刘裕自率大军讨刘毅。出发前，他称诏以宗室司马休之为荆州刺史，使刘道怜为兖青二州刺史镇京口，使豫州刺史诸葛长民监太尉留府事。由于对诸葛长民不放心，刘裕又加心腹刘穆之为建武将军，“配给资力以防之（诸葛长民）”。
安帝义熙八年（412）冬十月，刘裕以王镇恶为前锋，授其轻船百艘。临行前，刘裕告诫王镇恶：“若贼可击，击之；不可击，烧其船舰，留屯水际以待战。”
王镇恶乃苻坚名臣王猛之孙，自是计谋多端。他首先派人烧掉刘毅在江津的大小船只，自率步卒全船上岸，直奔江陵城杀来。半路，有人问兵将何人，王镇恶均遣人说是刘兖州（刘毅）亲军。因此，一路之上没有任何惊扰和阻挡。
离城五六里远，刘毅亲信将领朱显之正好带兵要去江津，与王镇恶军打了个照面后，心起怀疑，问：“刘兖州何在？”
王镇恶军士回答：“在后面。”
朱显之心疑，径直策马向后军赶，却不见刘毅影踪。同时他发现这些兵士皆携带攻城器械，鬼鬼祟祟。远望江上，江津船队燃烧的大火正烧红半边天。大叫一声“不好”，朱显之掉转马头奔回城里向刘毅报告，并下令关闭各个城门。
王镇恶和他手下兵士跑得也不慢，几乎是和朱显之同时疾驰入城，因此江陵诸城门未及落闸，王镇恶军已经冲入。几番恶战，刘毅退入牙城，仍与司马毛修之等督士卒力战。刘裕送与刘毅的诏敕及赦文，刘毅看都不看，均立时烧毁。
清除异己独擅权（2）
刘毅手下有不少建康士兵，而进攻的台军（都城卫戍军）与这些人中不少都是中表亲戚，“且斗且语”，双方一面格杀一面jiāo谈，才知此次刘裕本人真的是率军亲来，“人qíng骇散”，渐渐不支，傍晚时分，刘毅听事厅前的卫兵已散败而去，勇将赵索也阵亡。
刘毅的亲兵仍旧忠于职守，“犹闭东西阁拒战”。半夜，毛修之由于先前与刘裕有私jiāo，知事不济，自己带人逃走。刘毅自率几百兵士，也从北门突围，一路与王镇恶兵士勇斗，杀伤殆尽，至江陵城北二十多里的牛牧佛寺时，身边已无一个从人。
刘毅紧拍寺门，要入内躲藏。寺僧隔着门fèng表示拒绝，说：“从前我师傅收容了逃跑的桓蔚，被刘卫军（刘毅）下令杀掉，现在，我们实在不敢收留陌生人。”
七年之前，刘毅平灭桓氏，严刑峻法，至此，终于有了“报应”。
刘毅愣了半天，叹道：“为法自弊，一至于此！”眼见逃藏无地，刘毅在寺门边找了棵歪脖树，自缢而死。转天早晨，有人发现刘毅尸体。人死罪不免，刘毅尸身仍被抬入江陵市内，斩首示众，兄弟子侄皆伏诛。
刘裕至江陵后，宽租省调，节役原刑，礼辟名士，至使“荆人悦之”，又打又拉，体现了政治家一贯的伎俩，成效不错。
“处理”了刘毅，刘裕下一个“惦记”的目标人物就是督豫、扬等六州诸军事、留守建康的诸葛长民了。
诸葛长民是琅琊人，“有文武gān用，然不持行检，无乡曲之誉”。桓玄时，曾引用他为“参军平西军事”，不久就因贪污险些被罢免。刘裕等人伐桓玄，诸葛长民因为怨恨之故，踊跃相从，事成后被封为辅国将军。后来，诸葛长民又率众击败桓歆，其部下又击退慕容超于下邳，应该说是个具有相当军事谋略的小人。
刘裕伐刘毅，诸葛长民居中用事，骄纵贪侈，不恤政事，四处纳财收贿，家中美女珍宝无数，大营宅第，残nüè百姓。由于所行多不法，诸葛长民很怕刘裕日后会纠劾他的罪行，其弟辅国将军诸葛黎民也劝说：“刘毅宗族覆亡，我们诸葛家也要有准备啊。趁刘裕未还建康，应该先发制人才好。”
