这样以往对外的“以夷制夷” 的策略为“师夷长技以制夷” 的策略取代。从1861年开始，在奕訢的主持下，中国在外交，财政，教育以及军事等领域发起了一场“洋务运动” 。主要内容是引進西方工业机械和科学技术，建立本土的军事、民用工业和发展近代交通、通讯设施，创建使用西方军事装备的军队等。
首先，清政府于1861年3月为办理“洋务”( 外交事务) 设立了 “总理各国事务衙门”( 简称总理衙门) ，由奕訢任总理大臣，但对外决策仍由慈禧最终裁定。它不仅掌管清政府与各国间的外交事务，而且处理包括对外贸易，海关税务，边疆防务，军备建设，建立新式学校，兴建铁路，矿山等方面的事情。总理衙门下设独立公所，包括英，法，俄，美和海防五股机构，分别处理相关事务。该衙门是中国两千年来第一个专门处理对外事务的中央机构，其设立的主要目地是处理与西方的关系，创办近代工业等。
鉴于通商口岸数量的大幅度增加，清政府还设置了南北通商大臣两职代替原先的五口通商大臣，它们后来分别专由两江总督和直隶总督兼任，通称南洋大臣和北洋大臣。
在海关税务方面，1858年底，清廷与英、法、美签订了新的通商章程，其中有邀请外人帮办税务和对各口划一办理的规定。借此，列强将不少外人安插進各口海关担任税务司和其他职务，掌握了中国海关的行政权，英人的权势尤盛。由于这些海关能够向清政府持续提供比以往大为增加的收入，其中的外籍管理人员得到了洋务派官员的信任。1859年，两江总督兼五口通商大臣何桂清委派英人李泰国担任总辖海关事务的“总税务司”。1861年，清廷正式授予李泰国对各口岸海关的总辖权。1863年，罗伯特?赫德接替李泰国担任总税务司。1865年，总税务司由上海移至北京办公，总税务司署也设立了。总税务司虽隶属总理衙门，权力也由清廷授予，实则不受中方辖制。
虽然清廷能从总税务司获得正常的海关收入，但中国海关主权的丧失却是不争的事实。赫德长期担任总税务司，对清廷颇具影响。朝廷大员们不仅在海关问题上对其十分信任，在其他问题尤其是涉外问题上也时常咨询。
其次，清政府决定派员出国考察。随着对外关系的开展，清廷向西洋派遣使节也日益显得必要，但它觉得缺乏合适的人选，对清使觐见外国君主时行何礼节也不无顾虑。“行跪拜礼则有碍尊严，不行跪拜礼又将予外使将来见清帝时拒行跪拜以借口。”
1866年，总税务司赫德要回国结婚，在向奕訢请假时，顺便建议清政府派人去西方考察。奕訢向慈禧奏请获得同意后，派斌椿等四人去西方考察。这是中国有史以来政府官员赴西欧考察的“东土西来第一人” 。
斌椿在欧洲游历了110多天，访问了英国，法国，丹麦，瑞典，芬兰，普鲁士等十几个国家。回到北京后，他记录下他所看到的西方近代的科技和文明，包括火车，轮船，电报，摄影，蒸汽机，显微镜等，以及他看到的欧洲博览会，芭蕾舞，大英博物馆，国家议院和法国的凡尔赛宫等。他的记录为当时的中国人打开了一扇了解西方世界的窗子，但他并非一名使节。
1867年，面对列强的又一次修约要求，清廷认为有必要派使出洋，但人选和礼仪等问题依然令其困扰。这时，美国公使蒲安臣(安森?伯林盖姆)正要卸任回国。他表示愿意代表中国出使海外。清廷遂任命蒲安臣为钦差大臣，又委派英人和法人各一以及两名总理衙门官员协助，组成了所谓的“蒲安臣使团”。该使团的任务是向列强说明：中国政府正在实行对各国友好的新政，在修约问题上有些困难需要它们的理解和包涵，将来会向各国派遣常驻使节以便沟通。该使团于1868年2月25日启程，先后到访欧美多国。在出访中，蒲安臣对清廷的考虑作了一些说明，但也借机为美国的利益服务。
1868年7月，他越权与美国国务卿西华德签订了中美续增条约，即“蒲安臣条约”，它后来为清廷所承认。该约规定，任由两国国民随时来往或常住入籍，这使美国更便于从中国获得急需的劳动力。它还规定，美国优待進入本国国立学校学习的中国人，美国人则可在中国的外人居住地建立学校，这反映了美国有意通过文化教育扩大在华影响。该约还承认中国在本国领土上拥有财产征用权，给予了中国在美国各港口派驻领事的权利，规定两国国民在对方国家均不得因宗教信仰遭到迫害。该使团于1870年8月回到中国，蒲安臣本人则中途逝于俄国。直到七十年代后期，清廷才实现对外派遣常驻使节。
第三，在教育领域，为了培养与洋人打交道的人才，总理衙门设有“同文馆”，聘用外国人教授外语。不久，又开设了天文，算学，化学，物理，国际法，外国史地，医学，生理学，政治经济学等课程。可以说，同文馆是中国第一所近代意义上的学堂。但它同以后学堂不同之处在于，它在重视西学的同时，还聘请了大学士讲授中国传统文化经典。因此它培养出的西学人才，中文功底还是相当深厚的。
此外，同治时期开办的新式学校还有江南制造局附设的机械学堂，福州船政局附设的，主要培养海军和造船人才的船政学堂。
除了开办学堂，清政府还于1872年首次公派了30名留学生留学美国。此后四年中，每年清政府都要派出30名留学生赴美。这些留美学生回国后，逐渐成为各个行业的知名人物。
第四，在洋务运动的前期，发展军事工业是重心所在。在军事上向西方学习，宗旨是“求强” ，“求富” 。曾国藩，李鸿章，左宗棠等相继在上海，南京和福州办起了安庆军械所、江南制造总局、金陵机器局、福州船政局和天津机器局等20多家军工产业，其中江南制造总局规模最大。这些工厂是中国现代工业尤其是重工业的前身，它们通常雇有外国的管理和技术人员，与外国企业和商人也多有来往，但衙门风气浓厚，效率低下。同时，为了加强海军，清政府还向英国和德国购买了军舰等。
上述近代军事工业的出现，引進了大量西方的技术，并培养了一批中国的近代科技人才。
第五，以“官督民办” 的方式发展民族经济比如造船业和纺织业等。
总体而言，在第二次鸦片战争后的十年中，清廷未与列强出现严重的对抗。这一期间的中外纠纷中，很多与传教活动有关。清廷在天津条约中同意外人在内地传教，后来法国人又迫使它承认传教士有权在内地买地置产，这为外国传教士的在华活动大开方便之门。由于基督教与中国社会的传统伦理有冲突之处，一些传教士和所谓的 “教民”也仗势欺人，多有不法行径，中国民众与基督教势力的冲突即所谓“教案”不断发生，最著名的是1870年的天津教案。对于这些事件，清政府的基本做法是惩办当事民众和官员，并向列强道歉赔偿。
在发起洋务运动的同时，清王朝也暂时解决了国内危机，先后平定了太平天国、捻军和苗民、回民起义。
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