在孙中山倡导护法以后，国会议员即陆续南下。7月25日，国会议员在广东开非常会议，商组军政府。8月11日，云南督军唐继尧通电拥护约法，声明：一、总统如不复职，须向国会辞职;二、恢复国会;三、国务员非得国会同意无效;四、惩办称兵抗命祸首。滇督唐继尧的响应，使护法的声势更加壮大。
31日，广州国会非常会议通过军政府组织大纲，共十三条，同时宣布实行。9月1日，选举孙中山先生为军政府海陆军大元帅，翌日，选举唐继尧、陆荣廷为元帅。10 日，孙中山先生在广州就大元帅职，宣言戡定内乱，恢复约法，奉迎元首(黎元洪)。中华民国军政府正式成立，与受军阀操纵、破坏民元临时约法的北京政府对抗。
根据“军政府组织大纲”的规定，中华民国为戡定叛乱、恢复临时约法，特组织中华民国军政府，选举海陆军大元帅一人、元帅二人，主持一切。大元帅对外代表中华民国，大元帅有事故不能视事时，由首次选出的元帅代行其职权。军政府下设外交、内政、财政、陆军、海军、交通六部，各部设总长一人，由国会非常会议分别选出，咨请大元帅特任之。
国会非常会议选举中山先生为军政府大元帅，其用意系在虚总统之位以待黎元洪南下。后军政府又改为总裁制，以政务总裁7人，组织政务会议，由各部长所组织的政务院辅助，行使军政府的行政权。
此时，南方势力比较强大的派系有李宗仁的桂系和唐继尧的滇系。
由于孙中山与唐继尧等派系在是否承认北京政府上存在分歧，孙中山在护法运动等诸多事情上受到掣肘。而桂系为了控制广东的势力范围，提出改组军政府。1918 年1月，西南护法各省联合会议在广州成立，以“拥护约法，保障国会，征讨祸首，戡定内乱，以巩固统一之根基，促进宪法之成立”为宗旨，并以为护法各省最高政务执行机关。联合会议虽以护法为名，实则用以对抗广州军政府。孙中山无奈之下，为了促進团结，亦表示赞同。于是，西南各省联合会遂与军政府形成对立的局面。
1920年10月，驻扎在福建漳州的陈炯明回到广东。部份政务总裁宣布取消自主。北京国民政府总统徐世昌下令接受，孙中山等通电否认，并决定在广东再次召开政务会议。因与其他军阀的分歧，孙中山辞去了大元帅之职，并离开广州前往上海。
孙中山离粤后，广州军政府受桂系军人和政学系政客控制。1920年7月，北方直皖战争爆发，直系获胜以后，对桂系军阀及政学系政客大加拉拢。8月中旬，陈炯明奉孙中山之命自福建漳州率领粤军回粤，讨伐军政府的桂系等。
在陈炯明回师广东之前，唐继尧致电孙中山等，称国会将移往重庆，而国会议员在滇亦议决国会及军政府移设重庆。20日，粤军入汕头，次日，孙中山等表示将赴重庆设立政府。同年10月下旬，粤中要地已全为粤军所占领。在桂系军阀退出广东时，所谓七总裁合议的军政府已经瓦解。23日，广州军政府政务总裁宣言引退。军政府政务总裁等见难再容于西南，遂公然投降北京政府，宣布取消广州军政府。而孙中山随即与唐绍仪、伍廷芳、唐继尧以军政府政务总裁名义，通告中外，宣言军政府依然存在，否认北京政府擅颁的南北统一之令。粤军继续西進，桂军大败。不久，孙中山返粤，恢复军政府，重开军政府政务会议。
虽然，军政府的恢复，其责任固在继续护法，但是，护法亦断不能解决根本问题。因为，护法仅在矫正北京政府的非法行为，对内仍承认北京政府为中央政府，对外亦不具有国际地位的效力;而前次倡导护法，尚有川、桂等省加入，范围较大，今则区域缩小，愈见护法已不适宜。甚且北京政府大总统徐世昌曾下令以旧国会选举法选举总统，则是公然承认其总统职位为非法选出，亦即不敢自命为正式政府。孙中山先生提出了建设正式政府的倡议。
