首先是当时的舆论重镇《东方杂志》主编杜亚泉先后推出他自己化名伧父写的《迷乱之现代人心》、钱智修的《功利主义与学术》和日本的《中西文明之评判》译文。
杜的《迷》文，对新文化深表不满，而对“君道臣纲，名教纲常”赞叹不已，认为以儒家为主的吾国“固有文明”是举国上下衡量是非的标准和“国基”，是决不能移易的；攻击自西洋学说输入以来破坏吾国之“固有文明”和是非标准，造成国事之丧失，精神之破产，人心之迷乱。所以他恶毒攻击宣传新文化是输入“猩红热和梅毒”。为此，他提出要像我之战国秦始皇、今之欧洲德意志主义那样，对文化进行“统整”，“以强力压倒一切之主义主张”，以恢复“君道臣纲，名教纲常”的“国基”。[155]
《功利主义与学术》认为西洋文明对中国影响最大的影响是功利主义，于中国文明为害最大的也是功利主义。而功利主义最大罪状是崇欧美而败先贤。《中西文化评判》[156]主要引用德人台里乌司氏对中国当时大儒家辜鸿铭（即胡氏，时在德国）所著《春秋大义》的称赞，承认孔子伦理优越于西洋文明，德国的君主制优越于美国的民主制。
对于以上三文，陈独秀首先于1918年9月15日发表《质问〈东方杂志〉记者——〈东方杂志〉与复辟问题》，提出16个问题进行质疑。杜亚泉在这年12月作《答〈新青年〉记者质问》，进行辩解，却对多数质问不做回答。于是，1919年2月15日，陈独秀发表《再质问〈东方杂志〉记者》，予以严正批驳。
针对杜亚泉一面称颂儒家伦理，一面又不敢承认自己是帝制复辟派、不认辜鸿铭为同志的虚伪心理，陈独秀指出：“德国政体，君主政体也；孔子伦理，尊君之伦理也”；“辜鸿铭之所言，尊孔也，尊君也。张勋所言所行，亦尊君也：当然可作一联带关系。此数者，关于尊重君主政体之一点，乃其共性。”
关于功利主义，陈独秀指出：“民权自由立宪共和与功利主义，在形式上虽非一物，而二者在近世文明上同时产生，其相互关系之深，应为稍有欧洲文明史之常识者的同认也。”论证了杜亚泉是借反对功利主义反对民主共和、反对进化、反对中国走向现代化的实质。
对于杜亚泉呼吁以中国固有文明统整文化，陈独秀指出：“文化之为物，每以立异复杂分化而兴隆，以尚同单纯统整而衰退；徵之中外历史，莫不同然”；黜百家而独尊一说，以统一学术思想，是“为恶异好同之专制，其为学术思想自由发展之障碍”，其“为害于进化也，可于中土汉后独尊儒术、欧洲中世独扬宗教征之”。
此外，陈独秀揭批了杜亚泉用中国古代封建帝皇的“民本主义”篡改近代“民主主义”的无知妄说，指出民主与民本的差异，中国古代的政治原理绝没有民主主义。所谓民本思想，不过是君主实行“仁政”，给民些“恩赐惠施”，民则感恩戴德，叩谢“吾皇万岁”；而民主则是人权平等，人格独立，政治、信仰、思想、言论、结社等自由，载诸宪法，任何人都不得侵犯，国家主权属于全国人民，即主权在民，人民是主人，执政者是公仆。所以民主与民本有本质的区别，不能混淆。
陈独秀与杜亚泉的争论，在当时产生很大影响，进一步扩大了新文化运动的影响。
随杜亚泉之后，另一位著名的旧派人物翻译家林纾也跳出来，向新文化派发起疯狂攻击。林当时年垂七十，博学多才，通几国外语，应该是最受西方文化影响的人，早年曾有爱国思想，思想最保守，以“遗民”“清室举人”自居，一直留着辫子，并在致蔡元培信中公开声称“今笃老尚抱残守缺，至死不易其操”。思想如此保守，而且私德也很坏。他发表两篇小说《荆生》和《妖梦》，[157]竭力诋毁新文化运动，影射攻击陈独秀为首的一班人。《荆生》中，说有田必美（影射陈独秀，在古代田氏是陈氏的分支，“秀”与“美”意思相近）、狄莫（胡适，“胡”与“狄”都有蛮族和野人之意；以“莫”代“适”，据《论语气·里仁篇》：“无适也，无莫也，义之舆比。”）和金心异（钱玄同，“钱”与“金”同义，“同”与“异”反义）三人，新归自美洲，能哲学，发人所不敢发之议论，倡白话，废文字，诋毁孔子伦常，被伟丈夫荆生听见，把这班人痛加殴打。《妖梦》说了一个类似的故事，说某人梦见有个“白话学堂”，蔡元培任校长，陈独秀任教务长，胡适任副教务长，非圣非贤，后来被一个食过太阳和月亮的怪物拿去吃了。“荆生”和那个怪物，暗指当时崇拜林纾的皖系实力派人物徐树铮将军。这两篇小说，言语污秽，暴露了他们要求军阀武力镇压新文化运动的险恶用心。1919年3月18日，林纾还在徐树铮主持的《公言报》上发表《致蔡元培书》，对新文学和主张新文化运动人士发起攻击，指责北大“复孔孟，铲伦常”，“尽废古书，行用土语为文字”。
蔡元培当即写了一封长信给予还击，指出北大教员不曾以“复孔孟”教授学生；教员所反对的只是那些依托孔子以反对革新之不合时宜的言论，并非以孔子为敌；北大课卷仍皆用文言，但讲解古书必赖白话。白话并不逊于文言，而且提倡白话的教员，皆博学而长于文言。蔡元培的信，在当时困难的条件下，勇敢地捍卫了新文化运动，信的最后，宣布了他在北大办学的两大著名主张：一为“思想自由，兼容并包”；一为“教员以学诣为主”，“校外之言论，悉听自由，本校从不过问”。
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