这三大案的产生是历史遗留问题，根源在于神宗时期对皇位继承问题的暧昧不清和偏私情结，但真正卷进去的却是整个文官集团。在三大案中，文官集团绕着国本问题，后宫问题，皇权归属问题，与皇室中的各种势力进行针锋相对的斗争，争论激烈，斗争残酷，因东林党出力较大，成为党争中最大的派系。东林党人虽以清流自居，但在行事上仍然走党同伐异的路子，由此也为党争埋下了伏笔。这三大案之后，文官集团与后宫集团形成了明显对立的格局，朝政内部围绕国本问题历经数年，始终斗争激烈。
从明朝建朝起，朱元璋就唯恐臣子结党，后来杀功臣蓝玉、宰相胡惟庸都是借结党为由下的手，但他不曾料到，在他死后，党争依然是明朝政治最大的特色。到明朝晚期，营私结党已经成了一种官场潜规则，明朝的政治不是清明政治而是唯亲政治。党争的最直接后果，破坏了文臣内部正常运行的环境，甚至破坏了表面上的和谐。但这还不是最严重的，最严重的是，党争削弱了文官集团的核心控制能力，而让皇权真正的落入到了另外一种政治势力的控制下。文官集团与后宫集团的矛盾空前激化，给太监——这种后宫的特定的人群提供了一个更大的操纵一切变局的空间，因为真正亲近皇帝的人，不是铁骨铮铮的清流，而是他们。
后来魏忠贤当政后，三大案的翻案之风抬头，本来在这次国本之争中一直如同行尸走肉般的天启帝此时已经由少年变成青年，突然间也“醒悟”，借三大案打击自己讨厌的文官势力。党争之战，再次掀起高潮。
天启对曾经维护了他利益的文官集团突然翻脸也是有原因的，即出于对政治的无兴趣，更是出自于一个未经风雨的少年对复杂世事的本能的厌恶，及对党争之中乱哄哄的局面有意识的回避。天启信任魏忠贤，在某种程度是出于文官集团的深深厌烦。（这种厌恶与回避其实在崇祯身上也有，后面我们会提到。其实神宗也是如此，他后期如此的厌烦张居正，其实是厌烦整个文官集团，以至于最后竟然几十年不上朝。他们爷孙几人，尽管性格迥异，但在这一点竟然惊人地相似，这不能不体现出明朝政治中极为令人不安的隐患）在这种情况下，他转向后宫深处，做木匠活去了。天启不贪财，不好色，不恋权，比万历还要低调，但这对于一个最高政治决策者来说，绝非好事，由此，大权旁落于司礼太监魏忠贤之手。在这时，党争的阵营出现了变化，几乎完全呈二元对立的状态——即，亲魏势力与反魏势力。这两大阵营的斗争成为明朝政治与社会矛盾中最主要的内容，内部的腐烂愈加深重。这种腐烂也直接影响到了社会生活的各各层面，甚至影响到了边关。所有的军事将领都卷入了新一轮的争斗中，亲魏的将领步步高升，不亲魏的将领屡遭构陷，被构陷的人当中也包括当时最有能力的将领熊廷弼、孙承宗，后金势力乘虚而入，边关的溃败之势已经无可阻挡了。
崇祯上台后，除掉了大权在握的权奸，但是，这些历史留下的巨债，一个也没有因此卸掉。而这些债务形成了一个庞大的债务链，直接导致整个国家的运行出现了前所未有的困境。这些困境集中体现在以下的问题中：一是土地被大量兼并，财富过度集中，由此派生出流民问题，这是他爷爷神宗留下的，二是连年征战，军费耗尽，而因为多年党争，无人抓经济，财政匮败，由此派生的军队长年欠饷问题，这是他哥哥熹宗留下来的。于是战事越来越紧，辽东前线的敌人越来越难消灭。三是，天灾不断，人民流离失所，由此派生的是民力衰竭，资源匮尽问题。这是他上朝以后新出现的问题。
这三个问题一直困扰着崇祯。当然，作为一个最高领袖，他当然要积极想办法解决。但崇祯不久就出现了力不从心的感觉。这种感觉后来伴随了他一生，因为他发现，他唯一能倚仗的力量，就是明朝自建朝以来持续了多年的文官集团势力。而这种势力是他无力操纵的，它们会在某种程度上成为反噬他的洪水猛兽。
新一轮的文官倾轧
文官势力是洪水猛兽？这个说法，实在是令那些拥戴过崇祯的文官们委屈了。事实上，年轻的皇帝对这些人，一开始同样也抱有着美好的幻想。
魏忠贤伏首后，崇祯面临的第一项工作是拨乱反正。在人事上要做重大的变革，抑制魏忠贤的党羽，重新起用清流，这是稳定全国、平伏人心的最重要的一个举措，在这一点上，崇祯开始做的并不逊色，定阉党的“逆案”确实惩治了很多魏阉遗党，而随后被重用的洪承畴、杨嗣昌、徐光启、袁崇焕等人，也确实都是能干而又治世的能臣。
但是不久，崇祯就发现自己驾驭这些文官非常的力不从心了。
这位少年从最初的雄心万丈到后来的焦头烂额只用了不到三年的时间，而最直接、也是最开始的原因就在于他的在用人制度上。因为他发现自己和爷爷，父辈，兄长们一样，对于文官集团也产生了既倚仗又厌恶的情绪。一开始他急于求成，求才若渴，对有才能的人都愿意委以重任，但不久，他又唯恐臣子结党，撼动皇权，对与自己意见相左或比自己更高明的人，心存偏狭之念与防备之心。这种矛盾的情绪贯穿了他的一生，也害苦了为他卖命的臣子。
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