当然，秦汉政制只是初创，在其四百多年中，这个体制依然经历着调适、变迁，甚至动荡摇摆。若把商鞅变法看成是一个起点的话，那么秦始皇统一中国后，就是又一个创制的高峰。入汉之后的变迁积累，在汉武帝又形成一个高峰。汉武帝曾说“朕不变更制度，后世无法”，这是又一个“变更制度”的时期。据报道，2004年1月，长沙走马楼发现1万余枚汉武帝时的简牍，包含着大量行政司法文书；期待简牍的公布和研讨能够提供汉武帝“变更制度”的更多细节。两汉间发生了王莽改制，然而这并非制度的“自然”进化。东汉二百年间制度大致在平稳运行，只有局部的调整；到了汉末，其变迁节奏陡然加快了。
一、决策权力与执政资格
在帝制时代，政权与皇权经常是同义词，从理论上说，重大决策只能由皇帝定夺。然而皇帝又不可能以一人之心智决天下万机，所以有集思广益之功的“朝议”，被用作一种重要的决策方式。简单说，“朝议”就是先民主后集中，臣工献策而皇帝拍板儿。朝议资格和范围，可以反映出君臣间的权势分配，及各官署、各政治势力间的权势分配。汉代朝议的参与者，一般有丞相、诸卿、将军、列侯及大夫、博士、议郎等。丞相、诸卿分别是行政首长和各有专职的大臣，他们参与朝议理所当然。将军议政，可视作早期国家文武不分的政治残余；列侯议政，则显示了分封制与贵族制的历史影响——爵号是一种富有传统意味的身份标志。给大夫、博士、议郎以议政资格，则以一种特别的方式，为儒生提供了发言的管道。与后代高官皆出自科举士大夫的情况相比，这种管道多少有点“另类”色彩，就是说，是把儒生士人当成一种有异于行政官吏的特殊人物来对待的。
秦汉建立了宰相制度。“相”这个官称的本意是辅助。战国后期“相”逐渐变成了百官之长，形成丞相制度，尊之则称“相邦”，汉代为避刘邦之讳，又改称“相国”了。“宰相”在古代大多数时候不是正式官名，而是一位或数位执政首脑之称，哪些官职可以看成宰相，是因时而异的。按祝总斌先生的意见，同时拥有议政权及监督百官执行权者，就是宰相。
西汉前期，丞相位望甚隆，经常对皇帝直言不讳，甚至言所不当言。其原因有二。一是这时还处于历史前期，大臣们还保留着隆重的元老身份：二是汉初丞相来自功臣，他们是刘邦的助手、开国元勋。所以这时候君、相关系很不定型。曹参做丞相时奉行“清静无为”方针，无所事事，惠帝表示了不满；而曹参不改初衷，直请“陛下垂拱，参等守职”，意思是你皇帝一边看着就成了，就让我照着老规矩办吧。汉武帝初年，丞相田蚡甚为骄横，荐人做官起家就是二千石，以致汉武帝去质问他：你任命官儿还有完没完？我还想任命几位官员呢。但汉武帝时帝国走向全盛了，其统治长达53年，几乎占了西汉历史的四分之一：一个强有力的君主，自不会容忍强有力的宰相。汉武帝以布衣出身的公孙弘为相，此人在朝无所援接，只能唯唯诺诺。此后皇帝对丞相颐指气使，公孙弘后的六位丞相，获罪自杀的二人，下狱处死的三人。做丞相的风险也太大了，弄得公孙贺拜相时，不受印绶而顿首涕泣，视为畏途。
皇帝是帝国主权的代表，而宰相是官僚行政的代表，二者互相依存，但也可能发生矛盾。相权之所以能构成一“权”，是因为官僚机器是有其自身运作规则和行政自主性的；皇帝不该为所欲为，破坏那些规则，不应自拆台脚。这就是“相权”的根据。好比你已雇了司机开车，就不好动不动就抢方向盘。汉初的相权比后世大多了，还没像后世那样被分割和弱化；但汉武帝的压制，已使之初步纳入“正轨”了。皇帝绝不允许相权大到分割皇权的程度，作威作福、予取予夺的只能是皇帝自己。丞相权力趋于低落的同时，中枢体制也开始变化、开始复杂化了，表现在侍从议政、尚书参与机密、权臣领尚书事、将军辅政或外戚辅政等制度之上。
汉武帝选拔了一批文学之士，通过给其加官侍中等方式，令其出入禁省、顾问应对并参与议政。皇宫中原先设有几位负责文书收发的小吏，员额四人。汉武帝令其不仅传发书奏，而且还协助处理书奏。尚书遂可参与机密，操持机柄，甚至劾奏朝臣、参与选官了。若用宦官任其事，则称中书。汉元帝时的尚书，已号称“百官之本，国家枢机”。尚书组织也在扩大：汉成帝时分五曹：加上尚书令、仆射及丞四人，共十一人。尚书机构的兴起显示，宫省近臣，具有膨胀为中枢机要机构的很大潜力。汉武帝临终前，又以外戚霍光为大司马大将军领尚书事，为内朝之主。这样，一个宫中决策的架构就凸显出来了，称“中朝”或“内朝”，与丞相为首的“外朝”相制衡。在传统中国，当专制君主嫌政府首脑的权力碍手碍脚之时，就会开始冷落他，并在身边另觅助手，委权于身边的机要秘书机构。
汉昭帝时大将军霍光秉政，领尚书事，车骑将军金日燀、左将军上官桀副焉。由此将军参政成为常例了。后来的王凤、王音、王商、王根、王莽等，都是以大将军、骠骑将军、车骑将军、卫将军的身份辅政的。东汉的辅政大臣如窦宪、邓骘、梁冀、窦武、何进，无不都是将军。按，春秋的晋国有三军将佐兼为执政六卿的制度，战国君主在命将出征之礼上有言：“阑以内寡人制之，阑以外将军制之。军功爵赏，皆决于外，归而奏之。”这时候的将军权势，显然是比较大的。大将军霍光曾对丞相车千秋称“今光治内，君侯治外”，是军官之长居内（内朝），足制外朝文官之长。将军之隆、军权之重，表明历史早期的文官政治还不够发达。
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