这个制度一直持续到明成祖永乐时期，未有太大的变化，但是在永乐以后，制度终于出现了漏洞。明朝中期自正德始，皇帝开始宠信太监，而且贪心日起，于是，利用太监直接管理皇庄的潜藏制度就出现了。太监专权后，兼并土地成为首要目标，明武宗正德年间，太监直接强占的土地竟多达五万多顷，而其他的皇亲国戚也效仿之，兼并土地蔚然成风，到后来，全国一半土地都在皇亲国戚手中，朱元璋苦心建立的“计丁授亩”制度被破坏殆尽。
这些现象到万历一代更为严重。不过，明朝比较幸运，在万历临朝之际，大学生张居正组阁成为总理大臣。张居正对土地问题非常敏感，也有清醒的认识。他上台后改革户籍制度，推行“一条鞭法”，对抑制土地兼并，增加国家税收，起到了很积极的作用。
张居正在黄册和鱼鳞册都失去效果的时候推行了更简化的“一条鞭法”。黄册与鱼鳞册早在宋元时代就有，到明朝，由太祖朱元璋亲自建立完善，这两册意义，不单代表册籍的本身，而且与赋役制度紧密联系，黄册更是一切赋役的根源。
黄册与黄册制度是明代比较通行的登记户口制度，有点像现在的户口本。黄册以户为单位，每十年更新一次。黄册主要是为了登记人口而用，但也规定人与土地之间的占有关系。比如黄册上的人与所占地都是对应的，比如某人有田百亩，那么黄册上就对应着有百亩，如果他卖去二十亩，那么就应当再造新册，写上：旧管百亩，今卖二十亩，新管八十亩。黄册与甲里制度相配合使用，《明史·杨思义附范敏传记》说：“十三年，试尚书……帝以徭役不均，命编造黄册，敏议百一十户为里，丁多者十人为里长，鸠一里之事，以供岁役，十年一周，余百户为甲，后仍其制不废。”如上所述，甲里制度的以一百一十户为为单位，形成一里，这是清查户口的手段，黄册则是编制，详细记录每户籍贯、丁口、姓名、年龄、田宅、资产。政府则掌握黄册登记的每户人丁和田宅资产。黄册与甲里制度出现以后，基本上掌握全国的户口和耕地，赋役征收管理制度更趋完善。
鱼鳞图册源自南宋时代的经界法，鱼鳞图册其实就是田地之图，它把田地分区分段，绘画区内的田形，丈尺田界，记录田地种类和肥瘦，买卖情况及田主姓名，再编列字号，订成一册。鱼鳞图册的得名是因为内里绘制的田亩，状似鱼鳞。明实录说：以图所绘，状若鱼鳞然，故号曰鱼鳞图册。与黄册相比，鱼鳞图册详细记载的田产的情况，比如田地的好坏、产权争执的依据，并随时登记变动情形，以此作为定赋役的标准。
黄册与鱼鳞册配合使用，严明的规定了土地的所有权，基本上解决了土地与占有者、赋税之间的关系，可有效控制兼并的，但是到了万历年间，因为土地兼并严重，黄册上的数字已经并不准确，这个制度被破坏了。对此，国学家钱穆分析的很清楚，他说：“如有一豪家置田万顷，他的田亩侵占别人的太多了，便会有人想法变乱黄册，把新收的挪为旧管的，来迁就此种兼并之恶风。又黄册规定每一百十户为一里，推择其中丁粮多者十户为长，余百百户分十甲，一甲分十户。岁役里长一人，甲首一人，董理此一里一甲之事。主要替政府主管催征，但兼并之风既盛，大户千亩也是一里长，小户三十亩也是一里长，则小户非倾家荡产不可。”（钱穆《中国政治得失》）
黄册被破坏，鱼鳞册同样不能真实的反映土地的情况，业主名字既然可以更改，则无法与真实的土地所有情况对应。两册破坏后，地主豪强兼并土地没有法理上的约束，兼并之风就愈加严重。于是万历年间张居正推行“一条鞭法”来解决这个问题。
“一条鞭法”也是个无奈之举，因为旧有的两册制度根本没法施行，国家税收和财政上的困难极大，而明朝冗官、冗兵太多，皇室用度极大，不想法“找钱”，政府无法运行，于是，“一条鞭法”实行一个简化的征税方式：计亩征银。其含义即将赋内（如田赋、杂税等）、役内（如按户征派——“里甲”、按丁征派——“均徭”、临时征派——“杂泛”等）各条款总编为一条，皆计亩征银。“一条鞭法”中的“鞭”字其实是“编”的意思。张居正的“一条鞭法”是在清查了全国土地的基础上制定的，实际的作用是按田亩的多少确定赋税，取消徭役制度，并以货币来取代实物交税。这个作法有三个好处，一是解决了人民的徭役的负担，改变了中国自古以来赋役结合的制度，二是抑制大地主阶层强占土地，以重税整治，三则用货币来取代实物，既搞活了市场流通，也使税收的账目清晰实用。
这个制度的产生对于明王朝极其重要。明朝能稳定土地问题多年，全赖于太祖朱元璋的“计丁授亩”，而在嘉靖一朝后，张居正对制度的改进，对解决明朝的财政困难贡献颇多，可惜的是，这个制度在他死后就破坏了。
一般来说，封建王朝的历朝历代总会有开国的英明之主建立先进的政策，但只要有一代昏君，这个政策就会崩溃到无可收拾的地步。明朝自正德皇帝这个昏君出现后，基本上就再没出过一个好皇帝，而万历的昏庸贪婪，还要甚于正德。他破坏了一条鞭法，在恢复原有的高额赋税基础上，还增加了矿税，于是土地问题愈演愈烈。土地被兼并的第一个恶果就是产生了很多无业的农民，因为被兼并的土地大都不在黄册，享受一切免税特权，而原有土地上的农民不但无地可种，还要缴税，土地越少，税收越高，无地的农民缴不起税，有地的农民负担更重。恶性循环形成后，就造成了明朝中后期内部最大的社会问题——流民现象。
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