蔡元培主张白话文，但不认为一定要绝对排斥文言文；他主张新文学，但相信旧文学也有自己不容否定的价值：“旧文学，注重于音调之配置，字句之排比，则如音乐，如舞蹈，如图案，如中国之绘画，亦不得谓之非美术也。”也惟其如此，他既热心为沈尹默的新体诗集作序，同时也不赞成“青年抱了新体诗的迷信，把古诗一笔抹杀”，故同样乐于为浦瑞堂的《白话唐人七绝百首》作序。
1920年初，蔡元培在《新青年》上发表著名的短文《洪水与猛兽》。他将新思潮形象地比作洪水，将军阀比作猛兽，以为中国现状可算是洪水与猛兽斗，“要是有人能把猛兽驯服了，来帮同疏导洪水，那中国就立刻太平了”。胡适在发表此文的“附记”中强调，这是“很重要的文字，很可以代表许多人要说而不能说的意思”。罗家伦则称之为“光芒万丈的短文”。
蔡元培倡导科学，但他反对陈独秀诸人的唯科学主义无视人类情感的重要性。他说：“知识与感情不好偏枯，就是科学与美术，不可偏废。”
蔡元培认为，战后的欧洲思想界反省自身文化的弱点，许多学者转而向东方文化寻求帮助，是客观的事实。“东西文化交通的机会已经到了。我们只要大家肯尽力就好”。他指示北大国学研究所：“我们一方面注意西方文明的输入，一方面也应该注意将我们固有文明输出”，对此必须“格外留心”。蔡元培说：“鄙人对于中国之将来，全抱乐观”。假以时日，“中国文化，必可以与欧洲文化齐等，同样的有贡献于世界。”
蔡元培曾毫不讳言地表示：“我对于学生运动，素有一种成见，以为学生在学校里面，应以求学为最大目的，不应有何等的政治组织。其有年在二十岁以上，对于政治有特殊兴趣者，可以个人资格参加政治团体，不必牵涉学校。”
1919年7月23日，蔡元培在《告北大学生暨全国学生书》中一方面肯定学生在五四运动中的爱国热情，但同时告诫学生不要因政治问题牺牲学业，呼吁同学们回到教育救国的道路上来，指出：“吾国人口号四万万，当此教育无能、科学无能时代，得受普通教育者，百分之几，得受纯粹科学教育者，万分之几。诸君以环境之适宜，而有受教育之机会，且有受纯粹科学之机会，所以树吾国新文化之基础，而参加于世界学术之林者，皆将有赖于诸君。诸君之责任，何等重大，今乃为参加大多数国民政治运动之故，而绝对牺牲之乎？”
蔡元培亦反对教师罢课。1922年4月9日，在国立八校教职员会议上蔡元培力阻教员罢教的提议。胡适在4月11日的日记中这样记载当时的情况：“前天（九日）联席会议主张延长春假，——实则罢课之别名，——蔡先生亲自出席，为很激烈的演说，坚执不肯延长，并说：如果教职员坚执此议，他便要辞职，但此次辞职，不是对政府，是对教职员。联席会议的人虽然很不满意，——因为蔡先生还说了许多很爽直的话——但不能抵抗。于是昨日五校一律开课，而联席会议的各代表一齐辞职。”
解放后，钱端升即发表文章说：“北京大学的自由散漫，蔡元培先生是要负一部分责任。”
【忧国】
蔡元培甲午前后为翰林学士，居京中，一直沿着旧学道路前进。甲午中日之战，为其转变的一大契机。《马关条约》签字，他写下了“可为痛哭流涕长太息者也”这样刻骨铭心之句，此后，探索救国之道，始言西学。
“九·一八”事变后，日本侵华的步伐逐渐加快，国民党内主战主和派争吵不休。汪精卫是主和派的代表，为改变汪精卫的亲日立场，1934年蔡元培在南京的一次宴会上激动地说：关于中日的事情，我们应该坚定，应该以大无畏的精神抵抗。只要我们抵抗，我们的后辈也抵抗，中国一定有出路。蔡元培说着说着，禁不住老泪纵横，泪水流到了西餐的汤盘里，他低头连汤带泪吞咽下去。在座的人无不为之动容，汪精卫也十分尴尬。
【政见】
蔡元培在1903年创办了《俄事警闻》，1904年创办了《警钟日报》（由在提篮桥监狱里的邹容撰写报头）。两报头版都有时评一则，畅谈国事，多出自蔡的手笔。1904年慈禧生日，蔡写了时评《万寿无疆》，含意“每逢万寿，必定丧失土地”。
蔡元培年青时锋芒很露。他在绍兴中西学堂当校长时，有一天晚上参加一个宴会，酒过三巡之后，他推杯而起，高声批评康有为梁启超维新运动的不彻底，因为他们主张保存满清皇室来领导维新。说到激烈时，他高举右臂大喊道：“我蔡元培可不这样。除非你推翻满清，任何改革都不可能！”
蔡元培早年在革命上很激烈。他办了两所学校，一所是爱国男校，一所是爱国女校，他想让男生搞暴动，女生搞暗杀（因为女生不引人注意）。蔡元培主持爱国女学校时，教科书常渗革命内容，如历史授法国革命史、俄国虚无党（无政府主义者）故事，理化则注重炸弹制造等。在蔡元培办公室，就陈列着土炸弹。
蔡元培先生曾经是暗杀团的骨干成员。早在《辛丑条约》签订后蔡元培就萌生了反清志向。鉴于孙中山领导的起义一次又一次遭到失败，蔡元培决心改变反清的斗争手段。1904年春，由他发起在东京留日学生中成立了秘密暗杀团，图谋从暗杀入手，推进反清革命。
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