因为吐蕃在元朝直属宣政院管辖，性质类似中书省直接管辖的今山东、山西、河北等地区，所以不设立行省机构。其他行省之下都有称作“路”的行政机构，管若干路的宣慰使司划区多称为“道”。吐蕃基本上没有路的行政建制。但其中两个宣慰使司都元帅府名义上也被看做是属于路的建置，分别叫“吐蕃等路宣慰使司都元帅府”、“乌思藏纳里速古鲁等三路宣慰使司都元帅府”。还有一个则名为“吐蕃等处宣慰使司都元帅府”，与上述第一个机构的全名只有一字之差。它们是统治“吐蕃三区”（或“吐蕃三道”）的最高地方机构。
在以上三个宣慰使司都元帅府中间，吐蕃等处宣慰使司都元帅府大约成立于至元初年（1264）。乌思藏纳里速古鲁孙宣慰使司都元帅府的前身“乌思藏路军民万户府”成立于至元四年或五年（1267或1268），约在1280年代乃有定名。吐蕃等路宣慰使司都元帅府成立最晚。至元二十年前后，它的名称是吐蕃招讨司，以后改为安抚司，成宗期间改为宣抚司，很可能直到元英宗或泰定帝时才最后定名。
吐蕃三道的划分，完全是在藏地传统的政治—地理结构的基础上形成的。藏人称青海为“朵（mDo），以今青海东部为“朵思麻”（mDo-smad），意思是“下朵”。吐蕃等处宣慰使司都元帅府辖地主要为朵思麻（西宁州除外）以及今甘肃西周部分地区，所以它简称朵思麻宣慰司。其治所在河州（今甘肃临夏）。下辖朵思麻路、河州路、洮州元帅府（在今甘肃临洮）、积石州元帅府（在今青海循化）、贵德州（在今青海）、礼店文州元帅府（治礼店，在今甘肃礼县）、松潘迭宕威茂州宣抚司（在今甘南川北）等地面。
吐蕃等路宣慰使司都元帅府的辖境，主要是朵甘思（mDo-khams）之地，即今川西理塘、甘孜等地区，所以简称朵甘思宣慰司。khams今译“康”，就是“西康”、“甘孜”等地名的来源。其下辖机构有朵甘思都元帅府，碉门（在今四川天全）、鱼通（在今四川康定）等处安抚使司，朵甘思、哈答（在今四川泰宁）、李唐（今四川理塘）、鱼通等处钱粮总管府：还有刺马儿刚招讨司，奔不招讨司，奔不儿亦思刚，亦思马儿甘万户府等。“刚”、“甘”都是藏语sgang音译，意即山岗。吐蕃古史有“朵甘思六岗”，剌马儿刚等地或即六岗地面之所在。
乌思藏纳里速古鲁孙宣慰使司都元帅府，所辖为吐蕃本部的前、后藏和阿里地区，简称乌思藏宣慰司。乌思即藏语dBus的音译，指前藏；藏即gTsang的音译，指后藏；纳里速古鲁孙藏文作mNgah-risskor-gsum，意即“阿里三围”，大概是一个很古老的地名，原指朗达玛系三王子在今西藏西部阿里地区建立的三个小王国。当时前藏的首府是拉萨，后藏的首府则是萨斯迦。
吐蕃本部的僧俗居民，约在1260年末完成括户之后被编为十三个万户。以后地方上的户口迭有变动，万户的设置也必然有增减调整。但“十三万户”却成了表示藏地居民的固定名词。汉文和藏文文献提到的乌思藏万户的数目要多于十三个，它们中间有：“沙鲁田地里管民万户”，在今日喀则南的霞炉地方；“出密万户”，在今日喀则西南曲弥；“加麻瓦万户”和“札由瓦万户”，分别在今墨竹工卡西南的甲马和隆子东南的加玉；“拉兑洛万户”和“拉兑绛万户”，分别在“拉兑”（LJa-stod，即后藏西部）的南（lho）、北（byang）地区，即今定日、昂仁；“羊出万户”，在前后藏之间今羊卓雍湖一带。
又有“搽里八田地里管民万户”，即设立在搽里八派控制地区的万户；“迷儿军万户府”，即元代几次武装反抗朝廷的必里公教派所在地区万户；“思答笼剌万户”，“伯木古鲁万户”，“牙里不藏思八万户”，“绛出万户”（在今日喀则东北香曲河流域），则分别是置于思答笼派、伯木古鲁派、牙不藏派、香巴噶举派势力范围内的万户；“乌思藏田地里管民万户”，可能是由萨斯迦法王直属地区内的僧俗人口组成的。
此外还有一些万户情况不详，如“嗸笼答刺万户”。
上述这些万户大体可以归为两大类。一类是设置在各教派势力所在地区的万户组织，万户长的职位往往控制在各教派法王所从出的那些家族手里。另一类万户中不存在一个占绝对优势的政教合一的权力，因此在性质上也更接近于地域性的行政组织。
现在可以知道的万户，几乎全都分布在乌思、藏即前、后藏地区，“纳里三围”即阿里地区与乌思藏同时被元政府括户，似乎也应当有万户或者千户的建制。详细情况还有待进一步的研究。
十三万户所统辖的藏地民户，分为两大类。一类是寺属民户，另一类是一般民户，藏语分别称为拉德（lha-sde）和米德（mi-sde）。据藏文史籍，元代在藏地设置万户时，以六千户为拉德，四千户为米德。这就是说，当时人口的十分之六隶属于寺院，向其所属寺院负担封建义务；总人口的十分之四是一般民户，要承当政府摊派的各种赋役。拉德和米德中的绝大多数直接生产者，都是寺院或者世俗领主的世袭农奴。前后藏所设万户的一般民户总数在34000户左右，按它占总户数4／10的比例推算，则元代乌思藏地区的民户总数，至少应当在八九万之间。
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