澎湖战后，郑芝龙也开始在台湾居住，这完全可能是由李旦派到颜思齐这里，一是帮助工作，毕竟他与荷兰人之间没有语言障碍；二也是加强监督，防止颜思齐尾大不掉。此时，李旦集团形成了三个分支，日本大本营是李旦本人，台湾则是颜思齐，而在福建，则是许心素。
许心素是李旦的把兄弟，常年在大陆帮助李旦组织货源等。澎湖之战时，明政府为了获得李旦比较可靠的支持，实际上已经将许心素扣押为人质。李旦成功地说服荷兰人撤离澎湖后，许心素与荷兰人的关系也变得十分密切，成为荷兰人派驻大陆的贸易代表。在他的协助下，台湾的荷兰人能够从中国方面获得不少丝织品以及其他货物，每年通过许心素购买生丝的白银，就多达3-4万两银。
1625年李旦去世后，其在日本的经营由其子李国助、欧华宇等人经营，但不久，颜思齐在台湾去世，集团内部的平衡失控了。首先是在台湾的众人发生了权力争夺，郑芝龙以绝对优势成了颜思齐的接班人，但他与许心素的矛盾随即加深。
李旦去世后，原先受他控制的小股海盗们，纷纷获得了自由，海上航行安全重新失控。连许心素都要敦请荷兰人帮助他肃清海盗，但成效甚微，许心素不得不向海盗们缴纳“买渡费”。而同时，虽然明政府在要求荷兰人撤离澎湖时，同意他们与福建的贸易，但是，并没有取消海禁令，从法律上讲，与荷兰人的任何贸易，依然是走私行为。荷兰的商船，根本无法进入港口，而只能在港外进行私下的交易，这令荷兰人处于非常不利的地位。而帮助荷兰人走私的许心素，也麻烦不断，经常要受到官方的各种敲诈和罚款。
无奈之下，许心素决定打入公务员队伍，弄顶红帽子给自己做掩护，同时，以官方的名义对海盗们进行招安。他花费了2万两疏通了总兵俞咨皋，俞总兵出面安排，终于在1626年为许心素争取到了水师把总的职位，负责招安和管理海盗们。
招安之后，许心素成了台湾海峡上唯一的“官商”，而且得到明政府和荷兰人的双重认可，他几乎垄断了荷兰东印度公司与中国的全部生意。这也引起了荷兰人的不满。许心素运到台湾的生丝，要价高达143两每担。荷兰人试图私下到漳州城内收购，但毫无成效。荷兰人又开出150两每担的高价，试图吸引其他走私客，也无人响应。许心素横跨黑白两道，成了海上一霸。
郑芝龙接替了颜思齐的位置后，开始大举拓展。1626年农历三月，福建在遭受了上一年的旱灾之后，又遭到暴雨洪灾，“乡村草根树皮食尽。而揭竿为盗者，十室而五，不胜诘也”（《靖海纪略》）。郑芝龙“连舟浮海，自龙井登岸，袭漳浦镇，杀守将。进泊金门、厦门，竖旗招兵，饥民及游手悉往投之，旬日间，众至数千”（《重纂福建通志》）。“所到地方，但令报水，而未尝杀人。有彻贫者，且以钱米与之”，郑芝龙这种“假仁假义”，在官方看来，完全有别于别的海盗，“其行事更为可虑耳”（《靖海纪略》）。
一个月后，许心素与福建总兵俞咨皋配合，招安郑芝龙手下的杨六（杨禄）、杨七（杨策）兄弟，这两兄弟刚拿了郑芝龙的经费，而且也知道郑芝龙想被一并招安，却在关键时刻出卖了郑芝龙，“招抚之时，则撇出芝龙”（《靖海纪略》），这导致次年郑芝龙兴兵问罪。后来杨六再度流窜于海上，崇祯二年（1629），为郑芝龙所杀。
至此，郑芝龙在与官军的作战中不断得胜，被他称为“膏粱纨绔，徒读父书”的俞咨皋果然无能，节节败退。1627年10月，双方在将军澳大战，官军大败，郑芝龙再度挺进中左所（厦门），厦门人“开门求不杀，遂入据之，芝龙约束麾下，竟不侵扰”（道光《厦门志·纪兵》）。
此战，郑芝龙不仅获得了厦门作为陆上基地，并且捕杀了许心素，因此奠定了其海洋霸主的地位。此后，他就在安平（今福建晋江安海镇，与荷兰人占领的台南安平同名，容易混淆）建立了大本营，将小小的安平建设成了东亚最为繁华和富庶的城市。
荷兰派驻台湾总督德韦特（Gerrit Fredericqs de Witt）在致东印度公司总部的报告中说：“中国海贼日益壮大，几乎足以控制整个中国海，将所有海岸的戎克船破坏烧毁殆尽，更在陆地大肆掠夺暴行。他们已壮大到拥有四百艘戎克船和六、七万之徒众。此头领称作一官（即郑芝龙），曾在大员商馆担任公司之通译，后不告而别，前去投靠海盗，转瞬间获得如此伟大的地步，连中国官方都不知该如何将海盗自海岸加以驱除……海贼一官（郑芝龙）长期与我等维持良好之关系，对我等相当有信用，谁知却有前述不意之后果。”
接受招安
除了内部的官吏腐败、朋党林立之外，大明政府还得面对外部的“三座大山”：北有努尔哈赤崛起，中有李自成、张献忠暴动，南有郑芝龙等侵扰，更有荷兰人等守在国门边上虎视眈眈。因此，崇祯皇帝决心招安郑芝龙。
正当郑芝龙在东海之上大展宏图之时，北京发生了巨大的变化。
1627年8月，天启皇帝病死，因没有子嗣，传位给其弟朱由检，这就是崇祯皇帝。崇祯皇帝一即位，就大力打击魏忠贤的“阉党”，励精图治，大振朝纲。
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