1921年，国会在广州召开非常会议，会议议决取消军政府;同时，议决中华民国政府组织大纲;并依大纲第二条文，选举孙中山为“非常大总统”。不久，孙中山函劝北京政府徐世昌大总统即日引退。北京政府随即下令讨伐南方，并命桂省出兵扰粤。孙中山派陈炯明等讨伐桂系，取得胜利。
为了实现统一全国的理想，1922年，孙中山在广西筹备北伐。同时，为借助苏俄势力，孙中山决定采行联俄容共政策。5月，北伐军攻入江西。不久，陈炯明在直系的拉拢下叛变，围攻孙中山的府第。孙中山被迫离开广州，去了上海。而北伐也暂时中止。在广东的滇军，桂军和一部分粤军讨伐陈炯明。陈败走惠州。1924年，孙中山再次回到广州，以大元帅身份主持政务，广州大本营正式成立(陆海军大元帅大本营)。当时，陆海军大元帅大本营的地位不受各国重视，国际间都不承认广州政府是代表中国的政府，仅视同地方政府，透过领事与广州政府交涉。大元帅大本营的性质与普通政府不同，所以称为“革命政府”。后来，这个革命政府改组为国民政府。
1925年，孙中山应北方军阀冯玉祥等之请，决意北上，商讨国事。不料，当孙中山到达北京时，段祺瑞已在十日前入京就任临时执政。孙中山召开国民会议与废除不平等条约的主张，不被段祺瑞所接受，终因肝癌复发，于3月12日在北京逝世。次日，广州大元帅府会议裁大元帅职，解除胡汉民代帅职务，未有结果。
1922 年到1926年间军阀间共爆发了6次省际战争。战争给人民带来的是无尽的灾难。军阀混战对经济的负面影响是所有历史学家公认的，按Feaerwerke (1983,pp.28-127)所记载，军阀混战时期，不同军阀在其占领某地时期重复收税，并预收未来的税，操纵实物与货币的换算率，增加苛捐杂税、战时捐税，并進行强制粮食征购，使经济不堪重负。由于连年战乱，农业的商业化趋势被逆转，农业生产力和产量下降，城乡之间的贸易被中断。同时，铁路线和水利灌溉系统等公用设施被毁，吸食鸦片的恶习也开始死灰复燃。
但是军阀混战时期也是中国思想界最活跃的时期。根据经济学家杨小凯的研究：军阀混战也产生了类似欧洲政治不统一的效果，制度试验多样化增加，地方自治的观念和制度以及宪政的推动(例如制定宪法)都在这一时期有不少進步，也为以后的宪政发展提供了基础。
西来幽灵生根和苏俄扶植中共建党
晚清时期，为了挽救处于内忧外患中的国家，一批受西方思潮影响的新式人物开始探讨可行之策，这其中包括戊戌变法，以及孙中山领导的同盟会。辛亥革命成功后，西方的无政府主义思想和民主思潮得到了广泛的传播。但中华民国建立之初，即遭遇袁世凯复辟和陷入军阀混战。国家仍然处于风雨飘摇之中。这时，伴随着苏俄以暴力革命夺取政权，来自西方的所谓共产主义思想也進入了中国大地，由时任北大文科学长的陈独秀竭力倡导推行。
1919年爆发的为抗议巴黎和会达成的允许日本保留德国在山东省的权利的五四学生运动，使中国传统文化遭到進一步的否定，在客观上促进了一些年轻知识分子接受了披着美丽外衣的共产主义思想。1921年，最终在苏俄的扶植下，一个给中国人民带来无尽灾难的政党：中共建立了。
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