浙大避开战火，生活安定下来。竺可桢处心积虑地想方设法办好浙大。 在黔北的六年半，浙大在极其艰苦的条件下有了较大发展。在扩大规模的同 时，浙大在教学质量和科学研究上也取得了很大进步。
浙大的发展得益于竺可桢的教育思想和工作作风。在教育思想方面，他 一再说明：“大学教育的目的，决不仅仅是造就多少专家如工程师、医生之 类”，而主要是培养“公忠坚毅、能担当大任、主持风云、转移国运的领导 人才”。而这种“领导人才”必须具备以下四个条件：一、肯牺牲自己，努 力为国，以天下为己任的精神；二、清醒的富有理智的头脑和深思远虑、不 肯盲从的习惯；三、明辨是非而不徇利害的气概；四、健全的体格。竺可桢 反对读死书，鼓励学生们关心国事、关心民众疾苦和公益事业。竺可桢还强 调坚持求是精神，把它作为培养学生的重要内容。为了使浙大具备一个强大 的教授阵营，竺可桢费尽心血，多方努力延聘了一大批有真才实学的一流教 授。在治校管理方面，竺可桢采取民主办学的工作作风。当时身为一校之长 的他完全可以大权独揽，但他认为专制不是好办法，因此成立了校务委员会， 由教务、总务、训导三长，永兴部主任、各院院长和由选举产生的其他一些 教授组成，共定学校方针大计。竺可桢为了浙大可谓呕心沥血。正是这种求 是学风和民主精神的发扬，为浙大赢得了“东方剑桥”和“民主保垒”的美 誉。
浙大一切就绪。1940年2月底竺可桢前往重庆，主要目的是为浙大筹措 经费，还有许多其它公务活动，并于3月在重庆与陈汲结为秦晋之好，4月 底，夫妻双双同返遵义。同年12月14日生一女，取松为名。
1942年1月16日，浙大学生举行倒孔游行。“倒孔”针对当时行政院 长孔祥熙在国难当头的抗战时期营私舞弊、大发国难之财而起。而直接的导 火索则是孔夫人在香港沦陷前用专机运送宠物，而许多著名进步人士则因缺 乏交通工具而不能脱险引起义愤。消息一经传出，舆论哗然，西南大学学生 首先掀起倒孔游行。浙大学生情绪激愤，组织游行示威。作为校长，竺可桢 怕学生与军警发生流血冲突，百般劝阻不要上街游行。实在不能阻止，竺可 桢就加入学生的队伍并走在队伍前面，以保护游行学生的安全。
“倒孔”游行在竺可桢的努力下没有发生冲突，但是一些政客妄图利用 这一事件向蒋介石邀功，蒋介石得知浙大举行“倒孔”游行后勃然大怒，说 要严办。竺可桢千方百计保护学生逃离当局的迫害。当局不甘罢休，又制造 一系列迫害学生的事件，借口搜出反动标语捕去潘家苏和膝维藻两人。竺可 桢领导全校师生展开营救潘、滕的活动。查找证据证实叶道明指控学生私藏 反动标语完全是栽脏。竺可桢还前往拘留潘、膝的德园探望二人。直到救二 人脱险，竺可桢才欣慰自己尽了师长的责任。
1944年，日军由湘北一路南侵攻入广西境内，11月敌军北犯，12月攻 陷贵州，史称黔南事变。一时人心大乱，竺可桢肩负全校千余人的安危责任， 心急如焚。教育部却函电浙大撤消，合并入中央大学。竺可桢据理力争，终 于保住浙大。
在“黔南事变”中，经浙大学生发起、推动和组织，遵义全市掀起了空 前规模的劳军运动，后来又发展组成浙大的第二次战地服务团。竺可桢对这 些活动一直采取了热情鼓励的态度。事变之后，浙大学生出于爱国热忱，纷 纷弃笔从戎，志愿参军。竺可桢不但主张志愿者参军，还主张留校的人都学 习军事科目，以随时参加前方的军事工作。后来，浙大五位同学被诬陷为共 产党而被捕，竺可桢义愤填膺，经过几番交涉，四处奔走，终于使五位同学 获释，其他一些参军的同学也先后退伍返校。
1945年3月14日，竺可桢因公滞留重庆，有人告知他训导长费巩失踪 了，竺可桢大吃一惊。费巩为人正直坦诚，是疾恶如仇的正人君子，极受浙 大学生爱戴。他常常抨击国民党的腐败，又时常救助被特务机关迫害的学生， 被特务机关视作眼中钉。他四处探听费巩的消息。竺可桢推测费巩一定是被 特务绑架去了。但特务机关拒不承认。费巩失踪还未平息又起一波，邵全声 被军统逮捕，竺可桢又忙于营救邵全声。国民党为了逃避罪责，让邵全声作 替罪羊，严刑逼他供出在趸船上推费巩落水致死，宣告判处邵全声死刑。竺 可桢坚持不懈地一再营救，终于将邵保释出狱。然而费巩下落始终不明。
抗战胜利的消息传到遵义，倾城欢庆。竺可桢兴奋不已，一夜不眠。与 学生们兴高采烈地共庆抗战胜利。竺可桢急不可待，想尽快将浙大迁回日夜 萦怀的家乡。
11月8日，浙大终于回到杭州举行战后的第一个开学典礼，竺可桢没有 辜负浙江父老的厚望，抗战八年中，浙大的成绩是突出的。故地重游，目睹 战火之后的千疮百孔，竺可桢不禁扼腕叹息。而国民党的反动举措尤其令竺 可桢心情不能平静。
七、伟大的决裂
1946年5月竺可桢在遵义送走了第一批回杭的教职员及家属，16日他怀 着眷恋之情告别黔北飞回南京。
内战的阴影冲淡了竺可桢对抗战胜利与和平建设满怀希望的喜悦。他目 睹民众衣不蔽体，食难温饱，而地主却锦衣美食，心中一阵黯然神伤。
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