侮。但是单靠列强来改变中国军队落后的状况是行不通的，帝国主义者决不会真心帮助中国军队实现近代化，而只是出于维持中国半殖民地局面的需要。特别是一旦他们掌握了清统治的支柱——军队的领导权，必然又会触犯清统治的利益。以后的事实也说明了这一点。
作为自强军的接办者刘坤一，他对聘洋将有着不同的看法。早在张之洞创建自强军之初，刘氏就借荫昌之口讲出：“练陆军必须循序渐进，不可涉于张皇”；“若遽多雇土等洋人铺排门面，则初学未能领略，徒为虚费薪资。”等语。暗示了他和张之洞聘洋将急练陆军万人主张的分歧。果然，刘坤一回任两江不久，和洋将就产生了矛盾，刘坤一试图改动来春石泰拟定的自强军营规，遭到来春石泰的反对。“从此意见各深，遇事益难商办”。最后刘坤一只能收回营务处的事权，其余稍为迁就洋将。刘坤一为收回营务处事权，专门制定了洋将弁的训条和规条。在他札发的训条中，将洋统带的权力限于督饬操练、管辖洋将弁。而洋将弃的权力也限于带领教习，及监督伙食、发饷等事。训条明文规定洋管带应听营务处总办节制，一改张之洞拟定洋将会商该省营务处司道的规定。营务处除不能直接管辖洋统带外，其他任何洋将弁都有权节制。通过训条，将营务处权力增大，洋将弁的权力缩小。同时，训条还规定洋将弁对操练以外各事：如华将弁与兵士请假、操衣颜色、靴帽式样、兵士处罚等事均不必与闻。为预防洋将弁控制军队，训条中特别规定，华将弁与兵士不能相离。洋将不得以操练华将弁为由，将华将弁与兵士分离。最后训条还重申，此训条与合同无异，违者即以违反合同论，当行辞退。在刘坤一酌定的规条中，制定了对洋将弁的赏罚条例，通过训条、规条，刘氏将洋统带权力削弱了。表面上洋统带仍为全军统领，事实上营务处从各方面进行钳制，营务处成为实际上的权力中心。
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