如果说单镇等人还是通过两轮考试而步入商部捷径，那么随后新设之巡警部、学部、邮传部则直接由堂官调人。1905年巡警部成立，癸卯科进士尚秉和、班吉本随后调入行走，1906年均已补缺。[22]1909年夏班吉本升郎中，尚秉和升员外郎，王扬滨补主事。1910年秋，王扬滨升任内城巡警总厅行政处佥事。[23]尚秉和之所以能够从工部调入巡警部并迅速补缺，固由其学问优长、精明强干，实亦巡警部首任尚书、直隶同乡徐世昌与有力焉。尚氏自称“徐公闻名，调入巡警部”，又自叹补缺升转之速：“及通籍为官，不三年得补主事，又二年迁员外郎，得京察一等，记名军机章京。”[24]这更非往昔六部学习主事可以想见之机会。
随后学部成立，调人之风更盛。甲辰科进士王季烈受学部尚书荣庆器重，由刑部调入，补普通司小学教育科员外郎。癸卯科主事彭绍宗、杨熊祥及甲辰科内阁中书李景濂亦调为额外司员。[25]1907年秋冬，张之洞管理学部后，杨熊祥遂任总务司机要科员外郎，陈曾寿、恩华分别任审定科和案牍科员外郎，李景濂任案牍科主事。[26]湖北进士杨熊祥、陈曾寿均为张之洞晚年亲信幕僚，张之洞遗折即系陈曾寿、杨熊祥、傅岳棻三人草拟。[27]这进一步显示新部调人补缺的“私人化”趋向。
1906年官制改革后新组建之邮传部，囊括了更多的癸、甲进士。1907年，陈毅由法部郎中调参议厅佥事，何启椿任路政司主事，龙建章任电政司员外郎，关赓麟、王鸿兟、蒋尊祎三人在调部不久便试署主事。甲辰科翰林苏舆亦调为额外郎中。1909年春，龙建章升承政厅佥事，关赓麟升郎中，何启椿、蒋尊祎升员外郎，苏舆借补员外郎，姚华、陈宗蕃补主事。1909年夏，顾准曾补主事。1910年夏，关赓麟升承政厅佥事，夏和清、张恩寿、熊坤均补主事，杨允升补小京官。[28]至此，邮传部实缺司官中，癸、甲进士足有14位。其中尤以广东、福建、湖南进士人数多、势力大，盖邮传部初创时的几任堂官张百熙、唐绍仪、陈璧分别来自湖南、广东和福建。
其次，由旧部改为新部，职能扩充，用人增多，以刑部改法部，大理寺改大理院，新设各级审判厅，以及户部改度支部最为典型。前文已述，刑部、户部所分癸、甲二科学习主事最多。而癸、甲进士在进士馆亦主要学习法政、理财等学。1907年法部成立伊始，即奏调进士馆毕业之翰林院编修徐谦、张家骏、麦鸿钧入部行走，当年又续调编修朱汝珍。[29]随后，麦鸿钧、张家骏遽升法部参政厅参议，刘敦谨任审录司员外郎，冯汝琪任会计司员外郎，吴建三补制勘司主事。1909年，吕兴周、冯巽占亦补主事。[30]
与此同时，新成立的各级审判厅需要大量人才，肄习法政或出身刑部的癸、甲进士纷纷走马上任。1907年冬，徐谦调任京师地方审判厅厅丞。1909年，栾骏声、李维钰、张履谦任京师内外城地方审判厅刑科推事，俞澍棠、朱文劭、任承沆、龚福焘、郑言任民科推事，朱崇年任京师内外城地方检察厅检察官，后升任高检厅检察官。随后徐谦升任京师高等检察厅检察长，张智远任检察官。聂梦麟在大理院民科第二庭任推事。[31]京师之外，各省筹办司法机关缺人更甚。俞澍棠、朱文劭二人于1910年被广西巡抚张鸣岐奏调入桂，不久分任广西高等审判厅厅丞和高等检察厅检察长。郑言则于1910年，经江苏巡抚程德全奏署江苏高等审判厅厅丞。[32]此外，周贞亮（榜名周之桢）、段国垣经黑龙江巡抚周树模奏调，于1911年分别试署黑龙江高等检察厅检察长和龙江府地方审判厅推事长。程继元任承德地方审判厅推事长。谢桓武试署山西高等审判厅厅丞。栾骏声试署湖北高等检察厅检察长。[33]升迁均不可谓不速。
户部为癸、甲分部主事聚集的另一大部。在官制改革中，户部易为度支部，随后将原来按省分十四司的架构，改设为承政厅，田赋、漕仓、税课、筦榷、通阜、库藏、廉俸、军饷、制用、会计等司。度支部一份光绪三十四年春的《最新百官录》显示，在1907年和1908年之交，吕彦枚任司长，雷多寿、景凌霄、张茂炯、唐瑞铜分任副司长，汪应焜、吴晋夔、张荫椿、陈继训、栾守纲、王宗基、薛登道、王慧潣任科长，亦即有13位癸、甲进士获得了实缺。[34]张茂炯《六十自述》亦称：“新官制行，充军饷司副司长”，1909年“调充筦榷司司长”。[35]
而据辛亥冬季《职官录》，王宗基、唐瑞铜分任郎中，张茂炯任员外郎，吕彦枚、景凌霄、雷多寿任主事。同时，在度支部领导清理财政的核心机构财政处，张茂炯、吕彦枚、雷多寿、徐士瀛分任帮办，李景铭则任帮办兼总核，楼思诰任总核，曲卓新署坐办，谢启中任科员。在财政处派往各省的清理财政官中，王宗基、唐瑞铜分任山东、河南正监理官，栾守纲、甘鹏云、袁永廉、薛登道、景凌霄分任奉天、吉林、山西、陕西、江宁副监理官。景凌霄尚兼任江宁造币分厂帮办，而陈度则任云南造币分厂总办。[36]此外，李景铭与楼思诰二人为政府特派员，代表度支部出席资政院会议。又据张茂炯自述，度支部为办预算决算，决定清理财政，“按省设局，派员监理”的疏稿，即出自其手。[37]而据李景铭自述，清理财政处“凡办理预算汇报、岁出入总数及划分国地两税”，均由其具稿，而由林景贤、杨寿枏总其成。李景铭对其同年张茂炯亦甚为钦佩，谓其“老于曹司，判牍如判狱……品端学正”。[38]自述难免有渲染的成分，但癸、甲进士群体在清末度支部和清理财政中扮演了重要角色，殆无疑义。
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