本xing贪财之人，拥易舍难，诸葛长民思来想去，犹豫不决，叹道：“贫贱常思富贵，富贵必履危机。今日yù为一布衣百姓，岂可得乎！”
私下里，诸葛长民修书给冀州刺史刘敬宣，表示要“共图富贵”。刘敬宣是名将刘牢之之子，一直做人小心谨慎，回书婉拒，并把诸葛长民写信给自己的事向刘裕汇报。刘裕闻之，更坚定了对诸葛长民的诛除之心。
为了试探周遭反应，诸葛长民趁上朝办公的时候，假装无意，问刘裕亲信刘穆之：“外边纷纷传言刘太尉和我有过节，是真的吗？”
刘穆之何其聪明，冷静答言：“太尉率军征行，把老母弱弟留在京城，托付给您，如果他对您有二心，能这样做吗”？
诸葛长民闻言，稍稍心安。即使如此，他仍是忧心忡忡，常对左右讲：“昔年醢彭越，前年杀韩信（喻指刘毅被杀），估计快轮到我了！”
刘裕确实也很害怕诸葛长民在建康先发制人，诸如挟持安帝、以自己家属当人质什么的，便制作各种假象拖延归期。同时，他又命军队、辎重日夜兼行，先返回建康候命。听说刘裕要旋师，诸葛长民等朝中百官好几天都从早至晚在城郊外的驿亭等候。刘裕怕中埋伏，迟迟不露面。深夜时分，刘裕得知属下大军已经布满建康城，于是连夜乘轻舟由水路急达建康，潜入东府。
转天早晨，忽然听说刘太尉已在府署办公，诸葛长民又惊又怕，赶忙亲自前往东府拜见。
刘裕见到诸葛长民，像没事人一样，笑谈如平日，命人大张宴席，两人在密室纵谈痛饮极欢。本来十二万分紧张，如今见刘裕如此友好地对待自己，诸葛长民终于把心放在肚子里，猛灌美酒，不停地搜索枯肠，找好听虚美的词语夸赞刘裕。数杯过后，诸葛长民站起来，刚刚要进新谀之语，早已埋伏好的刘裕卫士从背后一根绳子紧勒住这位爷的脖子。刘裕仍坐于原处，边饮酒，边笑看诸葛长民蹬腿摇手、舌突睛出的恐怖死状。
杀掉诸葛长民后，刘裕立刻派人gān掉了诸葛长民的几位兄弟，斩糙除根。大弟弟诸葛黎民“骁勇绝人，力斗而死”；小弟弟诸葛幼民逃于深山，仍被人告发擒斩。
从头收拾旧河山（1）
——刘裕北上灭后秦
公元405年（安帝义熙元年），益州将侯晖等人趁东晋内乱之际，拥当地大族谯纵为主，称成都王，割据一方。谯纵称王后，又向后秦姚兴称臣，联合桓玄堂兄桓谦，不停进袭东晋，给荆楚之地造成很大威胁。
刘裕在击灭刘毅之后，立刻就破格提拔大将朱龄石，发大军自外水取成都，又发疑兵佯攻内水，使谯纵分兵弱势。公元413年（安帝义熙九年）6月，晋军攻破成都，谯纵走投无路，自缢而死。至此巴蜀皆平，重归东晋所有。
大胜连连之际，刘裕做事更加无所顾忌。宗室司马休之在荆州上流之地，“颇得江汉人心”，其子谯王司马文思在都城建康又“xing凶bào，好通轻侠”，引起刘裕的忌心，派廷尉审验，杀掉司马文思的手下，并把司马文思执送给司马休之，意思是想让司马休之在江陵治所杀掉司马文思。毕竟是自己亲生骨ròu，司马休之只是上表要求废掉司马文思谯王的封号，向刘裕写亲笔信道歉而已。刘裕“不悦”，于公元415年初在建康杀掉司马休之次子司马文宝、侄子司马文祖，发兵进攻江陵。
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