在布雷斯劳，科赫当了三个月的医生，薪水微薄，个人实验也没有什么 收获。幸亏科赫作了两手准备，他在离开沃尔施太因时，向有交情的县长请 求保留空缺，才使他能在同年的秋天回到沃尔施太因。
七、现代细菌学的基础
1880年4月9日，罗伯特·科赫得到柏林帝国卫生局长、俾斯麦侯爵的 私人医生、主治军医施特鲁克博士的保举，几个月后，即1880年6月28日， 他出乎意外地收到皇帝威廉一世的谕旨，受封为帝国政府顾问，作为帝国卫 生局的正式成员被召赴柏林。
1880年7月10日，罗伯特·科赫在帝国卫生局就职。最初在一个小房 间里，它就像是科赫的第一位同事、后来的忠实朋友弗雷德里希·勒夫勒所 描述的那样：“这个房间与其他政府顾问的华丽实验室相比，有天壤之别。” 而科赫并不介意，因为是他从沃尔施太因来的，对困难他已经习已为常了。 使他不愉快的倒是施特鲁克局长根据28岁的军医勒夫勒的请求，派他给科赫 当助手。而罗伯特·科赫喜欢单独工作，自己做试验，并不想培养军医。科 赫腼腆，喜欢安静。
不久，当科赫有第二名助手奥尔格·加夫基的时候，才有了一个比较大 的、有三面窗子的工作室。最称心的是：他的上司施特鲁克局长没有给他定 什么清规戒律，科赫可以做他感兴趣的任何研究。他在工作中表现出只有天 才人物才能做到的献身精神，忠实的勒夫勒在庆祝科赫60寿辰时写道：
“回忆当年我们在这间屋子工作的时候，科赫在中间，我们在他的两边， 差不多每天都有新的细菌学奇迹出现在我们惊异的眼前，而我们以上级为光 荣榜样，从早到晚忙碌着，几乎无暇料理私事。当时的情景使我们终生难以 忘怀。那时我们学习，观察，细致的工作，花费很大的精力，力求达到预定 目的。”
罗伯特·科赫给自己提出的主要任务是改进他认为还远远不够的细菌学 研究方法。因为居领导地位的植物学家还一直宣称“袭殖菌”像被当时称为 细菌的那些生物一样，有同一形体，交替生长着的。
科赫默默地在他的岗位上工作着。他给细胞染色，思索自己的方法，把 炭疽病菌向贫瘠的培养基移值115次，结果病菌仍然能传播。科赫把培养好 的细菌涂在熟土豆上，然后把长出来的各种颜色的菌注射到另一个新土豆上 而得到纯菌培养。他认为，所有研究传杂病的重点就在纯菌培养上。
他对液体培养基和土豆纯菌培养的方法并不满意。他把肉汤和其他成分 熬成动物胶，分别倒入试管和杯子里，凝固后成为透明的动物胶。细菌在这 种胶冻上也能生长，科赫制成了这种简单易行并且使用可靠的无菌固体培养 基。没有这个方法，现代细菌学的发展是难以想象的。
科赫后来说：“借助这种固体培养基还可以测定空气中、土壤中和水中 的微生物。因此就可以明确判断各种病毒是否存在，事实证明这个新方法对 很多课题都大有益处，简直可以把它当作进一步深入研究微生物的钥匙，至 少要引起医学界的重视……”科赫夜以继日地培养细茵并回答对手的问题：
“在同一培养基上和其它相同情况下，通过多次培养，或叫逐代培养，根据 它们的特点可以把它们分得清清楚楚，所有这些细菌都一成不变地保留下 来，也可以看作不同情况，可以把这些看作不同种类、变种、形体或是平常 人们想要描述的那样。”
他在这时写出了细菌学的圣经——《病原组织的研究》这篇著作，后来 在著名的《帝国卫生局通报》第一卷上再次发表。他在文章中借助精致的图 片，一丝不苟地描述研究细菌学的方法。他的目的在于“防止这种方法普遍 采用后会出现不成熟的研究报告”。
科赫建议，患炭疽病死的牲畜要深理，可怀疑的饲料要经过消除芽孢的 处理，因为巴斯德提出的抗炭疽杆菌预防注射不可靠。
这项研究工作给孜孜不倦的人提供了消毒方法。他把理论和实践结合起 来，在培养基中培养细菌，在这些细菌上做了72种化学消毒剂的灭菌效果实 验。科赫和他亲密的同事勒夫勒以及加夫基一起进行物理实验，实验结果表 明，用蒸汽消毒是非常合适的。不久，这个方法在所有的医院和手术室都采 用了。“科赫蒸馏器”的作用在于它防止了医院里的炭疽病。
在《论消毒》一文中，科赫显示出他不仅仅是在沃尔施太因甚至在他一 生中都是一位伟大的实践家。
1881年8月，科赫作为帝国卫生局代表，参加伦敦第七届国际卫生代表 大会。那时，医学界德高望重的人都汇集在伦敦。
八、征服肺结核病与霍乱
据一位记忆力超群的人说，科赫早在1881年8月就在伦敦展示过肺结核 细菌培养基了。这件事在著名的学者中间，首先在科赫的同事和朋友中间引 起巨大的反响，因为连科赫的好友和热情的支持者——费尔迪南德·科恩于 1882年1月访问柏林时还不知道科赫做肺结核病的研究。可以肯定，科赫从 伦敦大会回来后不久就开始做肺结核病试验了。
他工作起来勇往直前，坚韧不拔，这一点连他的助手都不得不承认。他 的所做所为，正像戈特霍尔德·埃弗赖姆·莱辛100年以前所说的那样：“天 才就是勤奋。”
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