支撑东晋半壁江山，文化士族们不足以负起全部军事责任。不少非高门、非土族的将领承担着小朝廷的国防。晋室南渡前后，还有很多千百为群、以宗族乡党相结聚的流民，也由北而南。东晋朝有很多千百为群、以宗族乡党相结聚的流民，也由北而南。东晋朝廷任用流民帅为将领，但又对他们心怀疑忌，而流民帅自己也不愿脱离部曲，所以这些人大多停滞在江淮之间。尽管流民武装有时也称兵作乱，但他们强悍善战，构成了江左政权的军事屏障，并成为北府兵的主要兵源。淝水之捷，北府兵之功居多。上游的江陵、襄阳得以成为重镇，也离不开流民之力——这里聚集秦州、雍州、司州的南迁流民。流民武装是东晋政权一个不可或缺的力量，并将在条件具备时就寻求表现自己。
总之，东汉的士族现象发展到东晋，终于因“门阀政治”而达到了顶点。此期的士族权势之大，人们用与皇帝“共天下”来形容。有人把这种政治状态，定性为“贵族联合专政”或“寡头政治”。不过照田余庆先生的看法，门阀政治只是皇权政治的一种“变态”。就是说它并没在皇权政治之外，另行造成一种贵族政体。权臣擅政，一人得势而家族鸡犬升天的现象，其实在很多朝代都能看到。西汉的霍光，西汉末的王莽，东汉的梁冀，皆是。东晋权臣现象更突出，也跟“乱世”有关，跟那个偏安的小朝廷风雨飘摇有关。又如明末清初的若干南明政权中，也存在着权臣专政的情况。东晋权臣专政的时间较长，其时的官僚确实也门阀化了，形成了一个相对特殊的阶段。但说到底，士族并没有变成完全意义的贵族，也没有造成政体的根本性转型。不妨说对东晋门阀政治，我们一半从士族门第权势来理解，还有一半是从“乱世”来理解的，并不把它视为“常态”、视为一种稳定的政体。
三、南朝：“主威独运”及其限度
北府兵将领刘裕，以其赫赫功业代晋建宋。历史由此进入南朝。刘裕代晋的意义，不止是改朝换代而已，也标志着门阀与皇帝“共天下”局面的结束。
东晋后期的孝武帝，已曾尝试尊君卑臣了。门阀桓玄一度篡位称帝，但也随即就作威作福，没有迹象表明他乐于跟哪家门阀继续“共天下”。换言之，只要有可能，皇权必定寻求集权专制。刘裕来自北府兵武将，是靠着军权和军功夺得皇位的，高门士族中却没能出皇帝。这再度昭示了这个规律：军人、军队和军事活动，是中国皇权的摇篮；军队和战争，是得以激活专制集权的途径之一。南朝皇权强于东晋，盖源于此。学者指出，南朝四朝，都由“次等士族”或在“次等士族”的支持下建立；四朝内部政争，也往往与“次等士族”相关——某些非高门出身的军官，因其祖上有居官记录，被一些学者称为“次等士族”。“次等士族”不是一个很恰当的概念。像刘裕这类人，迳视为军人就可以了。
南朝皇权重振，改变了东晋君主的萎靡和软弱，恢复了驾驭士族的权威，不再与门阀“共天下”了。这样，魏、西晋、东晋、南朝的皇权强弱，呈现为一个中间低、两边高的马鞍形轨迹。南朝史学家称刘宋皇帝“主威独运，官置百司，权不外假”，这个评述显然是把东晋门阀政治视为“乱世”、“变态”的，而“主威独运”则属理所当然，不过是帝国正常状态的回归而已。
重振的皇权，随即采取若干措施以自我强化，主要有皇子镇要藩、寒人掌机要、武将执兵柄等。刘宋初创，一改东晋的宗室消沉，皇子宗王纷纷出镇荆州、扬州、徐州、江州、雍州等重镇。刘裕定下了制度，荆州以诸子次第镇守；京口要地，与建康切近，自非宗室近亲不得居。宋、齐、梁皇帝，无不如此，各个要州以诸王坐镇。
齐武帝萧赜景安陵石刻
宗王对高官的占有率也在同步上升。魏晋以来三公变成了年高德劭的元老之位，南朝却经常用作少年皇子的加号。宋武帝的次子刘义真，十五岁做了司徒；宋孝武帝的儿子刘子鸾，年方八岁就兼任司徒。学者对录尚书事、中书监令、侍中、尚书令仆等八官加以统计，其结果是：东晋门阀政治下，世族占78%，宗室外戚占7%；而在西晋与南朝，宗室（及外戚）所占比例分别为19%至38%，世族的比例则为49%至64%。可见世族与宗戚二者明显互为消长，而其背景，就是门阀与皇权在权势分割上，互为消长。
一些寒人、寒士得到了君主的特殊恩宠和拔擢。中书省有种官叫中书通事舍人，宋齐以来多任以寒人并委以机要，从而成为皇帝的心腹，迁转诛赏等大事，往往与其计议。那些寒人弄权擅政，势凌朝官，以致有“宁拒至尊敕，不可违舍人命”之说。寒人戴法兴擅权，以致人们编排说“法兴为真天子，帝为赝天子”。此外尚书省的都令史，也经常由寒人担任，具体政务往往操于其手。清代史学家赵翼认为“南朝多以寒人掌机要”的原因，是皇帝不肯假权大臣，而高门又不屑于竭智尽心以邀恩宠，然则“希荣切而宣力勤”的寒人，因其最便于君主驱策，就成了君主的心膂。
刘裕的崛起，也就是寒人将帅的崛起。东晋士族生机勃勃，还是有能力掌兵的，像王敦、庾亮、桓温及淝水之战中的谢氏家族，都曾荷国防重任、系一时安危；南朝士族就不同了，不但治国无术，在帅才军功方面已无足称道。赵翼指出“江左世族无功臣”——宋、齐、梁、陈的名将大抵是职业军人，他们“御武戡乱，为国家所倚赖。而所谓高门大族者，不过雍容令仆、裙屐相高”。
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