国统区物价飞涨一时间民不聊生。6月11日，竺可桢返杭，正值浙大教 职员为要求生活津贴而罢教。次日，学生自治会代表晋见竺可桢。向他报告 13日全杭州市学生即将举行反内战游行。竺可桢仅仅对游行口号提出一些更 正意见，而拒绝阻止学生游行示威。国民党当局要求竺可桢交出浙大学生赵 槐等7人，竺可桢以“尚须调查”为名托辞过去，保护了游行学生。
尽管全国各地反内战运动风起云涌，但是蒋介石却仍旧无动于衷。人民 渐渐觉醒了，尤其是青年人，看透了国民党反动派的本质。不少爱国青年纷 纷与家人“不告而别”，投身到中共领导的人民解放斗争事业中。竺梅与其 未婚夫满腔热忱奔赴山东解放区。竺可桢惦念北上的女儿，面对动荡的时局， 不由感慨：“故国江山无限好，无如天下不太平啊！”
一日竺可桢翻阅当时美国刊物《气象学报》时，发现自己有多处不解所 云，不禁叹息道：“十年校长，已成落伍之气象学家矣！”1946年决意辞去 兼了10年之久的气象所所长一职，决心一心一意办好浙大，为祖国培养栋梁 之才。
1946年8月，竺可桢出席在巴黎召开的联合国教科文组织成立大会，一 并考察英美。会后，竺可桢参观法国中央气象台、约里奥·居里实验室等科 研机构，遍览巴黎名胜古迹。在英国伦敦，竺可桢马不停蹄地参观访问学校、 研究机构、图书馆、博物馆等。1947年1月，竺可桢乘船横渡大西洋抵达纽 约。漫步街头，竺可桢感到战后的美国，景迁人移，面目全非了。他还参观 波士顿等地美术馆、博物馆。这次欧美之旅，收获颇丰。
与此同时，国内却是危机四伏。5月20日沪、苏、杭学生6000余人汇 集南京举行示威游行，遭到残酷镇压，伤百余人，20余人被捕，这就是著名 的“五·二○”惨案。之后，引起了全国抗议浪潮，全国数十万学生高举“反 饥饭，反内战，反迫害”旗帜游行示威，罢课抗议。5月24日浙大学生联合 杭州学生数千人游行示威。教育部发电催竺可桢火速归国解决学生罢课问 题。竺可桢耳闻目睹国民党的腐败和专制，对国民党的认识越来越深刻，越 来越明了。
返校后，竺可桢考虑到学生与学校的安全决定提前放假。这样，学生的 长期罢课逐渐结束了。当局要求对学生从严处置，竺可桢坚持“以德服人” 反对动用军警武力迫害。
新学期开始不久，当局寻找借口逮捕了浙大学生自治会主席于子三、农 学院学生郦佰瑾、毕业生陈建新、黄世民等人。竺可桢获悉马上进行营救， 探听被捕原因及下落。正在浙大师生努力与当局抗争之时，却传来“于子三 已用玻璃刺破喉管自尽”的说法。竺可桢赶赴现场，一眼识破了当局的阴谋， 指责道：“以刀杀人与以梃杀人有以异乎？”并质问玻璃管自何而来，戳穿 事实真相。竺可桢目睹学生于子三被害后的惨状，悲愤交加，晕倒过去。在 于子三“自杀”身亡检验证书上，竺可桢拒不签字，而在另一张纸上写了：
“浙江大学学生于子三委实已死，到场看过。”于子三被害，激起民众的愤 慨。31日集会，竺可桢参加并在会上作了报告。教授们发表宣言要求保障人 权，并在集会上宣布罢教。当局给竺可桢施加压力，竺可桢断然拒绝阻止罢 教罢课，并决定动身去南京辞职。学生来电告知，支持竺校长在南京的一切 活动，希望他不要辞职。竺可桢在南京谈到于子三案说：“作为一个学生是 一个好学生，此事将成为千古奇冤。”蒋介石命人要竺可桢在报上更正，竺 可桢断然拒绝：“报载是事实，无法更正。”竺可桢开始旗帜鲜明地领导师 生与黑暗势力抗争，他宣告：“真理在我们一边，胜利一定属于我们。”
在于子三的葬礼上，学生与军警、特务发生冲突。事件发生后，竺可桢 向当局抗议流氓暴行。而当局却将受伤学生当作“凶手”、“被告”传讯。 浙大学生为了抗议这一暴行，罢课三天。竺可桢顶住当局的沉重压力，不顾 个人安危，坚决抵制反动当局对学生的迫害，成为浙大的精神支柱。在校学 生有感于此，创作了“求是之光”一歌，讴歌竺可桢。歌词是：
江声浩荡，浪涌两浙文物，
弦歌不绝颂浙大，看求是精神远播扬！
十年流土，风霜久摧鬓发苍；
惨淡经营，剑桥媲美，听万人欢呼竺校长！
自由褓姆，鞠躬尽瘁为人道；
科学、民主，矢志所求，歌真理战士竺校长！
江潮澎湃，激流推创新时代；
风雨如海，鸡呜不已，愿民主堡垒永辉煌！
8月，军警开始大肆搜捕爱国学生。22日军警、特务在特务学生带领下， 捕去浙大学生三人。竺可桢再次投入营救工作，保释出误捕的施、方二人。 而吴大信因涉嫌重大不准保释，9月18日，特刑庭宣判吴大信一案。竺可桢 出席旁听。法庭判处吴10年徒刑，竺可桢认为过重。9月19日，学生罢课 以示抗议。竺可桢为了学生的安全竭力劝阻，又对当局敷衍，说当日是钱江 大潮，学生观潮去了。此后，又有几起迫害学生的事件，竺可桢无不多方努 力营救被捕学生。与此同时，竺可桢对于国民党反动当局的黑暗、独裁也更 加痛恨，对蒋介石失去了原有的幻想。
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