他的计划是，除了继续文字学著作外，在两三年内准备研究撰写以下论著：《古代的中国》《现代中国》《道家概论》《孔子与儒家》《耶稣与基督教》《我的回忆录》。从这个计划就可看到，陈独秀的确是博学多才，又通晓多种外国语；对历史、哲学、文学、教育、文字学等，都能做精深研究，并有独到的见解。但他从不恃才傲物，故步自封。他懂得天才在于勤奋、学无止境的道理。所以，他紧紧围绕自己所研究的课题，有计划地博览群书。根据当时他向胡适、汪原放索要书的信，他在狱中所读的书有以下几类。
政治理论：《列宁的组织论》《伦理与唯物史观》《马克思主义方法论》。这三本都是日文版的。英文版的有亚当·斯密的《原富》、李嘉图的《经济与赋税之原理》。此外还有马克思、恩格斯的著作，如《反杜林论》《经济学批判》《价值、价格及利润》，还有《卢森堡致考茨基书信》，托洛茨基的《中国革命问题》及何礼著的几本主张共和国政治的小册子。
这个书单说明中国革命者的一个特殊现象：革命失败以后再学习和反思马克思主义理论。由于中国的共产主义革命者，只有少数人有短期的理论准备，而且由于版本的缺少，各种错误思想的干扰，他们对马克思主义理论的理解也并不准确。而建党后就投入了复杂紧张激烈的革命斗争实践。这与西欧各国党一般都经过几十年的理论准备（学习）和争论再参加到革命高潮中去是不一样的。再加上大革命中处处被莫斯科牵着走，陈独秀希望在马克思主义理论的源头上弄清十几年来革命失败的原因。
历史与传记：《古代社会》、《殷虚书契》、《东方游记》、《中亚细亚游记》、《廿四史》、《廿五史》以及《第一国际史》、《中国革命史》、《马克斯传》、《达尔文传》和托洛茨基自传《我的生平》等。
文字学：《殷虚书契》（它既是记载中国远古时代的历史书，又是研究中国文字最早起源的甲骨文的教科书）、《汉晋西陲木简汇编》、《说文》等中国历代重要的文字音韵学著作。他在这方面兴趣广泛，竟然还要日本出版的亚洲地区的一些小语种小丛书，如蒙古语、西藏语、缅甸语、暹罗语、朝鲜语、安南语、马来西亚语、土耳其语等。此外，为学习马恩原版书需要，他还要学德语，托人购买《英德字典》《德英字典》和《德语文法教程》。
当然，由于经济条件的限制，这些也并不是都买得起。如罗振玉的《殷墟书契》，他很需要，但每部要232元。他说：“如此之贵，当然不能买……只得设法托人借一部来看看。”有的如《汉晋西陲木简汇编》，书“太重，邮费太贵，不合算”，也只得放弃，或“托便人带来”。[39]可见陈独秀当时的穷困和意志的坚定。
从以上不完全的书单已经可以看到，陈独秀这次在狱中的确做了长期研究的准备。若能持之以恒，他必能成为中国近代著名的学问家。所以，胡适和陈的学生、后来成为著名学者的傅孟真、王森然都为他把过多的精力放在政治上而惋惜。1934年，王森然在狱中探望陈独秀，看到他在狱中刻苦读书，潜心著述时十分激动地评论说：“先生书无不读，又精通日文、法文。故其学，求无不精；其文理无不透；雄辩滔滔，长于言才。无论任何问题，研究之，均能深入；解决之，计划周详；苟能专门致力于理论及学术，当代名家，实无其匹。”
王森然更从陈的个性上加以论述：“其个性过强，凡事均以大无畏不顾一切之精神处理之。无论任何学说，必参己意以研究之，无迷信崇拜之意。故每当大会讨论之际，其意见迭出，精详过人，常使满座震惊奇绝，或拍掌称快，或呆目无言，诚为一代之骄子，当代之怪杰也。”
但是，陈独秀毕竟首先是一个政治家，救国救民时代的迫切性，使陈独秀没有成为王森然期望中的人物。于是，王又评述说：“惜仍以指挥行动之时多，精心研究学术之时少，虽有专一、有恒、自信之美德，致不能完成其哲学理论之中心，使先生终为政治不能成为革命理论家，可胜惜哉。”[40]
而监狱的生活迫使他安下心来，读书与思考，研究一些问题和学问，对于他的一生来说，倒也不全是坏事。“出了研究室就入监狱，出了监狱就入研究室”，这是他对人生的承诺。可以说他从不虚度光阴。
由于1937年全面抗战的爆发，陈独秀在狱中的研究工作实际只做了三年，他的庞大的研究工作没有按计划完成，即使如此，他也取得了丰硕的成果，现就其实际取得的学术成果简述如下。
对于孔子与儒学的研究，后来发表了《孔子与中国》一文。从内容看，可以看出岁月的积累，使他有了明显的成熟和进步。由于封建统治者利用儒教打压和摧残人性激起的新文化运动派“打倒孔家店”的激情，五四新文化运动时期出现了较片面地对待儒学，引起了学术界的另一种反弹。陈独秀这次冷静思索后，对孔子采取了比较全面的、历史的、客观的分析态度，认为人们不应当“绝对的或相当的崇拜孔子”，应当用“现代知识”“对孔子重新评定价值”。
那么，“孔子有没有价值？我敢肯定的说有”。“孔子的第一价值是非宗教迷信的态度。”陈独秀对孔子的这一价值评价相当高，说上古至东周、战国诸子百家，充斥“宗教神话之传说”，“孔子一概摈弃之”。接着以孔子的《论语》一书为证，进行了充分的论述，并对孔子之“言鬼神”和“天命”进行了正本清源的阐述，指出：“重人事而远鬼神，此孔墨之同也，孔子之言鬼神，义在以祭享”；“孔子之言天命，乃悬拟一道德上至高无上之鹄的，以制躬行，至于天地之始万物之母，则非所容心，此孔子之异于道家也。”但是，后来经过《中庸》、李斯、董仲舒、班固、许慎、贾逵、郑玄等四次篡改，孔子遂“与阴阳家正式联宗”，为迷信鬼神者大为利用了。
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