清流党人敏锐地抓住了这个机会。十月下旬，清流党的主将，当时担任詹事府右庶子的张佩纶连续上奏，要求罢免王文韶。除了弹劾王文韶早前名声恶劣，现在又牵涉云南报销丑闻外，张佩纶还指出，王文韶已经众望不孚，不适合继续留在军机处主持政务了。此外，张佩纶还在奏折中附带了一份材料，说明王文韶对云南报销案负有不可推卸的责任。
张佩纶提出了三个疑点。第一，案子几个月前就发生了，圣旨也要求查办了，为什么王文韶没有将承办报销的书吏看管传问，最后造成书吏潜逃，“人或曰文韶机警，何独于书吏则不机警？”第二，刑部查出云南报销的款项存在出入，“人或曰文韶精密，何独于报销则不精密”？第三，云南的崔尊彝、潘英章两个人送礼行贿的罪行，可以确定无疑了，为什么到现在还没有被革职，作为军机大臣的王文韶是有责任的。“人或曰文韶明白，何独于该两员处分则不明白？”综上所述，如果不罢免王文韶，案件无法深究。
最后，张佩纶也把此事和刚刚发生的某次地震挂钩，说：“王文韶刚刚被朝廷慰留，地气即不安靖。我不是说王文韶足以导致地震，但是两者肯定是有关系的。”张佩纶的弹劾是清流党人的第四波攻击，也是内容最扎实、时机掌握得最好的一次，取得了上佳的效果。
就在张佩纶上奏的同时，江苏巡抚的奏报到达了北京。江苏巡抚报告说，根据崔尊彝家丁称，崔一个多月前在江苏丹徒县病故。崔尊彝是云南报销案的关键人物，却在案件取得实质进展的时候突然死去，而且消息迟了一个月才报上来。当时就有人议论，崔尊彝是不是真的“病故”，很值得怀疑。慈禧也下令，要求安徽、江苏巡抚查明崔尊彝是否真的病故。人们很自然地把崔尊彝的死和云南报销案联系起来，同时又想是不是和王文韶有关呢？大家这样一多想，就增加了张佩纶奏折的效力。
另外一个事情也增加了张佩纶奏折的威力。刑部尚书麟书等人，审讯天顺祥掌柜王敬臣和周瑞清的家丁谭升得知，崔尊彝、潘英章来到北京后，多次和周瑞清碰头商讨。周瑞清也曾派人拿着云南的银票到天顺祥汇兑银两。至此，周瑞清涉案完全可以确定，不用等另外一个云南官员潘英章到京对质，现在就可以查办周瑞清了。于是，圣旨下令，将周瑞清革职，归案审讯。
云南报销案发展到这一步，肯定不可能大事化小小事化了了。在前台的当事人纷纷落马，种种疑问都指向后台的王文韶。王文韶如果再不主动辞职，只会引发更多的怀疑，招致更多的弹劾。到时候，王文韶能否全身而退，就很难说了。所以，王文韶第三次请求辞职。十一月初五，朝廷下旨，批准王文韶辞官养亲。王文韶辞职后，收拾行李，很快离开了北京。但是他并没有返回杭州老家，而是带着老母亲，逗留在天津，等待此案的进一步发展。
王文韶辞职后军机处出现了空缺。当年八九月份，恭亲王奕一直生病，无法理政，加上王文韶和景廉又牵涉云南报销案，慈禧太后有事只能找李鸿藻、宝商量。慈禧太后补充了两位军机大臣：工部尚书翁同和刑部尚书潘祖荫。翁同、潘祖荫都是南方人，军机处走了一个南党的王文韶，却多了两个南方人，表面上看南派力量增长了，但实际上，李鸿藻在军机处资历老，又能干，深得慈禧倚重，翁同和潘祖荫完全无法与他对抗。再加上一个多月后，潘祖荫因为父亲病故，回乡丁忧守孝，李鸿藻的力量在军机处占绝对优势，清流党势力迅速发展。张佩纶在光绪八年年末，署理左副都御使，第二年被提拔为侍讲学士；张之洞则早在一年前外放山西巡抚。北党势力，经过扳倒王文韶的这场硬仗后如日中天。
此后，清流党人再也没有对相关人员进行弹劾，或对案件的审理有所进谏。这也可以进一步证明，清流党人只是把此案当作南北党争的工具，主要目的就是扳倒王文韶，而不是真的关心云南军费问题或者要惩治书吏腐败。
云南报销案在王文韶罢官后，进入了一个新的阶段，就是根据案情，实事求是审理阶段。
十一月初，周瑞清革职后接受刑部审讯，供出了孙家穆。孙家穆接受了刑部的传讯，他供称，当年二月份，同司的主事龙继栋提到云南报销的册子要到，有人托龙继栋帮忙从中照料，龙请求孙帮忙，在办理此案时给予方便。孙家穆承认自己从中收取了贿赂，至于收取了多少，都分给了哪些人，怎样分配的，孙家穆却推说自己不知道。龙继栋很快也被传到刑部接受调查，他坚决不承认自己受贿枉法。孙家穆、龙继栋都被革职，接受进一步的质询。光绪九年（1883年）二月，潘英章被押解到京，他对挪用公款、打点关节的事情供认不讳。但是在具体的金额问题上，潘英章闪烁其词，把责任推给了已死的崔尊彝。当时，审讯的重点已经转移到了这笔行贿用的银两，到底是从哪来的？潘英章只承认其中的五万多两是云南的官银，其余的都是筹措的私人款项。
在光绪九年前后的审讯过程中，有两件事情不得不说。第一是，监察御史李郁华被审查出涉嫌受贿。这是云南报销案中一个有趣的小插曲。
李郁华曾经担任过云南乡试主考官，可能由此和潘英章熟悉。潘英章此次来京，李郁华在云南的亲戚拜托潘英章帮忙带东西给李郁华。由此，潘英章到北京后，和李郁华往来密切。李郁华感觉到潘英章此行除了办理知府上任手续外，另一个重要任务是办理云南军费报销事宜。他非常好奇，先后向银号掌柜王敬臣、周瑞清、龙继栋、孙家穆等人打听消息。这几个人都推说不清楚，但都把信息反馈给了潘英章，说李郁华这个人问东问西的，会不会出问题？潘英章感觉，李郁华已经知道了此案的幕后情况，同时忌惮他监察御史的身份，不得不输送给他部分利益。潘英章把云南方面在北京采购物资的事情，委托李郁华帮忙负责，让他能够落下一部分好处。同时，潘英章额外给了李郁华四百两银子。李郁华是否一开始就想参与云南报销事件的分红，我们不得而知，但是他的所作所为，的确是收受贿赂。他很有可能根本就不知道云南报销案的幕后情况，但他收的这些好处，却带有“封口费”的意思。最终，李郁华也锒铛入狱。
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